| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 2066588 = | 3 (0.100) | 5 (0.170) | 5/254 | 2.6 | 63.0% | noncoding (766/1195 nt) | IS5 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 2102216 = | NA (NA) | noncoding (728/1195 nt) | IS5 | repeat region | |||||
TGATGCGAAATGGGTGCTCCACCTTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATC > NC_000913/2066442‑2066736 | agtggcactttggcatgaaggcccacattggtgtcgatgccaagagtggcctgacccacagcctggtcaccaccgcggccaacgagcatgacctcaatcagctgggtaatctgctgcatggagaggagcaatttgtctcagccgatGcc > 1:7105‑M1/147‑149 (MQ=255) actttggcatgaaggcccacattggtgtcgatgccaagagtggcctgacccacagcctggtcaccaccgcggccaacgagcatgacctcaatcagctgggtaatctgctgcatggagaggagcaatttgtctcagtcgatGCCAGctcc < 2:26965‑M1/9‑1 (MQ=255) tgccaagagtggcctgacccacagcctggtcaccaccgcggccaacgagcatgacctcaatcagctgggtaatctgctgcatggagaggagcaatttgtctcagtcgatGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCAt > 1:26965‑M1/110‑149 (MQ=255) aagagtggcctgacccacagcctggtcaccaccgcggccgacgagcatgacctcaatcagctgggtaatctgctgcatggagaggagcaatttgtctcagccgatGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGc > 1:74763‑M1/106‑149 (MQ=255) cctggtcaccaccgcggccaacgagcatgacctcaatcagctgggtaatctgctgcatggagaggagcaatttgtctcagccgatGc < 5:127057‑M1/2‑1 (MQ=255) cctggtcaccaccgcggccaacgagcatgacctcaatcagctgggtaatctgctgcatggagaggagcaatttgtctcagccgatGc > 6:127057‑M1/86‑87 (MQ=255) caacgagcatgacctcaatcagctgggtaatctgctgcatggagaggagcaatttgtctcagccgatGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCgg < 5:39823‑M1/43‑1 (MQ=255) caacgagcatgacctcaatcagctgggtaatctgctgcatggagaggagcaatttgtctcagccgatGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCgg > 6:39823‑M1/68‑110 (MQ=255) tCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCtg > 3:19730/1‑149 (MQ=32) aGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCtgtg < 5:88653/149‑1 (MQ=32) gCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTgg < 6:106672/149‑1 (MQ=32) GCCAGCTCCTCGCGCTGTGTCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATc > 5:6902‑M1/1‑149 (MQ=255) GCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATc > 1:160870‑M1/1‑149 (MQ=255) | TGATGCGAAATGGGTGCTCCACCTTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATC > NC_000913/2066442‑2066736 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |