| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | 4168481 = | 117 (1.400) | intergenic (+34/‑160) | gltT/rrlB | tRNA‑Glu/23S ribosomal RNA of rrnB operon | |||||
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
CACGAAAATATCACGCAACGCGTGATAAGCAATTTTCGTGTCCCCTTCGTCTAGAGGCCCAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAATCCCCTAGGGGACGCCACTTGCTGGTTTGTGAGTGAAAGTCGCCGACCTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAGAGTTGTTCGTGAGTCTCTCAAATTTTCGCAACACGATGATGAATCGAAAGAAACA > NC_000913/4168333‑4168626 | tccaccgtgtacgcttagtcgcttaacctcacaacccgaagatgtttctttcgattcatcatcgtgttgcgaaaatttgagagactcacgaacaactttcgttgttcagtgtttcaattttcagcttgatccagatttttaaagagcaa < 1:321680‑M2/1‑1 (MQ=255) acGAAAATATCACGCAACGCGTGATAAGCAATTTTCGTGTCCCCTTCGTCTAGAGGCCCAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAATCCCCTAGGGGACGCCACTTGCTGGTTTGTGAGTGAAAGTCGCCGACCTTaa < 7:71570/149‑1 (MQ=32) caccgtgtacgcgtagtcgcttaacctcacaacccgaagatgtttctttcgattcatcatcgtgttgcgaaaatttgagagactcacgaacaactttcgttgttcagtgtttcaattttcagcttgatccagatttttaaagagcaaa < 2:151964‑M2/2‑1 (MQ=255) cGAAAATATCACGCAACGCGTGATAAGCAATTTTCGTGTCCCCTTCGTCTAGAGGCCCAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAATCCCCTAGGGGACGCCACTTGCTGGTTTGTGAGTGAAAGTCGCCGACCTTAat < 5:8976/149‑1 (MQ=32) gAAAATATCACGCAACGCGTGATAAGCAATTTTCGTGTCCCCTTCGTCTAGAGGCCCAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAATCCCCTAGGGGACGCCACTTGCTGGTTTGTGAGTGAAAGTCGCCGACCTTAata > 2:228465/1‑149 (MQ=32) gAAAATATCACGCAACGCGTGATAAGCAATTTTCGTGTCCCCTTCGTCTAGAGGCCCAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAATCCCCTAGGGGACGCCACTTGCTGGTTTGTGAGTGAAAGTCGCCGACCTTAata > 5:307453/1‑149 (MQ=32) accgtgtacgcttagtcgcttaacctcacaacccgaagatgtttctttcgattcatcatcgtgttgcgaaaatttgagagactcacgaacaactttcgatgttcagagttacaattttcagcttgatgcagaattttaaagagcaAata > 2:369334‑M2/146‑149 (MQ=255) aaaaTATCACGCAACGCGTGATAAGCAATTTTCGTGTCCCCTTCGTCTAGAGGCCCAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAATCCCCTAGGGGACGCCACTTGCTGGTTTTTGAGTGAAAGTCGCCGACCTTAatat < 4:66289/149‑1 (MQ=17) cgtgtacgcttagtcgcttaacctcacaacccgaagatgtttctttcgattcatcatcgtgttgcgaaaatttgagagactcacgaacaactttcgttgttcagtgtttcaattttcagcttgatccagatttttaaagagcaAATAtc < 7:341927‑M2/6‑1 (MQ=255) cgtgtacgcttagacgcttaacctcacaacccgaagatgtttctttcgattcatcatcgtgttgcgaaaatttgagagactcacgaacaactttcgttgttcagtgtttcaattttcagcttgatccagatttttaaagagcaAATAtc > 3:4345‑M2/144‑149 (MQ=255) aaaTATCACGCAACGCGTGATAAGCAATTTTCGTGTCCCCTTCGTCTAGAGGCCCAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAATCCCCTAGGGGACGCCACTTGCTGGTTTGTGAGTGAAAGTCGCCGACCTTAATAtc > 5:41391/1‑149 (MQ=32) aaaTATCACGCAACGCGTGATAAGCAATTTTCGTGTCCCCTTCGTCTAGAGGCCCAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAATCCCCTAGGGGACGCCACTTGCTGGTTTGTGAGTGAAAGTCGCCGACCTTAATAtc < 3:150461/149‑1 (MQ=32) atatCACGCAACGCGTGATAAGCAATTTTCGTGTCCCCTTCGTCTAGAGGCCCAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAATCCCCTAGGGGACGCCACTTGCTGGTTTGTGAGTGAAAGTCGCCGACCTTAATAtct > 1:372321/1‑148 (MQ=32) tacgcttaggcgcttaacctcacaacccgaagatgtttctttcgattcatcatcgtgttgcgaaaatttgagagactcacgaacaactttcgttgttcagtgtttcaattttcagcttgatccagatttttaaagagcaAAtatctaa > 1:293125‑M2/140‑146 (MQ=255) cgcttagtcgcttaacctcacaacccgaagatgtttctttcgattcatcatcgtgttgcgaaaatttgagagactcacgaacaactttcgttgttcagtgtttcaattttcagcttgatccagatttttaaagagcaAATATCTCaaa < 8:389457‑M2/11‑1 (MQ=255) aCGCAACGCGTGATAAGCAATTTTCGTGTCCCCTTCGTCTAGAGGCCCAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAATCCCCTAGGGGACGCCACTTGCTGGTTTGTGAGTGAAAGTCGCCGACCTTAATATCTCAAAAc < 2:109942/149‑1 (MQ=32) cGCAACGCGTGAAAAGCAATTTTCGAGACCCCATCCTCTAGAGGCCCAGGACCCCGCCCTATCACGGCGCTAACACGGGTTCGAATCCCCTAGGGGACGCCACTTGCTGGTTTGTGAGTGAAAGTCGCCGACCTTAAAATCTCAAAACt > 2:130706/1‑149 (MQ=11) gtcgcttaacctcacaacccgaagatgtttctttcgattcatcatcgtgttgcgaaaatttgagagactcacgaacaacttttgttgttcagtgtttcaattttcagcttgatccagatttttaaagagcaaa < 3:67670‑M2/2‑1 (MQ=255) gtcgcttaacctcacaacccgaagatgtttctttcgattcatcatcgtgttgcgaaaatttgagagactcacgaacaacttttgttgttcagtgtttcaattttcagcttgatccagatttttaaagagcaaa > 4:67670‑M2/132‑133 (MQ=255) gcttgacctcacaacccgaagatgtttctttcgattcatcatcgtgttgcgaaaatttgagagactcacgaacaactttcgttgttcagtgtttcaattttcagcttgatccagatttttaaagagcaAATATCTCaa > 3:310407‑M2/129‑138 (MQ=255) gTGATAAGCAATTTTCGTGTCCCCTTCGTCTAGAGGCCCAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAATCCCCTAGGGGACGCCACTTGCTGGTTTGTGAGTGAAAGTCGCCGACCTTAATATCTCAAAACTCATCTTCg > 1:137927/1‑149 (MQ=39) ttaacctcacaacccgaagatgtttcttacgattcatcatcgtgttgcgaaaatttgagagactcacgaacaactttcgttgttcagtgtttcaattttcagcttgatccagatttttaaagagcaAATATCTCAAAACTCATCTTCgg > 4:346610‑M2/127‑149 (MQ=255) tAAGCAATTTTCGTGTCCCCTTCGTCTAGAGGCCCAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAATCCCCTAGGGGACGCCACTTGCTGGTTTGTGAGTGAAAGTCGCCGACCTTAATATCTCAAAAATCATCTTCGCGt > 1:119927/1‑148 (MQ=255) aaGCAATTTTCGTGTCCCCTTCGTCTAGAGGCCCAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAATCCCCTAGGGGACGCCACTTGCTGGTTTGTGAGTGAAAGTCGCCGACCTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGa > 1:158508/1‑149 (MQ=255) 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agtgaAAGTCGCCGACCTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCGCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAAAACTGAACAACGAGAGTTGTTCGTGAGTCTCTCAAATTTTCGCAACACgatga < 2:137927/149‑1 (MQ=255) gtgaAAGTCGCCGACCTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAGAGTTGTTCGTGAGTCTCTCAAATTTTCGCAACACgatgat > 2:223817/1‑149 (MQ=39) aaaGTCGCCGACCTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAGAGTTGTTCGTGAGTCTCTCAAATTTTCGCAACACGAtgatga < 2:261725/148‑1 (MQ=39) aGTCGCCGACCTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAGAGTTGTTCGTGAGTCTCTCAAATTTTCGCAACACGATGATGAATc > 1:393343/1‑149 (MQ=39) cGCCGACCTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAGAGTTGTTCGTGAGTCTCTCAAATTTTCGCACCACGATGATGAATCga > 4:255705/1‑148 (MQ=37) gCCGACCTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCACGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAGAGTTGTTCGTGAGTCTCTCAAATTTTCGCAACACGATGATGAATCgaaa > 2:264007/1‑149 (MQ=25) gCCGACCTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAGAGTTGTTCGTGAGTCTCTCAAATTTTCGCAACACGATGATGAATCgaa < 6:107483/148‑1 (MQ=35) gCCGACATTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAGAGTTGTTCGTGAGTCTCTCAAATTTTCGCAACACGATGATGAATCgaaa < 1:167581/149‑1 (MQ=25) aCCTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGATATATTTGCGCTTTAAAAATCTGTATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGATAGTTGTTCGTGAGTCTCTAAAATTTTCGCAACACGATGATGAATCgaaagaaa < 2:119927/149‑1 (MQ=11) ccTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAGAGTTGTTCGTGAGTCTCTCAAATTTTCGCAACACGATGATGAATCGAAAGAAAc < 7:143554/149‑1 (MQ=32) cTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAGAGTTGTTCGTGAGTCTCTCAAATTTTCGCAACACGATGATGAATCGAAAGAAACa > 2:145594/1‑149 (MQ=32) tAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAGAGTTGTTCGTGAGTCTCTCAAATTTTCGCAACACgat < 7:260736/129‑1 (MQ=32) AATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTCGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACgaga < 2:311405‑M2/92‑1 (MQ=255) | CACGAAAATATCACGCAACGCGTGATAAGCAATTTTCGTGTCCCCTTCGTCTAGAGGCCCAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAATCCCCTAGGGGACGCCACTTGCTGGTTTGTGAGTGAAAGTCGCCGACCTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAGAGTTGTTCGTGAGTCTCTCAAATTTTCGCAACACGATGATGAATCGAAAGAAACA > NC_000913/4168333‑4168626 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |