| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2884502 | 111 (1.170) | 4 (0.050) | 4/226 | NT | 3.9% | intergenic (‑364/+51) | casA/ygcB | CRISP RNA (crRNA) containing Cascade antiviral complex protein/Cascade complex anti‑viral R‑loop helicase‑annealase Cas3 |
| ? | NC_000913 | = 2884484 | 99 (1.210) | intergenic (‑346/+69) | casA/ygcB | CRISP RNA (crRNA) containing Cascade antiviral complex protein/Cascade complex anti‑viral R‑loop helicase‑annealase Cas3 | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
GTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCTTATTATCGTCATTGATAACAATCATTCCCGAAGTTATTTGGGATTTGCAGGGATGACTCTGGTCATCCCTTCATCCCCTGTATAGGTAATAACAATACTGTTACCCTGCCAGACCCATCCATCCAGATTCT > NC_000913/2884355‑2884650 | gTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGA > 4:205375‑M1/1‑148 (MQ=255) tATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATa > 6:188437/1‑148 (MQ=255) ttCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAAc < 1:283264/149‑1 (MQ=255) 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ttattaAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTg < 1:280003/148‑1 (MQ=255) ttattaAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACATTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTgg > 1:198049/1‑149 (MQ=255) ttaAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCt > 4:231244/1‑149 (MQ=255) aaGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCttat > 3:392799/1‑149 (MQ=255) aaGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCttat > 8:116033/1‑149 (MQ=255) 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taatTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCTTATTATCGTCATTGATaa > 4:372558/1‑145 (MQ=255) taatTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCTTATTATCGTCATTGATaa < 3:372558/145‑1 (MQ=255) aatTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTTAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCTTATTATCGTCATTGATAACAAt > 2:414899/1‑148 (MQ=255) atTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCTTATTATCGTCATTGATAACAATCa < 3:365541/149‑1 (MQ=255) aCCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCTTATTATCGTCATTGATAACAATCAtt < 2:241830/148‑1 (MQ=255) ccATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCtta < 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cTACTTAAGTAGGGAGAAACCGTTAGTGGTCTTATTATCGTCATTGATAACATTCATTGCGGAAGTTATTTGGGAGTTGCAGGGATGACTGTGGTCGTCCCTTCATCCCCTGTATAGGTAATAACACTACTGTTACCCTGCCAGCCcca > 2:121694/1‑149 (MQ=255) tACTTAAGTAGGGATAAACCGTTTTTGGTCTTATTATCGTCATTGATAACAATCATTCCCGAAGTTATTTGGGATTTGCAGGGATGACTCTGGTCATCCCTTCATCCCCTGTATAGGTAATAACTATACTGTTACCCTGCCAGACccat > 3:307715/1‑149 (MQ=255) ttAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCTTATTATCGTCATTGATAACAATCATTCCCGAAGTTATTTGGGATTTGCAGGGATGACTCTGGTCCTCCCTTCATCCCCTGTATAGGTAATAACAATACTGTTACCCTGCCAGACccatcca > 6:70686/1‑149 (MQ=255) aaGTAGGGAaggtgcacaatgtacatcttcttttaatttcccggtatgagattttatattcacagtatgaatattttatgtaataaaattcatggtaattattataactaaaagtttctttaataataaaacgaataacttgcagattt > 8:135564‑M1/1‑9 (MQ=255) aaGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCTTATTATCGTCATTGATAACAATCATTCCCGAAGTTATTTGGGATTTGCAGGGATGACTCTGGTCATCCCTTCATCCCCTGTATAGGTAATAACAATACTGTTACCCTGCCAGACCcatccatc > 6:351839/1‑149 (MQ=255) aGTAGGGAaggtgcacaatgtacatcttcttttaatttcccggtatgagattttatattcacagtatgaatattttatgtaataaaattcatggtaattattataactaaaagtttctttaataataaaacgaataacttgcagatttg < 4:243314‑M1/149‑142 (MQ=255) gggAaggtgcacaatgtacatcttcttttaatttcccggtatgagattttatattcacagtatgaatattttatgtaataaaattcatggtaattattataactaaaagtttctttaataataaaacgaataacttgcagatttgaaa < 2:283264‑M1/148‑145 (MQ=255) gggAaggtgcacaatgtacatcatcttttaatttcccggtatgagattttatattcacagtatgaatattttatgtaataaaattcatggtaattattataactaaaagtttctttaataataaaacgaataacttgcagatttgaaa < 2:215195‑M1/148‑145 (MQ=255) gATAAACCGTTATTGGTCTTATTATCGTCATTGATAACAATCATTCCCGAAGTTATTTGGGATTTGCAGGGATGACTCTGGTCATCCCTTCATCCCCTGTATAGGTAATAACAATACTGTTACCCTGCCAGACCCATCCATCCAGATTc < 4:69456/149‑1 (MQ=255) aTAAACCGTTATTGGTCTTATTATCGTCATTGATAACAATCATTCCCGAAGTTATTTGGGATTTGCAGGGATGACTCTGGTCATCCCTTCATCCCCTGTATAGGTAATAACaa < 5:248062/113‑1 (MQ=255) aTAAACCGTTATTGGTCTTATTATCGTCATTGATAACAATCATTCCCGAAGTTATTTGGGATTTGCAGGGATGACTCTGGTCATCCCTTCATCCCCTGTATAGGTAATAACaa > 6:248062/1‑113 (MQ=255) aTAAACCGTTATTGGTCTTATTATCGTCATTCATAACAATCATTCCCTAAGTTATTTGGGATTTGCAGTGATGACTCTGGTCATACCTTCATACCCTGTATAGGTAATAACAATACTGTTACCCTGCCAGACCCATCAATCCAGATACt > 5:147679/1‑149 (MQ=255) | GTTATTCGTTTTATTATTAAAGAAACTTTTAGTTATAATAATTACCATGAATTTTATTACATAAAATATTCATACTGTGAATATAAAATCTCATACCGGGAAATTAAAAGAAGATGTACATTGTGCACCTTCCCTACTTAAGTAGGGATAAACCGTTATTGGTCTTATTATCGTCATTGATAACAATCATTCCCGAAGTTATTTGGGATTTGCAGGGATGACTCTGGTCATCCCTTCATCCCCTGTATAGGTAATAACAATACTGTTACCCTGCCAGACCCATCCATCCAGATTCT > NC_000913/2884355‑2884650 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |