| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 169,078 | C→A | 5.0% | S532* (TCG→TAG) | fhuA → | ferrichrome outer membrane transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 169,078 | 0 | C | A | 5.0% | 642.5 / 14.3 | 188 | S532* (TCG→TAG) | fhuA | ferrichrome outer membrane transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (99/79); new base A (3/7); total (102/86) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.83e-01 | |||||||||||
Only 100 of 189 total aligned reads displayed.
GGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATA‑TTTTCGCACCGTCTAAAGGTAAGCAGTATGAAGTCGGCGTGAAATATGTACCGGAAGATCGTCCGATTGTAGTTACTGGTGCCGTGTATAATCTCACTAAAACCAA > NC_000913/168930‑169222 | ggCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATc < 5:380930/149‑1 (MQ=255) tATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAAcc > 8:322374/1‑149 (MQ=255) gggCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCg > 4:92679/1‑149 (MQ=255) cAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATAGTTTGAACCTTCTTCGCaa < 7:31532/149‑1 (MQ=255) aTCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGtt > 2:348158/1‑149 (MQ=255) aTCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGtt < 6:313353/149‑1 (MQ=255) aTCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGtt > 5:59534/1‑149 (MQ=255) tCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGATg > 2:304432/1‑149 (MQ=255) cAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTgg > 7:303351/1‑149 (MQ=255) aaGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTgg > 1:242149/1‑148 (MQ=255) aaGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTgg < 1:155771/148‑1 (MQ=255) gAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGttt > 2:33470/1‑126 (MQ=255) gAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGttt < 1:33470/126‑1 (MQ=255) aaTCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGGGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATAGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAg < 2:376316/149‑1 (MQ=255) ttAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGAt < 2:350242/146‑1 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aaCCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACAACTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTTAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAATGATGGTaa > 3:230724/1‑149 (MQ=255) aCCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGAGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTaa < 3:120086/148‑1 (MQ=255) cgTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATA‑ttt < 3:322654/149‑1 (MQ=255) cgTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATA‑ttt > 2:140665/1‑149 (MQ=255) ttGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATA‑TTTTc < 5:26171/149‑1 (MQ=255) 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> 7:246747‑M1/1‑82 (MQ=255) acacCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATA‑TTTTCGCACCGTCTAAAGGTAAGCAGTATGAAGTCGGCGTGAAATATGTACCGGAAGATCGTCCGATTGTAGTTACTTGTGCCgt > 7:40234/1‑149 (MQ=255) acacCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATA‑TTTTCGCACCGTCTAAAGGTAAGCAGTATGAAGTCGGCGTGAAATATGTACCGGAAGATCGTCCGATTGTAGTTACTGGTGCCgt > 7:46526/1‑149 (MQ=255) acCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATA‑TTTTCGCACCGTCTAAAGGTAAGCAGTATGAAGTCGGCGTGAAata > 3:174454/1‑108 (MQ=255) acCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATA‑TTTTCGCACCGTCTAAAGGTAAGCAGTATGAAGTCGGCGTGAAata < 4:174454/108‑1 (MQ=255) cTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATATTTTTCGCACCGTCTAAggaaggtgcgaacaagtccctgatatgagatcatgtttgtcatctggagccatagaacagggttcatcatga < 5:344389‑M1/149‑73 (MQ=255) cTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATA‑TTTTCGCACCGTCTAAAGGTAAGCAGTATGAAGTCGGCGTGAAATATGTACCGGAAGATCGTCCGATTGTAGTTACTGGTGCCGTGta > 7:226533/1‑148 (MQ=255) aCTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATA‑TTTTCGCACCGTCTAAAGGTAAGCAGTATGAAGTCGGCGTGAAATATGTACCGGAAGATCGTCCGATTGTAGTTACTGGTGCCGTGtata < 2:64192/147‑1 (MQ=255) ttCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATA‑TTTTCGCACCGTCTAAAGGTAAGCAGTATGAAGTCGGCGTGAAATATGTACCGGAAGATCGTCCGATTGt > 4:33046/1‑125 (MQ=255) cAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATA‑TTTTCGCACCGTCTAAAGGTAAGCAGTATGAAGTCGGCGTGAAat < 6:330716/98‑1 (MQ=255) ataGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATA‑TTTTCGCACCGTCTAAAGGTAAGCAGTATGAAGTCGGCGTGAAATATGTACCGGAAGAt > 4:3766/1‑107 (MQ=255) ataGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATA‑TTTTCGCACCGTCTAAAGGTAAGCAGTATGAAGTCGGCGTGAAATATGTACCGGAAGAt < 3:3766/107‑1 (MQ=255) taGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATA‑TTTTCGCACCGTCTAAAGGTAAGCAGTATGAAGTCGGCGTGAAATATGTACCGGAAGATCGTCCGATTGTAGTTACTGGTGCCGTGTATAATCTCACTaaaa > 8:307992/1‑149 (MQ=255) taGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATA‑TTTTCGCACCGTCTAAAGGTAAGCAGTATGAAGTCGGCGTGAAATATGTACCGGAAGATCGTCCGATTGTAGTTACTGGTGCCGTGTATAATCTCACTaaaa > 6:170977/1‑149 (MQ=255) gCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATA‑TTTTCGCACCGTCTAAAGGTAAGCAGTATGAAGTCGGCGTGAAATATGTACCGGAAGATCGTCCGATTGTAGTTACTGGTGCCGTGTATAATCTCACTAAAAc > 3:120727/1‑148 (MQ=255) cGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATA‑TTTTCGCACCGTCTAAAGGTAAGCAGTATGAAGTCGGCGTGAAATATGTACCGGAAGATCGTCCGATTGTAGTTACTGGTGCCGTGTATAATCTCACTAAAAcc > 2:182539/1‑148 (MQ=255) aaTAGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATA‑TTTTCGCACCGTCTAAAGGTAAGCAGTATGAAGTCGGCGTGAAATATGTACCGGAAGATCGTCCGATTGTAGTTACTGGTGCCGTGTATAATCTCACTAAAACcaa > 4:152292/1‑148 (MQ=255) | GGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATA‑TTTTCGCACCGTCTAAAGGTAAGCAGTATGAAGTCGGCGTGAAATATGTACCGGAAGATCGTCCGATTGTAGTTACTGGTGCCGTGTATAATCTCACTAAAACCAA > NC_000913/168930‑169222 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |