Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,025,673 | 0 | T | C | 34.6% | 105.4 / 95.7 | 102 | L229P (CTC→CCC) | ubiD | 3‑octaprenyl‑4‑hydroxybenzoate decarboxylase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (31/35); new base C (17/18); total (48/54) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
GCCAGCAGCTGATTGGTAAAAACAAACTGATTATGCGCTGGCTGTCGCATCGCGGCGGCGCGCTGGATTATCAGGAGTGGTGTGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAGTGTATCTCCAATGATCTTGAAGTGCCCGCCAGTGCGGAGATTGTGCTGGAAGGGTA > NC_000913/4025526‑4025814 | gCCAGCAGCTGATTGGTAAAAACAAACTGATTATGCGCTGGCTGTCGCATCGCGGCGGCGCGCTGGATTATCAGGAGTGGTGTGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATtct < 2:36391/148‑1 (MQ=255) gCCAGCAGCTGATTGGTAAAAACAAACTGATTATGCGCTGGCTGTCGCATCGCGGCGGCGCGCTGGATTATCAGGAGTGGTGTGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGGGCCGATCCCGCCACGATtct < 2:293448/148‑1 (MQ=255) ccAGCAGCTGATTGGTAAAAACAAACTGATTATGCGCTGGCTGTCGCATCGCGGCGGCGCGCTGGATTATCAGGAGTGGTGTGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCTCg < 3:241378/149‑1 (MQ=255) cagcagCTGATTGGTAAAAACAAACTGATTATGCGCTGGCTGTCGCATCGCGGCGGCGCGCTGGATTATCAGGAGTGGTGTGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCTCCACGATTCTCgg > 8:356525/1‑149 (MQ=255) agcagcTGATTGGTAAAAACAAACTGATTATGCGCTGGCTGTCGCATCGCGGCGGCGCGCTGGATTATCAGGAGTGGTGTGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGt < 5:107661/149‑1 (MQ=255) agcagcTGATTGGTAAAAACAAACTGATTATGCGCTGGCTGTCGCATCGCGGCGGCGCGCTGGATTATCAGGAGTGGTGTGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCCCGGt < 4:229546/149‑1 (MQ=255) gcagcTGATTGGTAAAAACAAACTGATTATGCGCTGGCTGTCGCATCGCGGCGGCGCGCTGGATTATCAGGAGTGGTGTGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTg > 4:249448/1‑149 (MQ=255) gATTGGTAAAAACAAACTGATTATGCGCTGGCTGTCGCATCGCGGCGGCGCGCTGGATTATCAGGAGTGGTGTGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCa > 6:244875/1‑149 (MQ=255) ggTAAAAACAAACTGATTATGCGCTGGCTGTCGCATCGCGGCGGCGCGCTGGATTATCAGGAGTGGGGTGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCCCGGTGCAGTCACTc < 6:123881/148‑1 (MQ=255) gTAAAAACAAACTGATTATGCGCTGGCTGTCGCATCGCGGCGGCGCGCTGGATTATCAGGAGTGGTGTGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTccc > 1:21269/1‑149 (MQ=255) tAAAAACAAACTGATTATGCGCTGGCTGTCGCATCGCGGCGGCGCGCTGGATTATCAGGAGTGGTGTGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCCCGAATCTCGGTGCAGTCACTCCCg > 2:181672/1‑149 (MQ=255) tAAAAACAAACTGATTATGCGCTGGCTGTCGCATCGCGGCGGCGCGCTGGATTATCAGGAGTGGTGTGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTCCCg > 2:102354/1‑149 (MQ=255) tAAAAACAAACTGATTATGCGCTGGCTGTCGCATCGCGGCGGCGCGCTGGATTATCAGGAGTGGTGTGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTCCCg > 8:17863/1‑149 (MQ=255) tAAAAACAAACTGATTATGCGCTGGCTGTCGCATCGCGGCGGCGCGCTGGATTATCAGGAGTGGTGTGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTCCCg > 6:141025/1‑149 (MQ=255) aacaaacTGATTATGCGCTGGCTGTCGCATCGCGGCGGCGCGCTGGATTATCAGGAGTGGTGTGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTCCCGTTcc < 5:58465/149‑1 (MQ=255) aacaaacTGATTATGCGCTGGCTGTCGCATCGCGGCGGCGCGCTGGATTATCAGGAGTGGTGTGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCCCGGTGCAGTCACTCCCGTTcc < 7:110185/149‑1 (MQ=255) aacaaacTGATTATGCGCTGGCTGTCGCATCGCGGCGGCGCGCTGGATTATCAGGAGTGGTGTGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCCCGGTGCAGTCACTCCCGTTcc < 3:16887/149‑1 (MQ=255) aaacTGATTATGCGCTGGCTGTCGCATCGCGGCGGCGCGCTGGATTATCAGGAGTGGTGTGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGa > 1:343497/1‑149 (MQ=255) aaacTGATTATGCGCTGGCTGTCGCATCGCGGCGGCGCGCTGGATTATCAGGAGTGGTGTGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCCCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGa > 4:328911/1‑149 (MQ=255) aacTGATTATGCGCTGGCTGTCGCATCGCGGCGGCGCGCTGGATTATCAGGAGTGGTGTGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGa > 7:147156/1‑148 (MQ=255) cTGATTATGCGCTGGCTGTCGCATCGCGGCGGCGCGCTGGATTATCAGGAGTGGTGTGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCCCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATAc < 8:271739/149‑1 (MQ=255) tGATTATGCGCTGGCTGTCGCATCGCGGCGGCGCGCTGGATTATCAGGAGTGGTGTGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTcc < 6:174560/136‑1 (MQ=255) tGATTATGCGCTGGCTGTCGCATCGCGGCGGCGCGCTGGATTATCAGGAGTGGTGTGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTcc > 5:174560/1‑136 (MQ=255) aTTATGCGCTGGCTGTCGCATCGCGGCGGCGCGCTGGATTATCAGGAGTGGTGTGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGc < 3:175713/148‑1 (MQ=255) tGCGCTGGCTGTCGCATCGCGGCGGCGCGCTGGATTATCAGGAGTGGTGTGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCa < 8:369027/149‑1 (MQ=255) tGCGCTGGCTGTCGCATCGCGGCGGCGCGCTGGATTATCAGGAGTGGTGTGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCa < 3:249448/149‑1 (MQ=255) tGCGCTGGCTGTCGCATCGCGGCGGCGCGCTGGATTATCAGGAGTGGTGTGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCCCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCa < 3:94549/149‑1 (MQ=255) cgcTGGCTGGCGCATCGCGGCGGCGCGCTGGATTATCAGGAGTGGTGTGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTc < 2:78640/146‑1 (MQ=255) gctggctgTCGCATCGCGGCGGCGCGCTGGATTATCAGGAGTGGTGTGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCagag > 6:201328/1‑149 (MQ=255) ctggctgTCGCATCGCGGCGGCGCGCTGGATTATCAGGAGTGGTGTGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGt < 4:146695/149‑1 (MQ=255) gTCGCATCGCGGCGGCGCGCTGGATTATCAGGAGTGGTGTGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGt > 5:208948/1‑149 (MQ=255) cGCATCGCGGCGGCGCGCTGGATTATCAGGAGTGGTGTGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCCCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGttt > 7:32259/1‑149 (MQ=255) gCATCGCGGCGGCGCGCTGGATTATCAGGAGTGGTGTGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCCCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATTCGTTTg < 6:163415/149‑1 (MQ=255) tCGCGGCGGCGCGCTGGATTATCAGGAGTGGTGTGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCTCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCg < 4:97100/149‑1 (MQ=255) 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ggtgTGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAgtg < 2:43286/149‑1 (MQ=255) tgtgCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCGGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAgtggt < 5:244875/149‑1 (MQ=255) tgCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAgtggtg < 6:174009/148‑1 (MQ=255) cggcgCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCCCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGaa < 4:236056/148‑1 (MQ=255) ggcgCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAgt < 4:264358/149‑1 (MQ=255) 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cTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAGTGTATCTCCAATGATCTTGAAGTGCCCGc < 4:98571/148‑1 (MQ=255) cTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAGTGTATCTCCAATGATCTTGAAGTGCCCGc > 5:122776/1‑148 (MQ=255) tgtgGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAGTGTATCTCCAAt > 1:47273/1‑130 (MQ=255) tgtgGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAGTGTATCTCCAAt < 2:47273/130‑1 (MQ=255) gtgGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCCCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAGTGTATCTCCAATGATCTTGAAGTGCCCGCCAg > 6:271487/1‑149 (MQ=255) tgGCGCTGGGAGCCGATCCCGCCACGATTCCCGGTGCAGTCACTCCCGGTCCGGCTACGCTTTCAGAGTATGCGTTAGCCGGATGGCTACGTGGCACCAAGCCCGAAGTGGTGAAGTGTATCTCCAATGATCTTGAAGGGCCCGCCa < 4:204109/147‑1 (MQ=255) gcgcTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCCCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAGTGTATCTCCAATGATCTTGAAGTGCCCGCCAGTGc > 1:158891/1‑149 (MQ=255) cgcTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCCCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAGTGTATCTCCAATGATCTTGAAGTGCCCGCCAGTGCg < 8:32259/149‑1 (MQ=255) gcTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAGTGTATCTCCAATGATCTTGAAGTGCCCGCCAGTGCgg < 2:21269/149‑1 (MQ=255) cTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCCCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAGTGTATCTCCAATGATCTTGAAGTGCCCGCCAGTGCg > 4:116457/1‑147 (MQ=255) gggTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAgtgt > 6:25524/1‑112 (MQ=255) gggTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAgtgt < 5:25524/112‑1 (MQ=255) ggTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAGTGTATCTCCAATGATCTTGAAGTGCCCGCCAGTGCGGAGAt < 7:143681/149‑1 (MQ=255) gCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCCCTCCCGTTCCGGATAAGCATTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACATGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAGTGTATCTCCAATGATCTTTAAGTGCCCGCCTGTGCGGAGATtgt < 6:387873/149‑1 (MQ=255) ccGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAGTGTATCTCCAATGATCTTGAAGTGCCCGCCAGTGCGGAGATtgtg < 2:343497/149‑1 (MQ=255) gATCCCGCCACGATTCCCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAGTGTATCTCCAATGATCTTGAAGTGCCCGCCAGTGCGGAGATTGTGCt < 8:154192/149‑1 (MQ=255) cGCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAGTGTATCTCCAATGATCTTGAAGTGCCCGCCAGTGCGGAGATTGTGCTGGAAg < 8:110328/149‑1 (MQ=255) ccACGATTCTCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAGTGTATCTCCAATGATCTTGAAGTGCCCGCCAGTGCGGAGATTGTGCTGGAAggg > 7:176393/1‑149 (MQ=255) gaggATTCGCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGGCGGATTGCTACGTGGCACGAAGACCGATGTGGTGAAGTGTATCTCCAATGATCTTGAAGTGCCCGCCAGTGCGGAGATTGTGCTGGAAGGGt < 2:107662/146‑1 (MQ=255) aCGATTCCCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAGTGTATCTCCAATGATCTTGAAGTGCCCGCCAGTGCGGAGATTGTGCTGGAAGGGta > 3:33436/1‑149 (MQ=255) | GCCAGCAGCTGATTGGTAAAAACAAACTGATTATGCGCTGGCTGTCGCATCGCGGCGGCGCGCTGGATTATCAGGAGTGGTGTGCGGCGCATCCGGGCGAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAGTGTATCTCCAATGATCTTGAAGTGCCCGCCAGTGCGGAGATTGTGCTGGAAGGGTA > NC_000913/4025526‑4025814 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |