| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,725,949 | G→A | 5.1% | M21I (ATG→ATA) | wecH → | O‑acetyltransferase for enterobacterial common antigen (ECA) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,725,949 | 0 | G | A | 5.1% | 258.5 / 2.2 | 79 | M21I (ATG→ATA) | wecH | O‑acetyltransferase for enterobacterial common antigen (ECA) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (34/40); new base A (2/2); total (37/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.34e-01 | |||||||||||
TAGTGATAAAACTCAGATTATTCCAGTGCGCCAACCAAATGATTTATCGGTCAGACTTTTTTTAACCAGATACAGAGACACAGATGCAGCCCAAAATTTACTGGATTGATAACCTGCGAGGGATAGCGTGTTTAATGGTGGTGATGATTCACACCACTACCTGGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTCACATGGGATATCGCCAATGTTCTGAATTCTGCCTCTCGTGTCAGCGTGCCGCTATTTTTCATGATTTCCGGCTATCTCTTTTTTGGCGAACG > NC_000913/3725804‑3726092 | tAGTGATAAAACTCAGATTATTCCAGTGCGCCAACCAAATGATTTATCGGTCAGACTTTTTTTAACCAGATACAGAGACACAGATGCAGCCCAAAATTTACTGGATTGATAACCTGCGAGGGATAGCGTGTTTAATGGTGGTgatgat > 3:240144/1‑148 (MQ=255) gTGATAAAACTCAGATTATTCCAGTGCGCCCACCAAATGATTTATCGGTCCGACTTTTTTTAACCAGATACAGAGCCAAAGTTGCAGCCCATAATTTACTGGATTGATAACCTGCGAGGGATAGAGTGTTTAATGGTTGTTATGAtt < 6:297256/147‑1 (MQ=255) gTGATAAAACTCAGATTATTCCAGTGCGCCAACCAAATGATTTATCGGTCAGACTTTTTTTAACCAGATACAGAGACACAGATGCAGCCCAAAATTTACTGGATTGATAACCTGCGAGGGATAGCGTGTTTAATGGTGGTGATGAtt < 2:370783/147‑1 (MQ=255) gTGATAAAACTCAGATTATTCCAGTGCGCCAACCAAATGATTTATCGGTCAGACTTTTTTTAACCAGATACAGAGACACAGATGCAGCCCAAAATTTACTGGATTGATAACCTGCGAGGGATAGCGTGTTTAATGGTGGTGATGAtt < 4:192655/147‑1 (MQ=255) tGATAAAACTCAGATTATTCCAGTGCGCCAACCAAATGATTTATCGGTCAGACTTTTTTTAACCAGATACAGAGACACAGATGCAGCCCAAAATTTACTGGATTGATAACCTGCGAGGGATAGCGTGTTTAATGGTGGTGATGATTca > 6:267818/1‑148 (MQ=255) gATAAAACTCAGATTATTCCAGTGCGCCAACCAAATGATTTATCGGTCAGACTTTTTTTAACCAGATACAGAGACACAGATGCAGCCCAAAATTTACTGGATTGATAACCTGCGAGGGATAGCGTGTTTAATGGTGGTGATGATTca > 1:249160/1‑147 (MQ=255) gATAAAACTCAGATTATTCCAGTGCGCCAACCAAATGATTTATCGGTCAGACTTTTTTTAACCAGATACAGAGACACAGATGCAGCCCAAAATTTACTGGATTGATAACCTGCGAGGGATAGCGTGTTTAATGGTGGTGATGATTca > 5:310636/1‑147 (MQ=255) aTAAAACTCAGATTATTCCAGTGCGCCAACCAAATGATTTATCGGTCAGACTTTTTTTAACCAGATACAGAGACACAGATGCAGCCCCAAATTTACTGGATTGATAACCTGCGAGGGATAGCGTGTTTAATGGTGGTGATGATTcaca < 2:307610/148‑1 (MQ=255) aTAAAACTCAGATTATTCCAGTGCGCCAACCAAATGATTTATCGGGCAGACTTTTTTTAACCAGATACAGAGACACAGATGCAGCCCAAAATTTACTGGATTGATAACCTGCGAGGGATAGCGTGTTTAATGGTGGTGATGATTcaca < 7:129603/148‑1 (MQ=255) 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ttttttAACCAGATACAGAGACACAGATGCAGCCCAAAATTTACTGGATTGATAACCTGCGAGGGATAGCGTGTTTAATGGTGGTGATGATTCACACCACTACCTGGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTCACATGGGa > 2:98462/1‑148 (MQ=255) acAGATACAGCGACACAGATGCAGCCCAAAATTTACTTGATTTATTACCTGCGAGGGATAGCGTGTTTAATGGTGGTGATGATTCACACCACTACCTGGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTCACATGGGATATCGCCa < 2:128514/147‑1 (MQ=255) gATACAGAGACACAGATGCAGCCCAAAATTTACTGGATTGATAACCTGCGAGGGATAGCGTGTTTAATGGTGGTGATGATTCACACCACTACCTGGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTca < 7:413911/130‑1 (MQ=255) gATACAGAGACACAGATGCAGCCCAAAATTTACTGGATTGATAACCTGCGAGGGATAGCGTGTTTAATGGTGGTGATGATTCACACCACTACCTGGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTca > 8:413911/1‑130 (MQ=255) aTACAGAGACACAGATGCAGCCCAAAATTTACTGGATTGATAACCTGCGAGGGATAGCGTGTTTAATGGTGGTGATGATTCACACCACTACCTGGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTCACATGGGATATCGCCAATGt < 6:310636/148‑1 (MQ=255) aTACAGAGACACAGATGCAGCCCAAAATTTACTGGATTGATAACCTGCGAGGGATAGCGTGTTTAATGGTGGTGATAATTCACACCACTACCTGGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTCACATGGGATATCGCCAATGt > 3:218439/1‑148 (MQ=255) aTACAGAGACACAGATGCAGCCCAAAATTTACTGGATTGATAACCTGCGAGGGATAGCGTGTTTAATGGTGGTGATAATTCACACCACTACCTGGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTCACATGGGATATCGCCAATGt > 3:213346/1‑148 (MQ=255) cAGAGACACAGATGCAGCCCAAAATTTACTGGATTGATAACCTGCGAGGGATAGCGTGTTTAATGGTGGTGATGATTCACACCACTACCTGGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTCACATGGGATATCGCCAATGTTc < 2:358242/147‑1 (MQ=255) agagACACAGATGCAGCCCAAAATTTACTGGATTGATAACCTGCGAGGGATAGCGTGTTTAATGGTGGTGATGATTCACACCACTACCTGGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTCACATGGGATATCGCCAATGTTCTg < 7:2797/148‑1 (MQ=255) gagaCACAGATGCAGCCCAAAATTTACTGGATTGATAACCTGCGAGGGATAGCGTGTTTAATGGTGGTGATGATTCACACCACTACCTGGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTCACATGGGATATCGCCAATGTTCTGa < 1:389663/148‑1 (MQ=255) gaCACAGATGCAGCCCAAAATTTACTGGATTGATAACCTGCGAGGGATAGCGTGTTTAATGGTGGTGATGATTCACACCACTACCTGGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTCACATGGGATATCGCCAATGTTCTGAAt < 7:254572/148‑1 (MQ=255) caGATGCAGCCCAAAATTTACTGGATTGATAACCTGCGAGGGATAGCGTGTTTAATGGTGGTGATGATTCACACCACTACCTGGTATGTGACCAATGCTCATAg > 7:261503/1‑104 (MQ=255) caGATGCAGCCCAAAATTTACTGGATTGATAACCTGCGAGGGATAGCGTGTTTAATGGTGGTGATGATTCACACCACTACCTGGTATGTGACCAATGCTCATAg < 8:261503/104‑1 (MQ=255) caGATGCAGCCCAAAATTTACTGGATTGATAACCTGCGAGGGATAGCGTGTTTAATGGTGGTGATGATTCACACCACTACCTGGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTCACATGGGATATCGCCAATGTTCTGAATTCTg < 6:62462/148‑1 (MQ=255) ccAAAATTTACTGGATTGATAACCTGCGAGGGATAGCGTGTTTAATGGTGGTGATAATTCACACCACTACCTGGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTCACATGGGATATCGCCAATGTTCTGAATTCTGCCTCTCgtgt < 4:213346/148‑1 (MQ=255) ccAAAATTTACTGGATTGATAACCTGCGAGGGATAGCGTGTTTAATGGTGGTGATAATTCACACCACTACCTGGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTCACATGGGATATCGCCAATGTTCTGAATTCTGCCTCTCgtgt < 4:218439/148‑1 (MQ=255) cAAAAATAACTGGATTGATAACCTGCGAGGGATAGCGTGTTTAATGGTGGTGATGAATCACACCACTACCTGGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTAACATGGGATATCTCCAATGCACTGAATTCTGCCGCTCgtgt > 2:88124/1‑147 (MQ=255) aaaaTTTACTGGATTGATAACCTGCGAGGGATAGCGTGTTTAATGGTGGTGATGATTCACACCACTACCTGGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCACGTCACATGGGATATCGCCAATGTTCTGAATTCTGCCTCTCgtgt > 7:177826/1‑146 (MQ=255) aTTGATAACCTGCGAGGGATAGCGTGTTTAATGGTGGTGATGATTCACACCACTACCTGGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTCACATGGGATATCGCCAATGTTCTGAATTCTGCCTCTCGTGTCAGCGTGCCGCTAt < 6:273551/148‑1 (MQ=255) aTAACCTGCGAGGGATAGCGTGTTTAATGGTGGTGATGATTCACACCACTACCTGGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTCACATGGGATATCGCCAATGTTCTGAATTCTGCCTCTCGTGTCAGCGTGCCGCTAttttt < 5:144702/148‑1 (MQ=255) tAACCTGCGAGGGATAGGGTTTTTAATGGTGGTGATGATTCACACCACTACCTGGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTCACATGGGATATCGCCAATGTTCTGAATTCTGCCTCTCGTGTCAGCGTGCCGCTATTTTTc < 6:29382/148‑1 (MQ=255) cGAGGGATAGCGTGTTTAATGGTGGTGATGATTCACACCACTACCTGGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTCACATGGGATATCGCCAATGTTCTGAATTCTGCCTCTCGTGTCAGCGTGCCGCTATTTTTCATGAtt < 1:13872/147‑1 (MQ=255) gAGGGATAGCGTGTTTAATGGTGGTGATGATTCACACCACTACCTGGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTCACATGGGATATCGCCAATGTTCTGAATTCTGCCTCTCGTGTCAGCGTGCCGCTATTTTTCATGATTTc > 8:68078/1‑148 (MQ=255) 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atgatTCACACCACTACCTGGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTCACATGGGATATCGCCAATGTTCTGAATTCTGCCTCTCGTGTCAGCGTGCCGCTATTTTTCATGATTTCCGGCTATCTCTTTTTTGGCGAAca > 1:269379/1‑145 (MQ=255) | TAGTGATAAAACTCAGATTATTCCAGTGCGCCAACCAAATGATTTATCGGTCAGACTTTTTTTAACCAGATACAGAGACACAGATGCAGCCCAAAATTTACTGGATTGATAACCTGCGAGGGATAGCGTGTTTAATGGTGGTGATGATTCACACCACTACCTGGTATGTGACCAATGCTCATAGTGTTAGCCCCGTCACATGGGATATCGCCAATGTTCTGAATTCTGCCTCTCGTGTCAGCGTGCCGCTATTTTTCATGATTTCCGGCTATCTCTTTTTTGGCGAACG > NC_000913/3725804‑3726092 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |