Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,186,509 | T→A | 7.0% | I198N (ATT→AAT) | rcnA → | membrane protein conferring nickel and cobalt resistance |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,186,509 | 0 | T | A | 7.0% | 174.1 / 3.4 | 57 | I198N (ATT→AAT) | rcnA | membrane protein conferring nickel and cobalt resistance |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/25); new base A (2/2); total (30/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.59e-01 |
TATCAGGATGCCCATGCACGAGCCCATGCCAATGACATTAAACGACGCTTTGATGGTAGAGAGGTCACCAACTGGCAAATTTTGTTATTTGGCTTAACCGGTGGCCTTATCCCCTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGGTCGTCAGTTTCAGCATTGGCCTGGCGTTAACGCTTGTCACCGTAGGCGTTGGCGCAGCAATCAGCGTTCAGCAGGTCGCAAAACGCTGGAGCGGATTTAACACTCTCGCTAAA > NC_000913/2186361‑2186657 | tATCAGGATGCCCATGCACGAGCCCATGCCAATGACATTAAACGACGCTTTGATGGTAGAGAGGTCACCAACTGGCAAATTTTGTTATTTGGCTTAACCGGTGGCCTTATCCCCTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCAt < 4:353829/149‑1 (MQ=255) tCAGGATGCACTTGCACGAGCCCATGCCTATGACTTTATACGACGCTTTGATGGTAGAGAGGTCACCAACTGGCAATTTTTGTTATTTGGATTAACCGTTGGACTTATCCCCTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCAtt < 3:15146/148‑1 (MQ=255) cAGGATGCCCATGCACGAGCCCATGCCAATGACATTAAACGACGCTTTGATGGTAGAGAGGTCACCAACTGGCAAATTTTGTTATTTGGCTTAACCGGTGGCCTTATCCCCTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCAtt > 1:329545/1‑147 (MQ=255) aTGCCCATGCACGAGCCCATGCCAATGACATTAAACGACGCTTTGATGGTAGAGAGGTCACCAACTGGCAAATTTTGTTATTTGGCTTAACCGGTGGCCTTATCCCCTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCATTCAGtt > 2:383567/1‑148 (MQ=255) cccATGCACGAGCCCATGCCAATGACATTAAACGACGCTTTGATGGTAGAGAGGTCACCAACTGGCAAATTTTGTTATTTGGCTTAACCGGTGGCCTTATCCCCTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGaa < 5:257438/148‑1 (MQ=255) accATGGACGAGCCCATGCCAATGACATTAATCTACGCTTTGATGGTAGAGAGGTCACCAACTGGCAAATTATGTTATTTTGCTTAACCGGTGGCCTTATCCCCTGCCCGGCAGCTATTACCGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGtaa < 8:344436/148‑1 (MQ=255) cACGAGCCCATGCCAATGACATTAGACGACGCTTTGATGGTAGAGAGGTCACCAACTGGCAAATTTTGTTATTTGGCTTAACCGGTGGCCTTATCCCCTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTg < 3:12792/149‑1 (MQ=255) gCCCATGCCAATGACATTAAACGACGCTTTGATGGTAGAGAGGGCACCAACTGGCAAATTTTGTTATTTGGCTTAACCGGTGGCCTTATCCCCTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACt < 6:26814/149‑1 (MQ=255) cATGCCAATGACATTAAACGACGCTTTGATGGTAGAGAGGTCACCAACTGGCAAATTTTGTTATTTGGCTTAACCGGTGGCCTTATCCCCTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTggg > 8:33709/1‑149 (MQ=255) cATGCCAATGACATTAAACGACGCTTTGATGGTAGAGAGGTCACCAACTGGCAAATTTTGTTATTTGGCTTAACCGGTGGCCTTATCCCCTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTggg > 3:106347/1‑149 (MQ=255) cATGCCAATGACATTAAACGACGCTTTGATGGTAGAGAGGTCACCAACTGGCAAATTTTGTTATTTGGCTTAACCGGTGGCCTTATCCCCTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTggg > 3:111522/1‑149 (MQ=255) gCCAATGACATTAAACGACGCTTTGATGGTAGAGAGGTCACCAACTGGCAAATTTTGTTATTTGGCTTAACCGGTGGCCTTATCCCCTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGgcg > 8:174009/1‑148 (MQ=255) gACATTAAACGACGCTTTGATGGTAGAGAGGTCACCAACTGGCAAATTTTGTTATTTGGCTTAACCGGTGGCCTTATCCCCTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACt > 1:160755/1‑149 (MQ=255) aTTAAACGACGCTTTGATGGTAGAGAGGTCACCAACTGGCAAATTTTGTTATTTGGCTTAACCGGTGGCCTTATCCCCTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGAATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCaa > 1:185298/1‑142 (MQ=255) ttAAACGACGCTTTGATGGTAGAGAGGTCACCAACTGGCAAATTTTGTTATTTGGCTTAACCGGTGGCCTTATCCCCTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGgtc < 7:33709/149‑1 (MQ=255) aaCGACGCTTTGATGGTAGAGAGGTCACCAACTGGCAAATTTTGTTATTTGGCTTAACCGGTGGCCTTATCCCCTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGgtcgt > 4:290689/1‑148 (MQ=255) acgacgATTTGATGGTAGATATGTCACCAAATTGCAAATTTTGTTATTTGGCTTAAACGGTTGCCTTATCCCCTGCCCGGCATCAATTACCGTGCTGTTTATATGCATTCAGTTGAAAGCACTGACACTGGGCGCAACACTGTTCGTCa < 8:175112/149‑1 (MQ=255) gCTTTGATGGTAGAGAGGTCACCAACTGGCAAATTTTGTTATTTGGCTTAACCGGTGGCCTTATCCCCTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGGTCGTCAGttt > 5:101008/1‑148 (MQ=255) cTTTGATGGTAGAGAGGTCACCAACTGGCAAATTTTGTTATTTGGCTTAACCGGTGGCCTTATCCCCTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGGTCGTCAGTTTCa < 1:383567/149‑1 (MQ=255) cTTTGATGGTAGAGAGGTCACCAACTGGCAAATTTTGTTATTTGGCTTAACCGGTGGCCTTATCCCCTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGGTCGTCAGTTTCa < 7:174009/149‑1 (MQ=255) tttGATGGTAGAGAGGTCACCAACTGGCAAATTTTGTTATTTGGCTTAACCGGTGGCCTTATCCCCTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGGTCGTCAGTTTCAg > 1:257393/1‑149 (MQ=255) aTGGTAGAGAGGTCACCAACTGGCAAATTTTGTTATTTGGCTTAACCGGTGGCCTTATCCCCTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGGTCGTCAGTTTCAGCAtt > 2:305472/1‑149 (MQ=255) tGGTAGAGAGGTCACCAACTGGCAAATTTTGTTATTTGGCTTAACCGGTGGCCTTATCCCCTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCAATCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGGTCGTCAGTTTCAGCATTg > 3:170740/1‑149 (MQ=255) tGGTAGAGAGGTCACCAACTGGCAAATTTTGTTATTTGGCTTAACCGGTGGCCTTATCCCCTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCAATCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGGTCGTCAGTTTCAGCATTg > 3:176167/1‑149 (MQ=255) tAGAGAGGTCACCAACTGGCAAATTTTGTTATTTGGCTTAACCGGTGGCCTTATCCCCTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGGTCGTCAGTTTCAGCATTGGcc > 7:69443/1‑149 (MQ=255) tCACCAACTGGCAAATTTTGTTATTTGGCTTAACCGGTGGCCTTATCCCCTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGGTCGTCAGTTTCAGCATTGGCCTGGCGtt > 3:232489/1‑148 (MQ=255) aCCAACTGGCAAATTTTGTTATTTGGCTTAACCGGTGGCCTTATCCCCTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGGTCGTCAGTTTCAGCATTGGCCTg > 8:227556/1‑141 (MQ=255) aCCAACTGGCAAATTTTGTTATTTGGCTTAACCGGTGGCCTTATCCCCTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGGTCGTCAGTTTCAGCATTGGCCTg < 7:227556/141‑1 (MQ=255) gCAAATTTTGTTATTTGGCTTAACCGGTGGCCTTATCCCCTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGCCACTGGGCGCAACACTGGTCGTCAGTTTCAGCATTGGCCTGGCGTTAACGCTTGTCa > 5:87411/1‑149 (MQ=255) gCAAATTTTGTTATTTGGCTTAACCGGTGGCCTTATCCCCTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGGTCGTCAGTTTCAGCATTGGCCTGGCGTTAACGCTTGTc < 3:290689/148‑1 (MQ=255) ttttGTTATTTGGCTTAACCGGTGGCCTTATCCCCTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGGTCGTCAGTTTCAGCATTGGCCTGGCGTTAACGCTTGTCACCg > 4:81256/1‑147 (MQ=255) tttGGCTTAACCGGTGGCCTTATCCCCTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGGTCGTCAGTTTCAGCATTGGCCTGGCGTTAACGCTTGTCACCGTAGGCGTTgg > 1:244649/1‑149 (MQ=255) ttAACCGGTGGCCTTATCCCCTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGGTCGTCAGTTTCAGCATTGGCCTGGCGTTAACGCTTGTCACCGTAGGCGTTGGCgcagc < 6:87411/149‑1 (MQ=255) aaCCGGTGGCCTTATCCCCTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGGTCGTCAGTTTCa > 8:122691/1‑101 (MQ=255) aaCCGGTGGCCTTATCCCCTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGGTCGTCAGTTTCAGCATTGGCCTGGCGTTAACGCTTGTCACCGTAGGCGTTGGCgcagc < 8:69443/147‑1 (MQ=255) aCCGGTGTCCTTATCCCCTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGGTCGTCAGTTTCAGCATTGGGCTGGCGTTAACGCTTGTCACCGTAGGCGTTGGCGCAGCAAt < 4:106347/149‑1 (MQ=255) aCCGGTGGCCTTATCCCCTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGGTCGTCAGTTTCAGCATTGGCCTGGCGTTAACGCTTGTCACCGTAGGCGTTGGCGCAGCAAt < 2:160755/149‑1 (MQ=255) aCCGGTGGCCTTATCCCCTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGGTCGTCAGTTTCAGCATTGGCCTGGCGTTAACGCTTGTCACCGTAGGCGTTGGCGCAGCAAt < 4:111522/149‑1 (MQ=255) cGGTGGCCTTATCCCCTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGGTCGTCAGTTTCAGCATTGGCCTGGCGTTAACGCTTGTCACCGTAGGCGTTGGCGCAGCAATCa < 6:101008/149‑1 (MQ=255) gTGGCCTTATCCCCTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGGTCGTCAGTTTCAGCATTGGCCTGGCGTTAACGCTTGTCACCGTAGGCGTTGGCgca < 5:56357/140‑1 (MQ=255) gTGGCCTTATCCCCTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGGTCGTCAGTTTCAGCATTGGCCTGGCGTTAACGCTTGTCACCGTAGGCGTTGGCGCAGCAATCAGc < 6:7429/149‑1 (MQ=255) gTGGCCTTATCCCCTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGGGCGTCAGTTTCAGCATTGGCCTGGCGTTAACGCTTGTCACCGTAGGCGTTGGCgca > 6:56357/1‑140 (MQ=255) ttATCCCCTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGGTCGTCAGTTTCAGCATTGGCCTGGCGTTAACGc < 4:289439/111‑1 (MQ=255) ttATCCCCTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGGTCGTCAGTTTCAGCATTGGCCTGGCGTTAACGc > 3:289439/1‑111 (MQ=255) aTCCCCTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGGTCGTCAGTTTCAGCATTGGCCTGGCGTTAACGCTTGTCACCGTAGGCGTTGGCGCAGCAATCAGCGTTcag < 4:343835/147‑1 (MQ=255) aTCCCCTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCAATCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGGTCGTCAGTTTCAGCATTGGCCTGGCGTTAACGCTTGTCACCGTAGGCGTTGGCGCAGCAATCAGCGTTcag < 4:170740/147‑1 (MQ=255) aTCCCCTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCAATCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGGTCGTCAGTTTCAGCATTGGCCTGGCGTTAACGCTTGTCACCGTAGGCGTTGGCGCAGCAATCAGCGTTcag < 4:176167/147‑1 (MQ=255) ccccTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGGTCGTCAGTTTCAGCATTGGCCTGGCGTTAACGCTTGTCACCGTAGGCGTTGGCGCAGCAATCAGCGTTCAGCAgg > 6:283040/1‑149 (MQ=255) ccTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGGTCGTCAGTTTCAGCATTGGCCTGGCGTTAACGCTTGTCACCGTAGGCGTTGGCGCAGCAATCAGCGTTCAGCAGGTc > 6:38439/1‑149 (MQ=255) ccTCCCCGGCCGCAATTCCCGTGCTGTCGATATGCATTCAGTGGCACGCCCTGCCACTGGGCGCAACACTGGTCGTCAGTTTCAGCATTGGCCTGGCGGTAACGCTGGTCACCGTAGGCGCTGGCGCAGCAATCAGCGTTCAGCAGGTc < 6:344586/149‑1 (MQ=255) gcaATTACCGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGAGCAACACTGGTCGTCAGTTTCAGCATTTGCCTGGCGTTAACGCTTGTCACCGTAGTCGTTGGCGCAGCAATCAGCGTTCAGCAGGTCGCAAAACGCTg < 2:257393/149‑1 (MQ=255) ttACCGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGGTCGTCAGTTTCAGCATTGGCCTGGCGTTAACGCTTGTCACCGTAGGCGTTGGCGCAGCAATCAGCGTTCAGCAGGTCGCAAAACGCTGGAGc > 4:26712/1‑149 (MQ=255) aCCGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGGTCGTCAGTTTCAGCATTGGCCTGGCGTTAACGCTTGTCACCGTAGGCGTTGGCGCAGCAATCAGCGTTCAGCAGGTCGCaa < 5:178228/136‑1 (MQ=255) aCCGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGGTCGTCAGTTTCAGCATTGGCCTGGCGTTAACGCTTGTCACCGTAGGCGTTGGCGCAGCAATCAGCGTTCAGCAGGTCGCaa > 6:178228/1‑136 (MQ=255) ccGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGGTCGTCAGTTTCAGCATTGGCCTGGCGTTAACGCTTGTCACCGTAGGCGTTGGCGCAGCAATCAGCGTTCAGCAGGTCGCAAAACGCTGGAGCGGa > 2:382654/1‑149 (MQ=255) ccGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGGTCGTCAGTTTCAGCATTGGCCTGGCGTTAACGCTTGTCACCGTAGGCGTTGGCGCAGCAATCAGCGTTCAGCAGGTCGCAAAACGCTGGAGCGGa > 1:294293/1‑149 (MQ=255) tGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGGTCGTCAGTTTCAGCATTGGCCTGGCGTTAACGCTTGTCACCGTAGGCGTTGGCGCAGCAATCAGCGTTCAGCAGGTCGCAAAACGCTGGAGCGGATTTaa > 7:107437/1‑148 (MQ=255) ttGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGGTCGTCAGTTTCAGCATTGGCCTGGCGTTAACGCTTGTCACCGTAGGCGTTGGCGCAGCAATCAGCGTTCAGCAGGTCGCAAAACGCTGGAGCGGATTTAac < 8:107437/147‑1 (MQ=255) atGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGGTCGTCAGTTTCAGCATTGGCCTGGCGTTAACGCTTGTCACCGTAGGCGTTGGCGCAGCAATCAGCGTTCAGCAGGTCGCAAAACGCTGGAGCGGATTTAACACTCTCg > 5:272612/1‑149 (MQ=255) tGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGGTCGTCAGTTTCAGCATTGGCCTGGCGTTAACGCTTGTCACCGTAGGCGTTGGCGCAGCAATCAGCGTTCAGCAGGTCGCAAAACGCTGGAGCGGATTTAACACTCTCg < 5:283040/148‑1 (MQ=255) ttCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGGTCGTCTGTTTCAGCATTGGCCTGGCGTTAACGCTTGTCACCGTAGGCGTTGGCGCAGCAATCAGCGTTCAGCAGGTCGCAAAACGCTGGAGCGGATTTAACACTCTCGCTaaa < 4:232489/149‑1 (MQ=255) | TATCAGGATGCCCATGCACGAGCCCATGCCAATGACATTAAACGACGCTTTGATGGTAGAGAGGTCACCAACTGGCAAATTTTGTTATTTGGCTTAACCGGTGGCCTTATCCCCTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGGTCGTCAGTTTCAGCATTGGCCTGGCGTTAACGCTTGTCACCGTAGGCGTTGGCGCAGCAATCAGCGTTCAGCAGGTCGCAAAACGCTGGAGCGGATTTAACACTCTCGCTAAA > NC_000913/2186361‑2186657 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |