| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,217,722 | C→A | 5.8% | P132H (CCT→CAT) | ycgG → | putative membrane‑anchored cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,217,722 | 0 | C | A | 5.8% | 276.3 / 2.5 | 87 | P132H (CCT→CAT) | ycgG | putative membrane‑anchored cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (44/37); new base A (4/2); total (48/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACCTGCGCACAATCATCATTCTCAAACAGGGAATAGTCTGGTGTACATCCCTGCCTGGGAATCGGGTCCTGTTGTCTCGTATTCCTGTTTTCCCGGACAGTAATTTACTGTTGGCTCCAGCAATCGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTG > NC_000913/1217578‑1217868 | aCCTGCGCACAATCATCATTCTCAAACAGGGAATAGTCTGGTGTACATCCCTGCCTGGGAATCGGGTCCTGTTGTCTCGTATTCCTGTTTTCCCGGACAGTAATTTACTGTTGGCTCCAGCAATCGACACCGTTAATAGATTACCTAt < 4:194242/148‑1 (MQ=255) cgcACAATCATCATTCTCAAACAGGGAATAGTCTGGTGTACATCCCTGCCTGGGAATCGGGTCCTGTTGTCTCGTATTCCTGTTTTCCCGGACAGTAATTTACTGTTGGCTCCAGCAATCGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGc > 7:256778/1‑148 (MQ=255) caATCATCATTCTCAAACAGGGAATAGTCTGGTGTACATCCCTGCCTGGGAATCGGGTCCTGTTGTCTCGTATTCCTGTTTTCCCGGACAGTAATTTACTGTTGGCTCCAGCAATCGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTa > 8:330789/1‑148 (MQ=255) caATCATCATTCTCAAACAGGGAATAGTCTGGTGTACATCCCTGCCTGGGAATCGGGTCCTGTTGTCTCGTATTCCTGTTTTCCCGGACAGTAATTTACTGTTGGCTCCAGCAATCGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTa > 8:325095/1‑148 (MQ=255) aaTCATCATTCTCAAACAGGGAATAGTCTGGTGTACATCCCTGCCTGGGAATCGGGTCCTCTAGACTCGTATTCATGTTTTCCCGGACAGTAATATACTCTTGGCTCCAGCAATCGAAACCGTATATAGATTACCTATCCTGCTatat > 3:250871/1‑148 (MQ=255) atcatcATTCTCAAACAGGGAATAGTCTGGTGTACATCCCTGCCTGGGAATCGGGTCCTGTTGTCTCGTATTCCTGTTTTCCCGGACAGTAATTTACTGTTGGCTCCAGCAATCGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATc > 6:329037/1‑148 (MQ=255) tcatcaTTCTCAAACAGGGAATAGTCTGGTGTACATCCCTGCCTGGGAATCGGGTCCTGTTGTCTCGTATTCCTGTTTTCCCGGACAGTAATTTACTGTTGGCTCCAGCAATCGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATc < 1:307725/147‑1 (MQ=255) catcatTCTCAAACAGGGAATAGTCTGGTGTACATCCCTGCCTGGGAATCGGGTCCTGTTGTCTCGTATTCCTGTTTTCCCGGACAGTAATTTACTGTTGGCTCCAGCAATCGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTatat > 2:307725/1‑145 (MQ=255) catTCTCAAACAGGGAATAGTCTGGTGTACATCCCTGCCTGGGAATCGGGTCCTGTTGTCTCGTATTCCTGTTTTCCCGGACAGTAATTTACTGTTGGCTCCAGCAATCGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAAc > 1:129651/1‑148 (MQ=255) tctcAAACAGGGAATAGTCTGGTGTACATCCCTGCCTGGGAATCGGGTCCTGTTGTCTCGTATTCCTGTTTTCCCGGACAGTAATTTACTGTTGGCTCCAGCAATCGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCaa > 2:155003/1‑148 (MQ=255) tctcAAACAGGGAATAGTCTGGTGTACATCCCTGCCTGGGAATCGGGTCCTGTTGTCTCGTATTCCTGTTTTCCCGGACAGTAATTTACTGTTGGCACCAGCAATCGACACCGTTAATAGCTTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCaa > 1:265148/1‑148 (MQ=255) ctcAAACAGGGAATAGTCTGGTGTACATCCCTGCCTGGGAATCGGGTCCTGTTGTCTCGTATTCCTGTTTTCCCGGACAGTAATTTACTGTTGGCTCCAGCAATCGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCaa < 7:325095/147‑1 (MQ=255) ctcAAACAGGGAATAGTCTGGTGTACATCCCTGCCTGGGAATCGGGTCCTGTTGTCTCGTATTCCTGTTTTCCCGGACAGTAATTTACTGTTGGCTCCAGCAATCGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCaa < 7:330789/147‑1 (MQ=255) cAAACAGGGAATAGTCTGGTGTACATCCCTGCCTGGGAATCGGGTCCTGTTGTCTCGTATTCCTGTTTTCCCGGACAGTAATTTACTGTTGGCTCCAGCAATCGACCCCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAAttt > 1:98907/1‑148 (MQ=255) cAAACAGGGAATACTCTGGTGTACATCCCTGCCTGGGAATCGGGTCCTGATGTCTCGTATTCCTGTTTTCCCGGACAGTAATTTACTGTTGGATCCAGCAATCGACACCGTTAATAGATTACATATACTCCTCTATCAGAACCAAttt > 4:176675/1‑148 (MQ=255) aGGGAATAGTCTGGTGTACATCCCTGCCTGGGAATCGGGGCCTGTTGTCTCGTATTCCTGTTTTCCCGGACAGTAATTTACTGTTGGATCCAGCAATCGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGa < 4:250871/148‑1 (MQ=255) ggAATAGTCTGGTGTACATCCCTGCCTGGGAATCGGGTCCTGTTGTCTCGTATTCCTGTTTTCCCGGACAGTAATTTACTGTTGGCTCCAGCAATCGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATa > 5:320831/1‑148 (MQ=255) tatGGTGTACATCCCTGCCTGGGAATCGGGTCATGTTGTCTCGTATTCCTGTTTTCACGGACAGTAATTTACTGTTGGCTCCACCAATCGACACCCTTAATAGAATACCTATACTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATAAGCGCAt > 6:115114/3‑148 (MQ=255) ggTGTACATCCCTGCCTGGGAATCGGGTCCTGTTGTCTCGTATTCCTGTTTTCCCGGACAGTAATTTACTGTTGGCTCCAGCAATCGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCAtt > 4:365195/1‑146 (MQ=255) gtgtACATCCCTGCCTGGGAATCGGGTCCTGTTGTCTCGTATTCCTGTTTTCCCGGACAGTAATTTACTGTTGGCTCCAGCAATCGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCAttt < 3:365195/146‑1 (MQ=255) gtACATCCCTGCCTGGGAATCGGGTCCTGTTGTCTCGTATTCCTGTTTTCCCGGACAGTAATTTACTGTTGGCTCCAGCAATCGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGt > 6:149630/1‑148 (MQ=255) tACATCCCTGCCTGGGAATCGGGTCCTGTTGTCTCGTATTCCTGTTTTCCCGGACAGTAATTTACTGTTGGCTCCAGCAATCGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGtt < 8:221599/148‑1 (MQ=255) aCATCCCTGCCTGGGAATCGGGTCCTGTTGTCTCGTATTCCTGTTTTCCCGGACAGTAATTTACTGTTGGCTCCAGCAATCGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTa > 4:113555/1‑148 (MQ=255) aCATCCCTGCCTGGGAATCGGGTCCTGTTGTCTCGTATTCCTGTTTTCCCGGACAGTAATTTAATGTTGGCTCCAGCAATCGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATATGCAGATACGCGCATTATGGta > 8:4398/1‑146 (MQ=255) aTCCCTGCCTGGGAATCGGGTCCTGTTGTCTCGTATTCCTGTTTTCCCGGACAGTAATTTACTGTTGGCTCCAGCAATCGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTAc > 6:192672/1‑147 (MQ=255) aTCCCTGCCTGGGAATCGGGTCCTGTTGTCTCGTATTCCTGTTTTCCCGGACAGTAATTTACTGTTGGCTCCAGCAATCGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACg < 5:100679/148‑1 (MQ=255) aTCCCTGCCTGGGAATCGGGTCCTGTTGTCTCGTATTCCTGTTTTCCCGGACAGTAATTTACTGTTGGCTCCAGCAATCGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACg < 7:4398/148‑1 (MQ=255) aTCCCTGCCAGGGAATCGGGTCCTGTTGTCTCGTATTCCTGTTTTCCCGGACAGTAATTTACTGTTGGCTCCAGCAATCGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACg < 1:319840/148‑1 (MQ=255) tCCCTGCCTGGGAATCGGGTCCTGTTGTCTCGTATTCCTGTTTTCCCGGACAGTAATTTACTGTTGTCTCCAGCAATCGACACCGTTAATAGATTACATATCATGCTCTATAAGAACAAATTTGCAGATAAGCGCAGTTTAGTTACg > 8:289494/1‑147 (MQ=255) 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tgttgtCTCGTATTCCTGTTTTCCCGGACAGTAATTTACTGTTGGCTCCAGCAATCGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGCTACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTgg > 6:138488/1‑148 (MQ=255) tgttgtCTCGTATTCCTGTTTTCCCGGACAGTAATTTACTGTTGGCTCCAGCAATCGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTgg > 4:170425/1‑148 (MQ=255) gttgtCTCGTATTCCTGTTTTCCCGGACAGTAATTTACTGTTGGCTCCAGCAATCGACACCGTTAATAGATTAcc < 4:281887/75‑1 (MQ=255) gttgtCTCGTATTCCTGTTTTCCCGGACAGTAATTTACTGTTGGCTCCAGCAATCGACACCGTTAATAGATTAcc > 3:281887/1‑75 (MQ=255) ttgtCTCGTATTCCTGTTTTCCCGGACAGTAATTTACTGTTGGCTCCAGCAATCGACTCCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGTTAAGCGATCAGCATATTCGTgggg < 5:162973/148‑1 (MQ=255) gtCTCGTATTCCTGTTTTCCCGGACAGTAATTTACTGTTGGCTCCAGCAATCGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCa > 4:19631/1‑148 (MQ=255) 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aTCGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATg < 2:265148/148‑1 (MQ=255) tCGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGa > 2:380268/1‑148 (MQ=255) tCGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGa > 6:27509/1‑148 (MQ=255) cGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGa > 7:372779/1‑147 (MQ=255) gACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGAc < 8:256778/147‑1 (MQ=255) cacCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACatt < 6:373820/148‑1 (MQ=255) cacCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACatt < 1:380268/148‑1 (MQ=255) ccGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACattat < 6:15349/148‑1 (MQ=255) tAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAAACAATTTGCATATACGAGGATTTTGTTTACTATACGCTATCAGCATATTCGTGGTTCCCTTAATGTAACCTTGAAAGGTGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTgg < 7:289494/147‑1 (MQ=255) tAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCGGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTc < 2:35027/77‑1 (MQ=255) tAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCGGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTc > 1:35027/1‑77 (MQ=255) aGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTAAGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTAACCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACTCGTGGCGGATGAAATTATTGGACCaa > 7:213997/1‑148 (MQ=255) ccTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGgtg < 5:289914/148‑1 (MQ=255) ccTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGgtg < 1:155003/148‑1 (MQ=255) | ACCTGCGCACAATCATCATTCTCAAACAGGGAATAGTCTGGTGTACATCCCTGCCTGGGAATCGGGTCCTGTTGTCTCGTATTCCTGTTTTCCCGGACAGTAATTTACTGTTGGCTCCAGCAATCGACACCGTTAATAGATTACCTATCCTGCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTG > NC_000913/1217578‑1217868 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |