| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,649,718 | A→G | E37G (GAA→GGA) | dicB → | Qin prophage; cell division inhibition protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,649,718 | 0 | A | G | 99.0% | 367.6 / ‑4.6 | 104 | E37G (GAA→GGA) | dicB | Qin prophage; cell division inhibition protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (53/50); total (53/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.53e-01 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
CTGCATCACAAAATTCATTGTTGAGGACGCGATAATGAAAACGTTATTACCAAACGTTAATACGTCTGAAGGTTGTTTTGAAATTGGTGTCACTATCAGTAACCCAGTATTTACTGAAGATGCCATTAACAAGAGAAAACAAGAACGGGAGCTATTAAATAAAATATGCATTGTTTCAATGCTGGCTCGTTTACGTCTGATGCCAAAAGGATGTGCACAATGAATTCAGCATTTGTGCTTGTTCTGACAGTTTTTCTTGTTTCCGGAGAGCCAGTTGATATTGCAGTCA > NC_000913/1649575‑1649863 | cTGCATCACAAAATTCATTGTTGAGGACGCGATAATGAAAACGTTATTACCAAACGTTAATACGTCTGAAGGTTGTTTTGAAATTGGTGTCACTATCAGTAACCCAGTATTTACTGAAGATACCATTAACAAGAGAAAACAAGAACggg < 8:337315/149‑1 (MQ=255) tGCATCACAAAATTCATTGTTGAGGACGCGATAATGAAAACGTTATTACCAAACGTTAATACGTCTGAAGGTTGTTTTGAAATTGGTGTCACTATCAGTAACCCAGTATTTACTGAAGATGCCATTAACAAGAGAAAACAAGGACgg > 4:130150/1‑147 (MQ=255) aTCACAAAATTCATTGTTGAGGACGCGATAATGAAAACGTTATTACCAAACGTTAATACGTCTGAAGGTTGTTTTGAAATTGGTGTCACTATCAGTAACCCAGTATTTACTGAAGATGCCATTAACAAGAGAAAACAAGGACGGGAGc > 3:374661/1‑148 (MQ=255) tCACAAAATTCATTGTTGAGGACGCGATAATGAAAACGTTATTACCAAACGTTAATACGTCTGAAGGTTGTTTTGAAATTGGTGTCACTATCAGTAACCCAGTATTTACTGAAGATGCCATTAACAAGAGAAAACAAGGACGGGAGCTa < 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7:255129/149‑1 (MQ=255) aCTGAAGATGCCATTAACAAGAGAAAACAAGGACGGGAGCTATTAAATAAAATATGCATTGTTTCAATGCTGGCTCGTTTACGTCTGATGCCAAAAGGATGTGCACAATGAATTCAGCATTTGTGCTTGTTCTGACAGTTTTTCTTGt < 2:394949/148‑1 (MQ=255) cTGAAGATGCCATTAACAAGAGAAAACAAGGACGGGAGCTATTAAATAAAATATGCATTGTTTCAATGCTGGCTCGttt > 6:365657/1‑79 (MQ=255) cTGAAGATGCCATTAACAAGAGAAAACAAGGACGGGAGCTATTAAATAAAATATGCATTGTTTCAATGCTGGCTCGttt < 5:365657/79‑1 (MQ=255) cTGAAGATGCCATTAACAAGAGAAAACAAGGACGGGAGCTATTAAATAAAATATGCATTGTTTCAATGCTGGCTCGTTTACGTCTGATGCCAAAAGGATGTGCACAATGAATTCAGCATTTGTGCTTGTTCTGACAGTTTTTCTTGttt > 6:210342/1‑149 (MQ=255) cTGAAGATGCCATTAACAAGAGAAAACAAGGACGGGAGCTATTAAATAAAATATGCATTGTTTCAATGCTGGCTCGTTTACGTCTGATGCCAAAAGGATGTGCACAATGAATTCAGCATTTGTGCTTGTTCTGACAGTTTTTCTTGttt > 5:280610/1‑149 (MQ=255) aaGATGCCATTAACAAGAGAAAACAAGGACGGGAGCTATTAAATAAAATATGCATTGTTTCAATGCTGGCTCGTTTACGTCTGATGCCAAAAGGATGTGCACAATGAATTCAGCATTTGTGCTTGTTCTGACAGTTTTTCTTGTTTcc < 6:137821/148‑1 (MQ=255) 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aaCAAGAGAAAACAAGGACGGGAGCTATTAAATAAAATATGCATTGTTTCAATGCTGGCTCGTTTACGTCTGATGCCAAAAGGATGTGCACAATGAATTCAGCATTTGTGCTTGTTCTGACAGTTTTTCTTGTTTCCGGAGAGCCAGtt > 1:151598/1‑149 (MQ=255) cAAGAGAAAACAAGGACGGGAGCTATTAAATAAAATATGCATTGTTTCAATGCTGGCTCGTTTACGTCTGATGCCAAAAGGATGTGCACAATGAATTCAGCATTTGTGCTTGTTCTGACAGTTTTTCTTGTTTCCGGAGAGCCAGTTGa < 4:70191/149‑1 (MQ=255) agagAAAACAAGGACGGGAGCTATTAAATAAAATATGCATTGTTTCAATGCTGGCTCGTTTACGTCTGATGCCAAAAGGATGTGCACAATGAATTCAGCATTTGTGCTTGTTCTGACAGTTTTTCTTGTTTCCGGAGAGCCAGTTGata < 4:67718/149‑1 (MQ=255) agagAAAACAAGGACGGGAGCTATTAAATAAAATATGCATTGTTTCAATGCTGGCTCGTTTACGTCTGATGCCAAAAGGATGTGCACAATGAATTCAGCATTTGTGCTTGTTCTGACAGTTTTTCTTGTTTCCGGAGAGCCAGTTGata < 6:280610/149‑1 (MQ=255) gagaAAACAAGGACGGGAGCTATTAAATAAAATATGCATTGTTTCAATGCTGGCTCGTTTACGTCTGATGCCAAAAGGATGTGCACAATGAATTCAGCATTTGTGCTTGTTCTGACAGTTTTTCTTGTTTCCGga > 1:289303/1‑135 (MQ=255) gagaAAACAAGGACGGGAGCTATTAAATAAAATATGCATTGTTTCAATGCTGGCTCGTTTACGTCTGATGCCAAAAGGATGTGCACAATGAATTCAGCATTTGTGCTTGTTCTGACAGTTTTTCTTGTTTCCGga < 2:289303/135‑1 (MQ=255) aaCAAGGACGGGAGCTATTAAATAAAATATGCATTGTTTCAATGCTGGCTCGTTTACGTCTGATGCCAAAAGGATGTGCACAATGAATTCCGCATTTGTGCTTGTTCTGACAGTTTTTCTTGTTTCCGGAGAGCCAGTTGATATTGcag > 4:78307/1‑149 (MQ=255) cAAGGACGGGAGCTATTAAATAAAATATGGATTGTTTCAATGCTGGCTCGTTTACGTCTGATGCCAAAAGGATGTGCACAATGAATTCAGCATTTGTGCTTGTTCTGACAGTTTTTCTTGTTTCCGGAGAGCCAGTTGATATTGcagt > 7:270605/1‑148 (MQ=255) aaGGACGGGAGCTATTAAATAAAATATGCATTGTTTCAATGCTGGCTCGTTTACGTCTGATGCCAAAAGGATGTGCACAATGAATTCAGCATTTGTGCTTGTTCTGACAGTTTTTCTTGTTTCCGGAGAGCCAGTTGATATTGcagtca < 2:407782/149‑1 (MQ=255) aaGGACGGGAGCTATTAAATAAAATATGCATTGTTTCAATGCTGGCTCGTTTACGTCTGATGCCAAAAGGATGTGCACAATGAATTCAGCATTTGTGCTTGTTCTGACAGTTTTTCTTGTTTCCGGAGAGCCAGTTGATATTGcagt > 4:114707/1‑147 (MQ=255) | CTGCATCACAAAATTCATTGTTGAGGACGCGATAATGAAAACGTTATTACCAAACGTTAATACGTCTGAAGGTTGTTTTGAAATTGGTGTCACTATCAGTAACCCAGTATTTACTGAAGATGCCATTAACAAGAGAAAACAAGAACGGGAGCTATTAAATAAAATATGCATTGTTTCAATGCTGGCTCGTTTACGTCTGATGCCAAAAGGATGTGCACAATGAATTCAGCATTTGTGCTTGTTCTGACAGTTTTTCTTGTTTCCGGAGAGCCAGTTGATATTGCAGTCA > NC_000913/1649575‑1649863 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |