| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,560,996 | G→T | 14.7% | intergenic (+98/‑372) | yffL → / → yffM | CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,560,996 | 0 | G | T | 14.7% | 81.1 / 3.2 | 49 | intergenic (+98/‑372) | yffL/yffM | CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/17); new base T (2/6); total (26/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.51e-01 | |||||||||||
GGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGG‑TCAAAAGTTGCCGTTA‑AGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTCGCC > NC_000913/2560850‑2561144 | ggAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGTTGGG‑TCAAAAGTTGCAGt > 5:87320/1‑148 (MQ=255) tGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGG‑TCAAAAGTTGCCGTTA‑Agg > 6:362613/1‑149 (MQ=255) cAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGG‑TCAAAAGTTGCCGTTA‑AGGt < 5:362613/148‑1 (MQ=255) cAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGG‑GCAAAAGTTGCCGTTA‑AGGt < 1:399641/148‑1 (MQ=255) aaCGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGG‑TCAAAAGTTGCCGTTA‑AGGTgg > 1:356036/1‑149 (MQ=255) cGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGG‑TCAAAAGTTGCCGTTA‑AGGTGGGt < 8:18518/149‑1 (MQ=255) cGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGG‑TCAAAAGTTGCCGTTA‑AGGTGGGt < 7:147270/149‑1 (MQ=255) aCCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGTGCTATGTTCGCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGATTGTGATGGG‑GCAAAAGATGGCGTTA‑AGGGGTGTGaaat > 4:282561/1‑148 (MQ=255) aCCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTACATGGATTCAGGTGTGTCAAAAGTTGACGTTATTTCTGTG‑TAAAAAGTTGAAGTTA‑AGgtgtgtaatat > 2:86000/1‑144 (MQ=255) cAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGG‑TCAAAAGTTGCCGTTA‑AGGTGGGTCaaaatt > 5:288752/1‑147 (MQ=255) ttattaTTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGTGCAATGTTCTAGCCTTTTCTTTTCCTTAATTACATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGACGTTAGTGGTGTT‑ACAAAAGTTGCCGTCA‑AGGTGGGTCTACAGTTg > 7:350182/1‑148 (MQ=255) ttattaTTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGG‑TCAAAAGTTGCCGTTA‑AGGTGGGTCAAAAGTTGc < 7:11988/149‑1 (MQ=255) ttattaTTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTTATGGTTTG‑TAATATTTTGACTTTA‑AGGTGGGTGaatttttt > 3:308487/1‑142 (MQ=255) ttattaTTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGATGTG‑TAAAAATTTGCAGTTA‑AGGAGTGTCAAGAGTTg > 5:336177/1‑148 (MQ=255) attattCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGG‑TCAAAAGTTGCCGTTA‑AGGTGGGTCaaaa < 1:11061/142‑1 (MQ=255) attattCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGG‑TCAAAAGTTGCCGTTA‑AGGTGGGTCAACAGTTGcgg > 5:211267/1‑147 (MQ=255) attattCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTACCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGCTCAAAAGTTTCCGTAAGTTGTGGG‑TCAAAAGATGCCGTTA‑AGGTGGGTCaaaa > 2:11061/1‑142 (MQ=255) ttattCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGG‑TCAAATGTTGCCTTAA‑AGGTGGGTCAAAATTTg > 1:205995/1‑145 (MQ=255) ttattCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCATAAATTACATGAATTCAGGTCGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGTG‑TCAAATTATGCCGTAA‑TGGGGGGTCAATAGTTgactg > 5:334095/1‑145 (MQ=255) aaGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGG‑TAAAAATTTGCAGTTA‑AGGTGGGTCAAAAGTTGCAGTTTAggg > 6:107979/1‑148 (MQ=255) aaGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTGAGTGGTGGG‑TCAAAAGTTGCCGTTT‑AGGTGGGTCAAAAGTTGCCgagtaggg > 5:327987/1‑142 (MQ=255) gcagTACACCATGAAATAAAGGAATCAGTAGTGCAATTTTCACGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGGTGGG‑TCAAAAGTTGCCGTTA‑AGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTgg < 4:328964/146‑1 (MQ=37) ggAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGG‑TCAAAATTTGCCGTTA‑AGGTGGGTCAAAAGTTGCAGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAg > 8:45963/1‑149 (MQ=255) ggcggcCACTTTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGTGGCGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGG‑GCAAAAGTTGCCTTTA‑AGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTcta < 5:108021/149‑1 (MQ=37) ggCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGG‑TAAAAAGTTGCGGTGA‑AGGTGGCGCAAAATTTGCCTTTAATGTGGGGGAAAATTTTCCTAGTTAGAATCctc > 3:23727/1‑148 (MQ=255) ggCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTACATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGGGGG‑TAAAAAGTTGCCGTTA‑AGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTcta < 7:377550/149‑1 (MQ=255) tttGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGG‑TCAAAAGTTGCCGTTA‑AGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGCTGAAAATTTGACTAGTAAGAATTCTACAATTAAGAATTCAAGGCGACgg > 1:120079/1‑148 (MQ=37) tGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGG‑TCAAATTTTGCAGTTA‑AGGTGTGTCAAAAGTTGCCGTTTAGGTGGGTGTAAAGTTGCCGAGTAAGGATTCTACTATTAATAATTCTAGGCGACGGGat > 1:344178/1‑148 (MQ=37) gCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGAGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGG‑TCAAAAGTTGCCGTTA‑AGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGt > 7:227476/1‑149 (MQ=255) aTTCCATGAATTCAGCTGGGTAAAAATGTGCCTTTATTGGTGGG‑TCAAAAGTTGCAGTTA‑ATGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTa < 5:176133/149‑1 (MQ=37) cATGAATTCAGGGGGCTCAAAATAAGGCCTTAGTGGGGGG‑TCAAAAGATGCCGTTA‑CGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCt < 1:195879/149‑1 (MQ=25) aTGAATTCAGTTTGGTAAAAATAAGCCTTTATGGGTGGG‑TCATATCTTGCCGTTT‑AGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTc < 8:353517/149‑1 (MQ=25) ggTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGG‑TCAAAAGTTGCCGTTA‑AGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAATTTGCGGAGTAAGAATTGTACTATTAAGAATTGTAGGCGACGGGAGTGTTTTAGCGTCCcggtcgg > 1:124521/1‑148 (MQ=37) ctaaaaGATGCCGTTATTGTTGCC‑TAAAAAGCAGCCGTTA‑ATGTGGGGCAAAAGTAGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATaga < 1:86000/147‑1 (MQ=255) ccAAAAGGAGCCTTTAGTGGTGGG‑TAAAAAGTTGCCTTTA‑AGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATaga < 5:385477/148‑1 (MQ=38) cacgTTGCCGTTAGTGGGGGG‑TCAAAACTTGCCGTCA‑CGGGGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGCGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATagaga < 7:340837/145‑1 (MQ=255) aaaGTTGCCGTTAGTGGTGGG‑TCAAAAGTTGCCGTTA‑AGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATagagag > 1:316488/1‑149 (MQ=255) aGTTGCCGTTAGTGGTGGG‑TCAAAAGTTGCCGTTA‑AGGTGGGTCAAAAGTTGGCGTGAAGGGGGGTCAAAAGGTGCCGAGATAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTc > 2:371509/1‑149 (MQ=38) aggccttACTGGGGGG‑TAAAAACAGGCCTTTA‑AGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGcc < 3:368017/144‑1 (MQ=38) gcGTTACGGGTGGG‑TCACAACACGCCGTTA‑CGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTa < 7:364276/148‑1 (MQ=38) cccttATTGTTGGG‑TAAATACATGCCTTTA‑AGGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTa < 2:356036/146‑1 (MQ=38) tttctggtgcG‑GCAAAAGTGTCCGTTA‑AGTTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTagag < 7:323/145‑1 (MQ=38) ttAGTGGTGGG‑TCAAAAGTTGCCGTTA‑AGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAAGTGGGTCAAAAGTTGACGAGGAAGAATTCTAATATTAAGAATTCTAGCCGACTGGACTTTATAAGCATCAAGGTCCGTCATATAGAGTCGCATagat > 6:178068/1‑148 (MQ=21) taaGTGGTGCG‑TCAAAAGTTCACGATA‑ACGTGGGTCAAAAGATGCCGTAAACGAGGCTCAAAAGTTCCCCACTAAGAATACTACAATAAAGAATTCTCCACGACAGCACTTTATTAGCCTCCAGTACAGTCATAGAGAGTCGCCTagag > 6:183829/3‑149 (MQ=255) cttttggtggGCTCATATGATGCCTTTT‑ATGTGGGTCAAAAGTTGCACTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTaga < 2:46073/145‑1 (MQ=38) attcaggtggG‑TCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTaga < 7:40183/144‑1 (MQ=255) tggG‑TCAAAAGTTTCAGTTA‑AGGTGGGTCAATAGTTGCCGTTAAGGTTGGTCAAATGTTGCCGAGTAATTTTTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGGTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCAtt < 1:389939/127‑2 (MQ=255) gggg‑TCATAAGATGCCTTTA‑AGGTGGGTCAAAAGGTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACa < 3:282561/148‑1 (MQ=255) tCAAAAGTTGCCGTTA‑AGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCACGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACag > 2:103357/1‑146 (MQ=255) gTTA‑AGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATaga > 1:245373/1‑113 (MQ=255) gTTA‑AGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATaga < 2:245373/113‑1 (MQ=255) gTTA‑AGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTcgcc > 2:398078/1‑149 (MQ=255) | GGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGG‑TCAAAAGTTGCCGTTA‑AGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTCGCC > NC_000913/2560850‑2561144 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |