| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,587,836 | C→A | 15.1% | G154V (GGA→GTA) | ydeR ← | putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,587,836 | 0 | C | A | 15.1% | 222.8 / 3.3 | 83 | G154V (GGA→GTA) | ydeR | putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/45); new base A (12/3); total (35/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.42e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GAAGATAAATACCGAACAGGACCTTTATACTGATTGTTTTACCCATGATATATCCTAAGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGAAACTGTGCATTACGAGTGATCTCATCAACAATAACCGTTTTGCTATCGCCATTTTTTAACGCAGCATCCTGGTCATCCCTCAGCTCTATCTGAA > NC_000913/1587689‑1587977 | gaagaTAAATACCGAACAGGACCTTTATACTGATTGTTTTACCCATGATATATCCTAAGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTc < 6:219692/148‑1 (MQ=255) agaTAAATACCGAACAGGACCTTTATACTGATTGTTTTACCCATGATATATCCTAAGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTccc < 2:345542/148‑1 (MQ=255) agaTAAATACCGAACAGGACCTTTATACTGATTGTTTTACCCATGATATATCCTAAGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTccc < 5:244553/148‑1 (MQ=255) agaTAAATACCGAACAGGACCTTTATACTGATTGTTTTACCCATGATATATCCTAAGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTccc < 1:189605/148‑1 (MQ=255) tAAATACCGAACAGGACCTTTATACTGATTGTTTTACCCATGATATATCCTAAGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATAAGCGACTCTATCATTACCtcg > 6:267933/1‑146 (MQ=255) aaTACCGAACAGGACCTTTATACTGATTGTTTTACCCATGATATATCCTAAGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTGGCt < 2:448499/148‑1 (MQ=255) aTACCGAACAGGACCTTTATACTGATTGTTTTACCCATGATATATCCTAAGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATAGAAGTTATTGACAGGTGTAGATAACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTTGCtt > 3:118606/1‑148 (MQ=255) ccGAACAGGACCTTTATACTGATTGTTTTACCCATGATATATCCTAAGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCg < 4:389254/148‑1 (MQ=255) gAACAGGACCTTTATACTGATTGTTTTACCCATGATATATCCTAAGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGtt < 2:368849/148‑1 (MQ=255) aCAGGACCTTTATACTGATTGTTTTACCCATGATATATCCTAAGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTc < 6:102074/148‑1 (MQ=255) ttATACTGATTGTTTTACCCATGATATATCCTAAGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTc < 1:221799/144‑1 (MQ=255) ttATACTGATTGTTTTACCCATGATATATCCTAAGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTc > 2:221799/1‑144 (MQ=255) tattCTGATTGTTTTACCCATGATATATCCTAAGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGAATGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCATGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCTTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCg < 3:443182/147‑1 (MQ=255) aTTGTTTTACCCATGATATATCCTAAGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGc < 7:338389/147‑1 (MQ=255) aTTGTTTTACCCATGATATATCCTAAGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGATAAGAAAATCGAATCTACGTTATTGCAAGTTGTATATCACATTGATTAGAGCCACGATCGTTACCTGGCTAGCGTTTCCATTCACCGTGATAGct > 3:263609/1‑148 (MQ=255) ttGTTTTACCCATGATATATCCTAAGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGctc < 1:146590/148‑1 (MQ=255) ttttttACCCAT‑AAATTACCAAACGTTTAAAATTTCATTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGct < 3:386981/143‑1 (MQ=255) cccATGATATATCCTAAGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTc < 1:130512/107‑1 (MQ=255) ccATGATATATCCTAAGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGAGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATACACCGTGATAGCTCTTGCCtt > 5:291871/1‑146 (MQ=255) cATGATATATCCTAAGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAg < 4:281828/148‑1 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tatatCCTAAGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGa > 1:62775/1‑147 (MQ=255) tatCCTAAGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGaaa < 7:110258/147‑1 (MQ=255) atCCTAAGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTTCCAGGTGTAGATCTCATTGATAACCGAATCAATAAAAAAAAAACTTGCGTTTACATTAACAGTGATAGATCTTGCGTTAAGGGGAAACt > 8:431284/1‑148 (MQ=255) tCCTAAGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGAAACtg < 1:317419/148‑1 (MQ=255) ccTAAGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATAACCGAATCAATAAAAAAAAAAATTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTTCCTTAAGTGGAAACtgt > 4:111454/1‑148 (MQ=255) 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aGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGATGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGAAACTGTGCAt < 8:306476/148‑1 (MQ=255) aGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGAAACTGTGc < 2:45319/146‑1 (MQ=255) aGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGAAACTGTGCa < 4:427535/147‑1 (MQ=255) gtttAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGAAACTGTGCAtt < 1:158596/146‑1 (MQ=255) ggTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGAAACTGTGCAtt < 7:89321/148‑1 (MQ=255) ggTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATAACCGAATCAATAAAAAAAAATCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATATATCTTGCCTTAAGTGGAATCTGTGCAt > 4:3007/1‑147 (MQ=255) ttAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGAAACTGTGc < 2:414451/143‑1 (MQ=255) ttAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGAAACTGTGc > 1:414451/1‑143 (MQ=255) tAAAAATTGATTTAAAAAGAATGCTAAGAAAATCGAATAGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTg < 6:95657/132‑1 (MQ=255) tAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTg > 5:105278/1‑113 (MQ=255) tAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTg < 6:105278/113‑1 (MQ=255) 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aaaaGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCTTTTCCATTCACAGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGAAACTGTGCATTACGAGTGATCTCATcaa < 3:67772/148‑1 (MQ=255) aaaaGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTACCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGAAACTGTGCATTACGAGTGATCTCATcaa < 3:353983/148‑1 (MQ=255) gaagGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGAAACTGTGCATTACGAGTGATCTCATCAACAAt < 7:398228/148‑1 (MQ=255) aGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGTGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGAAACTGTGCATTACGAGTGATCTCATCAACAATAACCGttt < 5:442531/148‑1 (MQ=255) aGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTcc < 8:310830/77‑1 (MQ=255) aGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTcc > 7:310830/1‑77 (MQ=255) 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tATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATAACCGAATCAATAAAAAAAAAGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGAAACTGTGCATTACGAGTGATCTCATCAACAATAACCGTTTTGCTATCGCCAtttttt > 6:265130/1‑147 (MQ=255) aTTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGAAACTGTGCATTACGAGTGATCTCATCAACAATAACCGTTTTGCTATCGCCATTTTTTa < 1:402038/147‑1 (MQ=255) gtgtAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGAAACTGTGCATTACGAGTGATCTCATCAACAATAACCGTTTTGCTATCGCCATTTTTTAACGCAGCAt < 5:213221/148‑1 (MQ=255) tAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGAAACTGTGCATTACGAGTGATCTCATCAACAATAACCGTTTTGCTATCGCCATTTTTTAACGCAGCATCCt < 2:62775/148‑1 (MQ=255) gATCACATTGTTTAGCGCCTCGTTCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTAACCGTGATATCTCTTGCCTTAAGTGGAAACTGTTGATTACGAGTGATATCATCAACAATAACCGTTTTGCTATCGCCAtttttt < 6:65490/133‑1 (MQ=255) aTCACATTCATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATACCTCAAGCCTTAAGTGGAAACTGTGCATTACGAGTGATCACATCAACAATAACCGTTTTGCTATCGCCATTTTTTa > 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tCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGAAACTGTGCATTACGAGTGATCTCATCAACAATAACCGTTTTGCTATCGCCATTTTTTAACGCAGCATCCTGGTCAt < 1:441897/129‑1 (MQ=255) tCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGAAACTGTGCATTACGAGTGATCTCATCAACAATAACCGTTTTGCTATCGCCATTTTTTAACGCAGCATCCTGGTCAt > 2:441897/1‑129 (MQ=255) tCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGAAACTGTGCATTACGAGTGATCTCATCAACAATAACCGTTTTGCTATCGCCATTTTTTAACGCAGCATCCTGGTCATCCCTCAGCTCTATCTGaa > 8:312432/1‑147 (MQ=255) | GAAGATAAATACCGAACAGGACCTTTATACTGATTGTTTTACCCATGATATATCCTAAGGTTAAAAATTGATTTAAAAAGAAGGCTAAGAAAATCGAATCGACGTTATTGCCAGGTGTAGATCACATTGATTAGCGCCTCGATCGTTCCCTGGCTTGCGTTTCCATTCACCGTGATAGCTCTTGCCTTAAGTGGAAACTGTGCATTACGAGTGATCTCATCAACAATAACCGTTTTGCTATCGCCATTTTTTAACGCAGCATCCTGGTCATCCCTCAGCTCTATCTGAA > NC_000913/1587689‑1587977 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |