| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,179,082 | G→A | 6.8% | A164T (GCG→ACG) | nagK → | N‑acetyl‑D‑glucosamine kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,179,082 | 0 | G | A | 6.8% | 186.5 / 2.4 | 59 | A164T (GCG→ACG) | nagK | N‑acetyl‑D‑glucosamine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/28); new base A (2/2); total (29/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
CTGGGATGATGAATTTACTCAATATCCACTGGTGATGGGGTTGATTCTCGGCACCGGTGTTGGCGGCGGGCTGATTTTCAACGGCAAACCGATTACCGGTAAAAGCTACATTACCGGCGAGTTTGGCCATATGCGTCTGCCGGTTGATGCGTTAACCATGATGGGGTTGGATTTCCCGTTACGCCGCTGCGGCTGTGGTCAGCATGGCTGCATTGAAAATTATCTGTCTGGTCGCGGTTTTGCGTGGCTGTATCAACACTATTATCATCAACCGTTGCAGGCTCCCGAAATTA > NC_000913/1178934‑1179226 | cTGGGATGATGAATTTACTCAATATCCACTGGTGATGGGGTTGATTCTCGGCACCGGTGTTGGCGGCGGGCTGATTTTCAACGGCAAACCGATTACCGGTAAAAGCTACATTACCGGCGAGTTTGGCCATATGCGTCTGCCGGTTGATg > 3:307665/1‑149 (MQ=255) gggATGATGAATTTACTCAATATCCACTGGTGATGGGGTTGATTCTCGGCACCGGTGTTGGCGGCGGGCTGATTTTCAACGGCAAACCGATTACCGGTAAAAGCTACATTACCGGCGAGTTTGGCCATATGCGTCTGCCGGTTGATGCg > 2:170094/1‑149 (MQ=255) atgatgAATTTACTCAATATCCACTGGTGATGGGGTTGATTCTCGGCACCGGTGTTGGCGGCGGGCTGATTTTCAACGGCAAACCGATTACCGGTAAAAGCTACATTACCGGCGAGTTTGGCCATATGCGTCTGCCGGTTGATGCGTTa < 7:93104/149‑1 (MQ=255) gatgaATTTACTCAATATCCACTGGTGATGGGGTTGATTCTCGGCACCGGTGTTGGCGGCGGGCCGATTTTCAACGGCAAACCGATTACCGGTAAAAGCTACATTACCGGCGAGTTTGGCCATATGCGTCTGCCGGTTGATGCGTTAAc > 1:284922/1‑149 (MQ=255) atgaATTTACTCAATATCCACTGGTGATGGGGTTGATTCTCGGCACCGGTGTTGGCGGCGGGCTGATTTTCAACGGCAAACCGATTACCGGTAAAAGCTACATTACCGGCGAGTTTGGCCATATGCGTCTGCCGGTTGATGCGTTAAc > 5:145858/1‑148 (MQ=255) aaTGTACTCAATCTCCACTGGTGATGGGGGTGATTCTCGGCACCGGTGTTGGCGGCGGGCTGATTTTCAACGGCAAACCGATTACCGGTAAAAGCTACATTACCGGCGAGTTTGGCCATATGCGTCTGCCGGTTGATGCGTTAACCatg < 6:73199/149‑1 (MQ=255) cACTGGTGATGGGGTTGATTCTCGGCACCGGTGTTGGCGGCGGGCTGATTTTCAACGGCAAACCGATTACCGGTAAAAGCTACATTACCGGCGAGTTTGGCCATATGCGTCTGCCGGTTGATGCGTTAACCATGATGGGGTTGGATTTc < 5:161995/149‑1 (MQ=255) aCTGGTGATGGGGTTGATTCTCGGCACCGGTGTTGGCGGCGGGCTGATTTTCAACGGCAAACCGATTACCGGTAAAAGCTACATTACCGGCGAGTTTGGCCATATGCGTCTGCCGGTTGATGCGTTAACCATGATGGGGTTGGATTTcc > 8:379531/1‑149 (MQ=255) aCTGGTGATGGGGTTGATTCTCGGCACCGGTGTTGGCGGCGGGCTGATTTTCAACGGCAAACCGATTACCGGTAAAAGCTACATTACCGGCGAGTTTGGCCATATGCGTCTGCCGGTTGATGCGTTAACCATGAGGGGGTTGGATTTcc > 4:5866/1‑149 (MQ=255) tGATGGGGTTGATTCTCGGCACCGGTGTTGGCGGCGGGCTGATTTTCAACGGCAAACCGATTACCGGTAAAAGCTACATTACCGGCGAGTTTGGCCATATGCGTCTGCCGGTTGATGCGTTAACCATGATGGGGTTGGATTTCCCGTTa < 1:170094/149‑1 (MQ=255) gATGGGGTTGATTCTCGGCACCGGTGTTGGCGGCGGGCTGATTTTCAACGGCAAACCGATTACCGGTAAAAGCTACATTACCGGCGAGTTTGGCCATATGCGTCTGCCGGTTGATGCGTTAACCATGATGGGGTTg < 1:281832/136‑1 (MQ=255) gATGGGGTTGATTCTCGGCACCGGTGTTGGCGGCGGGCTGATTTTCAACGGCAAACCGATTACCGGTAAAAGCTACATTACCGGCGAGTTTGGCCATATGCGTCTGCCGGTTGATGCGTTAACCATGATGGGGTTg < 7:146354/136‑1 (MQ=255) gATGGGGTTGATTCTCGGCACCGGTGTTGGCGGCGGGCTGATTTTCAACGGCAAACCGATTACCGGTAAAAGCTACATTACCGGCGAGTTTGGCCATATGCGTCTGCCGGTTGATGCGTTAACCATGATGGGGTTg > 2:281832/1‑136 (MQ=255) gATGGGGTTGATTCTCGGCACCGGTGTTGGCGGCGGGCTGATTTTCAACGGCAAACCGATTACCGGTAAAAGCTACATTACCGGCGAGTTTGGCCATATGCGTCTGCCGGTTGATGCGTTAACCATGATGGGGTTg > 8:146354/1‑136 (MQ=255) gTTGATTCTCGGCACCGGTGTTGGCGGCTGGCTGATTTTCAACGGCAAACCGATTACCGGTAAAAGCTACATTACCGGCGAGTTTGGCCATATGCGTCTGCCGGTTGATGCGTTAACCATGATgggg < 7:262802/127‑1 (MQ=255) gTTGATTCTCGGCACCGGTGTTGGCGGCGGGCTGATTTTCAACGGCAAACCGATTACCGGTAAAAGCTACATTACCGGCGAGTTTGGCCATATGCGTCTGCCGGTTGATGCGTTAACCATGATgggg > 8:262802/1‑127 (MQ=255) cGGCACCGGTGTTGGCGGCGGGCTGATTTTCAACGGCAAACCGATTACCGGTAAAAGCTACATTACCGGCGAGTTTGGCCATATGCGTCTGCCGGTTGATGCGTTaa > 3:258962/1‑107 (MQ=255) cGGCACCGGTGTTGGCGGCGGGCTGATTTTCAACGGCAAACCGATTACCGGTAAAAGCTACATTACCGGCGAGTTTGGCCATATGCGTCTGCCGGTTGATGCGTTaa < 4:258962/107‑1 (MQ=255) ggCACCGGTGTTGGCGGCGGGCTGATTTTCAACGGCAAACCGATTACCGGTAAAAGCTACATTACCGGCGAGTTTGGCCATATGCGTCTGCCGGTTGATGCGTTAACCATGATGGGGTTGGATTTCCCGTTACGCCGCTGCGGCtgtg < 6:245176/148‑1 (MQ=255) ggCACCGGTGTTGGCGGCGGGCTGATTTTCAACGGCAAACCGATTACCGGTAAAAGCTACATTACCGGCGAGTTTGGCCATATGCGTCTGCCGGTTGATGCGTTAACCATGATGGGGTTGGATTTCCCGTTACGCCGCTGCGGCtg < 3:5866/146‑1 (MQ=255) aCCGGTGTTGGCGGCGGGCTGATTTTCAACGGCAAACCGATTACCGGTAAAAGCTACATTACCGGCGAGTTTGGCCATATGCGTCTGCCGGTTGATGCGTTAACCATGATGGGGTTGGATTTCCCGTTACGCCGCTGCGGCTGTGGt > 6:283158/1‑147 (MQ=255) 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aaCCGATTACCGGTAAAAGCTACATTACCGGCGAGTTTGGCCATATGCGTCTGCCGGTTGATGCGt > 5:214734/1‑66 (MQ=255) aCCGGTAAAAGCTACATTACCGGCGAGTTTGGCCATATGCGTCTGCCGGTTGATGCGTTAACCATGATGGGGTTGGATTTCCCGTTACGCCGCTGCGGCTGTGGTCAGCATGGCTGCATTGAAAATTATCTGTCTGGTCGCGGTTTTGc > 7:74793/1‑149 (MQ=255) cGGTAAAAGCTACATTACCGGCGAGTTTGGCCATATGCGTCTGCCGGTTGCTGCGTTAACCATGATGGGGTTGGATTTCCCGTTACGCCGCTGCGGCTGTGGTCAGCATGGCTGCATTGAAAATTATCTGTCTGGTCGCGGTGTTGCGt > 8:73940/1‑149 (MQ=255) cGGTAAAAGCTACATTACCGGCGAGTTTGGCCATATGCGTCTGCCGGTTGATGCGTTAACCATGATGGGGTTGGATTTCCCGTTACGCCGCTGCGGCTGTGGTCAGCATGGCTGCATTGAAAATTATCTGTCTGGTCGCGGTTTTGc > 8:327096/1‑147 (MQ=255) cGGTAAAAGCTACATTACCGGCGAGTTTGGCCATATGCGTCTGCCGGTTGATGCGTTAACCATGATGGGGTTGGATTTCCCGTTACGCCGCTGCGGCTGTGGTCAGCATGGCTGCATTGAAAATTATCTGTCTGGTCGCGGTTTTGc < 7:327096/147‑1 (MQ=255) cGGTAAAAGCTACATTACCGGCGAGTTTGGCCATATGCGTCTGCCGGTTGATGCGTTAACCATGATGGGGTTGGATTTCCCGTTACGCCGCTGCGGCTGTGGTCAGCATGGCTGCATTGAAAATTATCTGTCTGGTCGCGGTTTTGCGt > 2:324287/1‑149 (MQ=255) 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< 8:74195/148‑1 (MQ=255) | CTGGGATGATGAATTTACTCAATATCCACTGGTGATGGGGTTGATTCTCGGCACCGGTGTTGGCGGCGGGCTGATTTTCAACGGCAAACCGATTACCGGTAAAAGCTACATTACCGGCGAGTTTGGCCATATGCGTCTGCCGGTTGATGCGTTAACCATGATGGGGTTGGATTTCCCGTTACGCCGCTGCGGCTGTGGTCAGCATGGCTGCATTGAAAATTATCTGTCTGGTCGCGGTTTTGCGTGGCTGTATCAACACTATTATCATCAACCGTTGCAGGCTCCCGAAATTA > NC_000913/1178934‑1179226 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |