| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,155,912 | T→G | 5.3% | R186R (CGT→CGG) | yqhD → | aldehyde reductase, NADPH‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,155,912 | 0 | T | G | 5.3% | 304.8 / 6.1 | 102 | R186R (CGT→CGG) | yqhD | aldehyde reductase, NADPH‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (44/52); new base G (2/4); total (46/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
GACGCTGCCAGCAACCGGTTCAGAATCCAACGCAGGCGCGGTGATCTCCCGTAAAACCACAGGCGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCA‑GGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAGGCATTTTGCTGACGCTAATCGAAGATGGTCCGAAAGCCCTGAAAGAGCC > NC_000913/3155765‑3156058 | gACGCTGCCAGCAACCGGTTCAGAATCCAACGCAGGCGCGGTGATCTCCCGTAAAACCACAGGCGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGt > 1:263265/1‑148 (MQ=255) gcagcgtcAGCAACCGGTTCAGAATCCAACGCAGGCGCGGTGATCTCCCGTAAAACCACAGGCGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTc < 8:125972/141‑1 (MQ=255) aCGCTGCCAGCAAGCGGTTCAGAATCCAACGCAGGCGCGGTGATCTCCCGTAAAACCACAGGCGACAAGCAGGCTTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCTGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTc < 1:284403/148‑1 (MQ=255) aCGCTGCCAGCAACCGGTTCAGAATCCAACGCAGGCGCGGTGATCTCCCGTAAAACCACAGGCGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGt > 4:47345/1‑147 (MQ=255) aCGCTGCCAGCAACCGGTTCAGAATCCAACGCAGGCGCGGTGATCTCCCGTAAAACCACAGGCGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTc < 4:170233/148‑1 (MQ=255) cGCTGCCAGCAACCGGTTCAGAATCCAACGCAGGCGCGGTGATCTCCCGTAAAACCACAGGCGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCA‑g < 1:57487/149‑1 (MQ=255) cGCTGCCAGCAACCGGTTCAGAATCCAACGCAGGCGCGGTGATCTCCCGTAAAACCACAGGCGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCA‑g < 1:391698/149‑1 (MQ=255) cTGCCAGCAACCGGTTCAGAATCCAACGCAGGCGCGGTGATCTCCCGTAAAACCACAGGCGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCA‑GGt < 1:99703/149‑1 (MQ=255) ccAGCAACCGGTTCAGAATCCAACGCAGGCGCGGTGATCTCCCGTAAAACCACAGGCGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCA‑GGTgg < 7:359772/148‑1 (MQ=255) ccAGCAACCGGTTCAGAATCCAACGCAGGCGCGGTGATCTCCCGTAAAACCACAGGCGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCA‑GGTg < 4:148389/147‑1 (MQ=255) cAGCAACCGGTTCAGAATCCAACGCAGGCGCGGTGATCTCCCGTAAAACCACAGGCGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCA‑GGTGGc > 5:381282/1‑148 (MQ=255) cAGCAACCGGTTCAGAATCCAACGCAGGCGCGGTGATCTCCCGTAAAACCACAGGCGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCA‑GGTGGCt < 2:73482/149‑1 (MQ=255) gTTCAGAATCCAACGCAGGCGCGGTGATCTCCCGTAAAACCACAGGCGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCA‑GGTGGCTAACGGCGTa < 6:45769/149‑1 (MQ=255) aGAATCCAACGCAGGCGCGGTGATCTCCCGTAAAACCACAGGCGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCA‑GGTGGCTAACGGCGTAGTg < 8:199077/148‑1 (MQ=255) 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aCCACAGGCGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCA‑GGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTAc < 2:156893/149‑1 (MQ=255) ccACAGGCGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCA‑GGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTAc > 8:17563/1‑148 (MQ=255) cacaGGCGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCA‑GGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTAcc > 8:139433/1‑148 (MQ=255) cacaGGCGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCA‑GGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTAcc > 8:122839/1‑148 (MQ=255) ggCGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGGAATTGCCGTGCTCGATCCGCTTTATACCTACACCCAGCCGCCGCGTCA‑GCTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAAcc < 8:292751/149‑1 (MQ=255) 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GACGCTGCCAGCAACCGGTTCAGAATCCAACGCAGGCGCGGTGATCTCCCGTAAAACCACAGGCGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCA‑GGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAGGCATTTTGCTGACGCTAATCGAAGATGGTCCGAAAGCCCTGAAAGAGCC > NC_000913/3155765‑3156058 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |