| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 4497944 = | 88 (2.780) | 7 (0.240) | 6/252 | 2.6 | 7.8% | intergenic (+4/‑328) | intB/insC1 | pseudogene, integrase homology;IS, phage, Tn; Phage‑related functions and prophages; KpLE2 phage‑like element; P4‑like integrase/IS2 repressor TnpA |
| ? | NC_000913 | 4497964 = | 83 (2.810) | intergenic (+24/‑308) | intB/insC1 | pseudogene, integrase homology;IS, phage, Tn; Phage‑related functions and prophages; KpLE2 phage‑like element; P4‑like integrase/IS2 repressor TnpA | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTATTCATTATTTATAT > NC_000913/4497800‑4498081 | gCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCg < 4:58224/149‑1 (MQ=255) tgatgttacttttatattgaatgtatataaataatgaataaccgcggattctgataatcccccctgaagtgagctgtaaatagtaaatacatcagttaataccgtttgtcttttttaacaaagaaaataatcctagaataatTCCCgg > 3:89318‑M1/143‑148 (MQ=255) gTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCa > 3:58782/1‑148 (MQ=255) gTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCa > 1:40763/1‑148 (MQ=255) ccATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGccc > 2:130339/1‑149 (MQ=255) cATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCg < 5:36021/149‑1 (MQ=255) aaGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGaa < 6:49928/149‑1 (MQ=255) ttgaatgtatataaataatgaataaccgcggattctgataatcccccctgcagggagcggtaaatagtaaatacatcagttaataccgtttgtcttttttaacaaagaaaataatcctagaataatTCCCGGGCAAATGCCCGGGAat < 3:42491‑M1/22‑1 (MQ=255) agagCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAattat > 7:97532/1‑149 (MQ=255) agagCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAattat > 5:141003/1‑149 (MQ=255) gagCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAtttatt > 6:139030/1‑149 (MQ=255) tatataaataatgaataaccgcggattctgataatcccccctgcagggagcggtaaatagtaaatacatcagttaataccgtttgtcttttttaacaaagaaaataatcctagaataatTCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTa > 5:127680‑M1/120‑148 (MQ=255) tatataaataatgaataaccgcggattctgataatcccccctgcagggagcggtaaatagtaaatacatcagttaataccgtttgtcttttttaacaaagaaaataatcctagaataatTCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAg > 4:42491‑M1/120‑149 (MQ=255) aTCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAg < 8:112779/149‑1 (MQ=255) gaagaaCGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGatta > 5:132390/1‑149 (MQ=255) gaagaaCGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGatta > 1:109434/1‑149 (MQ=255) aCGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTc > 4:78434/1‑149 (MQ=255) aCGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTc > 6:46726/1‑149 (MQ=255) aCGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTc < 1:94693/149‑1 (MQ=255) 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gATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGt < 1:130339/149‑1 (MQ=255) aTTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGtt < 3:30386/149‑1 (MQ=255) aCAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGa > 1:112066/1‑148 (MQ=255) gtggGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACg < 3:66711/148‑1 (MQ=255) ggCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTAt < 2:40763/149‑1 (MQ=255) ggCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTAt > 5:36351/1‑149 (MQ=255) ggCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTAt < 4:58782/149‑1 (MQ=255) ccccctgcagggagcggtaaatagtaaatacatcagttaataccgtttgtcttttttaacaaagaaaataatcctagaataatTCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTa < 1:145368‑M1/29‑1 (MQ=255) ccccctgcagggagcggtaaatagtaaatacatcagttaataccgtttgtcttttttaacaaagaaaataatcctagaataatTCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTa > 2:145368‑M1/84‑112 (MQ=255) cGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTATTa > 7:18313/1‑148 (MQ=255) ttCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTATTAACTGa < 1:123235/148‑1 (MQ=255) tCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTATTAACTGAt < 3:78434/148‑1 (MQ=255) tGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTATTAACTGATGta > 5:8064/1‑149 (MQ=255) ggATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTATTAACTGATGtat > 6:4034/1‑149 (MQ=255) gATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTATTAACTGATGtat < 5:46726/148‑1 (MQ=255) gATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTATTAACTGATGt < 4:36251/146‑1 (MQ=255) 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aaCAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGt < 1:12338/111‑1 (MQ=255) aaCAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTATTAAc < 1:76956/134‑1 (MQ=255) aaCAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTATTAAc > 2:76956/1‑134 (MQ=255) aaCAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTATTAACTGATGtatttactat > 5:81656/1‑149 (MQ=255) aCAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTa > 1:104694/1‑94 (MQ=255) aCAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTa < 2:104694/94‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aaaaCAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTATTCAttattta < 8:97532/148‑1 (MQ=255) aaaCAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTATTCAttatttat < 4:126178/148‑1 (MQ=255) aaaCAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATGTTCTTTGTTAAAAAAGACACACGGTAGTAACTGAGGTATTTACTATTTACCGCTACCTGCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCTGTTATTCAGTATTtata > 3:86970/1‑149 (MQ=255) aaCAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACaaa > 3:79810/1‑69 (MQ=255) aaCAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACaaa < 4:79810/69‑1 (MQ=255) aGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAggggg < 3:88458/111‑1 (MQ=255) aGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAggggg > 4:88458/1‑111 (MQ=255) aGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTATTCATTATTtatat < 7:24462/146‑1 (MQ=255) aGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTATTCATTATTtatat > 8:24462/1‑146 (MQ=255) atcatcCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATc > 2:8585/1‑114 (MQ=255) atcatcCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATc < 1:8585/114‑1 (MQ=255) | GCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTATTCATTATTTATAT > NC_000913/4497800‑4498081 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |