| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 78,187 | A→G | 5.9% | A189A (GCA→GCG) | setA → | broad specificity sugar efflux system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 78,187 | 0 | A | G | 5.9% | 259.7 / 4.5 | 84 | A189A (GCA→GCG) | setA | broad specificity sugar efflux system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (41/38); new base G (3/2); total (44/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
TTTAGCTCGGTGATGCGTGCGCAGCTTTCTCTGGCATGGGTTATCGGTCCACCGTTGGCCTTTATGCTGGCGTTGAATTACGGCTTTACGGTGATGTTTTCGATTGCCGCCGGGATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTCGGAAAATGCTTTATCAATGCAAGGTGGCTGGCAGGATAGTAACGTACGGATGTTATTTGTCGCCTCGACGTTAATGTGGACCTGCAACACCATGTACATTATTGAT > NC_000913/78044‑78331 | tttAGCTCGGTGATGCGTGCGCAGCTTTCTCTGGCATGGGTTATCGGTCCACCGTTGGCCTTTATGCTGGCGTTGAATTACGGCTTTACGGTGATGTTTTCGATTGCCGCCGGGATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCAttt < 7:213559/147‑1 (MQ=255) cTCGGTGATGCGTGCGCAGCTTTCTCTGGCATGGGTTATCGGTCCACCGTTGGCCTTTATGCTGGCGTTGAATTACGGCTTTACGGTGATGTTTTCGATTGCCGCCGGGATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCtt < 7:84427/148‑1 (MQ=255) cTCGGTGATGCGTGCGCAGCTTTCTCTGGCATGGGTTATCGGTCCACCGTTGGCCTTTATGCTGGCGTTGAATTACGGCTTTACGGTGATGTTTTCGATTGCCGCCGGGATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCtt > 6:32851/1‑148 (MQ=255) ggTGATGCGTGCGCAGCTTTCTCTGGCATGGGTTATCGGTCCACCGTTGGCCTTTATGCTGGCGTTGAATTACGGCTTTTCGGTGATGTTTTCGATTGCCGCCGGGATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTc < 1:173050/146‑1 (MQ=255) tGATGCGTGCGCAGCTTTCTCTGGCATGGGTTATCGGTCCACCGTTGGCCTTTATGCTGGCGTTGAATTACGGCTTTACGGTGATGTTTTCGATTGCCGCCGGGATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTc > 7:336076/1‑148 (MQ=255) aTGCGTGCGCAGCTTTCTCTGGCATGGGTTATCGGTCCACCGTTGGCCTTTATGCTGGCGTTGAATTACGGCTTTACGGTGATGTTTTCGATTGCCGCCGGGATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCtg > 8:273381/1‑148 (MQ=255) gcgtgcgCAGCTTTCTCTGGCATGGGTTATCGGTCCACCGTTGGCCTTTATGCTGGCGTTGAATTACGGCTTTACGGTGATGTTTTCGATTGCCGCCGGGATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCtgtg > 4:86104/1‑148 (MQ=255) gcAGCTTTCTCTGGCATGGGTTATCGGTCCACCGTTGGCCTTTATGCTGGCGTTGAATTACGGCTTTACGGTGATGTTTTCGATTGCCGCCGGGATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCgg > 1:140030/1‑148 (MQ=255) aGCTTTCTCTGGCATGGGTTATCGGTCCACCGTTGGCCTTTATGCTGGCGTTGAATTACGGCTTTACGGTGATGTTTTCGATTGCCGCCGGGATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGt < 1:138823/148‑1 (MQ=255) aGCTTTCTCTGGCAGGGGTTAGCGGTCCACCGTTGGCCTTTATGCTGGCGTTGAATTACGGCGTTACGGTGCTGTTTTCGATTGCCGCCGGGATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGt < 3:80403/148‑1 (MQ=255) tctcTGGCATGGGTTATCGGTCCACCGTTGGCCTTTATGCTGGCGTTGAATTACGGCTTTACGGTGATGTTTTCGATTGCCGCCGGGATATTCACACTCAGTCTTGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAAc > 3:62109/1‑148 (MQ=255) tctcTGGCATGGGTTATCGGTCCACCGTTGGCCTTTATGCTGGCGTTGAATTACGGCTTTACGGTGATGTTTTCGATTGCCGCCGGGATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGa < 8:309807/146‑1 (MQ=255) ctctGGCATGGGTTATCGGTCCACCGTTGGCCTTTATGCTGGCGTTGAATTACGGCTTTACGGTGATGTTTTCGATTGCCGCCGGGATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAAc < 4:300789/147‑1 (MQ=255) cATGGGTTATCGGTCCACCGTTGGCCTTTATGCTGGCGTTGAATTACGGCTTTACGGTGATGTTTTCGCTTGCCGCCGGGATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTc > 4:360173/1‑148 (MQ=255) cATGGGTTATCGGTCCACCGTTGGCCTTTATGCTGGCGTTGAATTACGGCTTTACGGTGATGTTTTCGATTGCCGCCGGGATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTc < 8:91560/148‑1 (MQ=255) cATGGGTTATCGGTCCACCGTTGGCCTTTATGCTGGCGTTGAATTACGGCTTTACGGTGATGTTTTCGATTGCCGCCGGGATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTc < 1:216309/148‑1 (MQ=255) gggTTATCGGTCCACCGTTGGCCTTTATGCTGGCGTTGAATTACGGCTTTACGGTGATGTTTTCGATTGCCGCCGGGATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTCgg > 6:144601/1‑147 (MQ=255) gggTTATCGGTCCACCGTTGGCCTTTATGCTGGCGTTGAATTACGGCTTTACGGTGATGTTTTCGATTGCCGCCGGGATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTCgg > 3:342326/1‑147 (MQ=255) gggTTATCGGTCCACCGTTGGCCTTTATGCTGGCGTTGAATTACGGCTTTACGGTGATGTTTTCGATTGCCGCCGGGATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTCgg > 1:272854/1‑147 (MQ=255) gggTTATCGGTCCACCGTTGGCCTTTATGCTGGCGTTGAATTACGGCTTTACGGTGATGTTTTCGATTGCCGCCGGGATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTCgg > 8:197964/1‑147 (MQ=255) gggTTATCGGTCCACCGTTGGCCTTTATGCTGGCGTTGAATTACGGCTTTACGGTGATGTTTTCGATTGCCGCCGGGATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGAGTGTAGACCTGCCGTCgg > 8:410641/1‑147 (MQ=255) gTTATCGGTCCACCGTTGGCCTTTATGCTGGCGTTGAATTACGGCTTTACGGTGATGTTTTCGATTGCCGCCGGGATATTCACACTCTGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTCGGaa > 6:288715/1‑147 (MQ=255) gTTATCGGTCCACCGTTGGCCTTTATGCTGGCGATGAATTACGGCTTTACGGTGATGTTTTCGATTGCCGCCGGGATATTCACACTCTGTCTGGTATTGATTGAATTAATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTCGGaa > 6:283397/1‑147 (MQ=255) ggTCCACCGTTGGCCTTTATGCTGGCGTTGAATTCAGGCTTTAAGGTGATGTTTTAGATTGCAGACGGTATATTAACACTCATTATGGTATTGATTGCGTTTATTCTTACGTCGGGGGCGCGGGGATAACTGCGGTCGGATAATGGtt > 8:289227/1‑148 (MQ=255) cGTTGGCCTTTATGCTGGCGTTGAATTACGGCTTTACGGTGATGTTTTCGATTGCCGCCGGGATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTCGGAAAATGCTTTATCa < 3:360173/146‑1 (MQ=255) tGGCCTTTATGCTGGCGTTGAATTACGGCTTTACGGTGATGTTTTCGATTGCCGCCGGGATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGa < 8:377341/118‑1 (MQ=255) tGGCCTTTATGCTGGCGTTGAATTACGGCTTTACGGTGATGTTTTCGATTGCCGCCGGGATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGa > 7:377341/1‑118 (MQ=255) ggCCTTTATGCTGGCGTTGAATTACGGCTTTACGGTGATGTTTTCGATTGCCGCCGGGATATTCACACTCTGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTCGGAAAATGCTTTATCAATGCa < 5:288715/147‑1 (MQ=255) ggCCTTTATGCTGGAGTTGAATTACGGCTTTACGGTGATGTTTTCGATTGCCGCCGGGATATTCACACTCTGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGGGGCGCGGGTAGAACTGCCGTCGGAAAATGCTTTATCAATGCa < 5:283397/147‑1 (MQ=255) cTTTATGCTGGCGTTGAATTACGGCTTTACGGTGATGTTTTCGATTGCCGCCGGGATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTCGGAAAATGCTTTATCAATGCAAGGt > 7:127915/1‑148 (MQ=255) tGCTGGCGTTGAATTACGGCTTTACGGTGATGTTTTCGATTGCCGCCGGGATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTCGGAAAATGCTTTATCAATGCAAGGtggct < 5:32851/147‑1 (MQ=255) gTTGAATTACGGCTTTACGGTGATGTTTTCGATTGCCGCCGGGATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTCGGAAAATGCTTTATCAATGCAAGGTGGCTGGCAGGAt < 8:336076/148‑1 (MQ=255) gTTGAATTACGGCTTTACGGTGATGTTTTCGATTGCCGCCGGGATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTCGGAAAATGCTTTATCAATGCAAGGTGGCTGGCAGGAt < 8:127915/148‑1 (MQ=255) tGAATTACGGCTTTACGGTGATGTTTTCGATTGCCGCCGGGATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTCGGAAAATGCTTTATCAATGCAAGGTGGCTGGCAGGATAg > 1:171637/1‑148 (MQ=255) tGAATTACGGCTTTACGGTGATGTTTTCGATTGCCGCCGGGATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGACGTCGGAAAATGCTTTATCAATGCAAGGTGGCTGGCAGGATAg > 4:371409/1‑148 (MQ=255) tACGGCTTTACGGTGATGTTTTCGATTGCCGCCGGGATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTCGGAAAATGCTTTATCAATGCAAGGTGGCTGGCAGGATAGTAACg > 2:329241/1‑148 (MQ=255) cTTTACGGTGATGTTTTCGATTGCCGCCGGTATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTCGGAAAATGCTTTATCAATGCAAGGTGGCTGGCAGGATAGTAACGTACgg < 2:171637/148‑1 (MQ=255) ttACGGTGATGTTTTCGATTGCCGCCGGGATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTCGGAAAATGCTTTATCAATGCAAgg < 4:308099/121‑1 (MQ=255) ttACGGTGATGTTTTCGATTGCCGCCGGGATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTCGGAAAATGCTTTATCAATGCAAgg > 3:308099/1‑121 (MQ=255) cGGTGATGTTTTCGATTGCCGCCGGGATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTCGGAAAATGCTTTATCAATGCa < 4:331816/115‑1 (MQ=255) cGGTGATGTTTTCGATTGCCGCCGGGATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTCGGAAAATGCTTTATCAATGCa > 3:331816/1‑115 (MQ=255) ggTGATGTTTTCGATTGCCGCCGGGATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTCGGAAAATGCTTTATCAATGCAAGGtggct < 3:361171/122‑1 (MQ=255) ggTGATGTTTTCGATTGCCGCCGGGATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTCGGAAAATGCTTTATCAATGCAAGGtggct > 4:361171/1‑122 (MQ=255) gTGATGTTTTCGATTGCCGCCGGGATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTCGGAAAATGCTTTATCAATGCAAGGTGGCTGGCAGGATAGTAACGTACGGATGTTAt < 7:273381/148‑1 (MQ=255) gTGATGTTTTCGATTGCCGCCGGGATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTCTGGCGCTGGTAGAACTGCCGTCGGAAAATGCTTTATCAATGCAAGGTGGCTGGCAGGATAGTAACCTACGGATGTTAt > 6:197606/1‑148 (MQ=255) tCGATTGCCGCCGGGATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCt > 5:102549/1‑60 (MQ=255) tCGATTGCCGCCGGGATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCt < 6:102549/60‑1 (MQ=255) tCGATTGCCGCCGGGATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTCGGAAAATGCTTTATCAATGCAAGGTGGCTGGCAGGATAGTAACGTACGGATGTTATTTGTCGCCt > 5:56397/1‑148 (MQ=255) aTTGCCGCCGGGATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTc > 1:122443/1‑80 (MQ=255) aTTGCCGCCGGGATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTc < 2:122443/80‑1 (MQ=255) aTTGCCGCCGGGATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTCGGAAAATGCTTTATCAATGCAAGGTGGCTGGCAGGATAGTAACGTACGGATGTTATTTGTCGCCTCGa > 5:252835/1‑148 (MQ=255) ccgGGATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTCGGAAAATGCTTTATCAATGCAAGGTGGCTGGCAGGATAGTAACATACGGATGTTATTTGTCGCCTCGACGt < 2:294512/144‑1 (MQ=255) ccgGGATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTCGGAAAATGCTTTATCAATGCAAGGTGGCTGGCAGGATAGTAACATACGGATGTTATTTGTCGCCTCGACGt > 1:294512/1‑144 (MQ=255) tCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTCGGAAAATGCTTTATCAATGCAAGGTGGCTGGCAGGATAGTaa > 8:122684/1‑106 (MQ=255) tCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTCGGAAAATGCTTTATCAATGCAAGGTGGCTGGCAGGATAGTaa < 7:122684/106‑1 (MQ=255) tCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTCGGAAAATGCTTTATCAATGCAAGGTGGCTGGCAGGATAGTAACGTACGGATGTTATTTGTCGCCTCGACGTTAATGTGGACCTg > 4:360859/1‑148 (MQ=255) cacaCTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTCGGAAAATGCTTTATCAATGCAAGGTGGCTGGCAGGATAGTAACGTACGGATGTTATTTGTCGCCTCGACGTTa > 3:235224/1‑136 (MQ=255) cacaCTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTCGGAAAATGCTTTATCAATGCAAGGTGGCTGGCAGGATAGTAACGTACGGATGTTATTTGTCGCCTCGACGTTa < 4:235224/136‑1 (MQ=255) cacTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTCGGAAAATGCTTTATCAATGCAAGGTGGCTGGCAGGATAGTAACGTACGGATGTTATTTGTCGCCTCGACGTTAATGTGGACCTGCaa > 4:321578/1‑148 (MQ=255) acTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTCGGAAAATTCTTTATCAATGCAAGGTGGCTGGCAGGATAGTACCGTACGGATGGTATTTGTCGCCTCGACGTTAATGTGGCCCTGCac > 6:280510/1‑146 (MQ=255) cTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTCGGAAAATGCTTTATCAATGCAAGGTGGCTGGCAGGATAGTAACGTACGGATGTTATTTGTCGCCTCGACGTTAATGTGGACCTGCAaca > 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TTTAGCTCGGTGATGCGTGCGCAGCTTTCTCTGGCATGGGTTATCGGTCCACCGTTGGCCTTTATGCTGGCGTTGAATTACGGCTTTACGGTGATGTTTTCGATTGCCGCCGGGATATTCACACTCAGTCTGGTATTGATTGCATTTATGCTTCCGTCTGTGGCGCGGGTAGAACTGCCGTCGGAAAATGCTTTATCAATGCAAGGTGGCTGGCAGGATAGTAACGTACGGATGTTATTTGTCGCCTCGACGTTAATGTGGACCTGCAACACCATGTACATTATTGAT > NC_000913/78044‑78331 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |