| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,348,804 | T→G | 5.2% | intergenic (+36/+18) | yfaE → / ← inaA | ferredoxin involved with ribonucleotide reductase diferric‑tyrosyl radical (Y*) cofactor maintenance/acid‑inducible Kdo/WaaP family putative kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,348,804 | 0 | T | G | 5.2% | 247.1 / 4.9 | 77 | intergenic (+36/+18) | yfaE/inaA | ferredoxin involved with ribonucleotide reductase diferric‑tyrosyl radical (Y*) cofactor maintenance/acid‑inducible Kdo/WaaP family putative kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (36/37); new base G (2/2); total (38/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.98e-01 | |||||||||||
GCCTGGTTGCAGGTCAAGTTGACTGGATTGCCGAACCGTTAGCCTTTATTCAGCCGGGGGAAATTTTGCCCTGTTGTTGCCGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGCTCCCAGTCCGCTTTGGGGATTGGCTCCAGATATTTTTCCAGCTGGCGGAAGTCATGATTAATCGCTTTATCGCGACGCAAGCGGCGACGACTTTTC > NC_000913/2348656‑2348948 | gCCTGGTTGCAGGTCAAGTTGACTGGATTGCCGAACCGTTAGCCTTTATTCAGCCGGGGGAAATTTTGCCCTGTTGTTGCCGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCt < 5:257959/149‑1 (MQ=255) cTGGTTGCAGGTCAAGTTGACTGGATTGCCGAACCGTTAGCCTTTATTCAGCCGGGGGAAATTTTGCCCTGTTGTTGCCGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTa > 4:198107/1‑149 (MQ=255) gTTGCAGGTCAAGTTGACTGGATTGCCGAACCGTTAGCCTTTATTCAGCCGGGGGAAATTTTGCCCTGTTGTTGCCGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATc < 3:152229/148‑1 (MQ=255) ttGCAGGTCAAGTTGACTGGATTGCCGAACCGTTAGCCTTTATTCAGCCGGGGGAAATTTTGCCCTGTTGTTGCCGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTg > 5:204766/1‑149 (MQ=255) gCAGGTCAAGTTGACTGGATTGCCGAACCGTTAGCCTTTATTCAGCCGGGGGAAATTTTGCCCTGTTGTTGCCGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGc > 2:140402/1‑149 (MQ=255) cAGGTCAAGTTGACTGGATTGCCGAACCGTTAGCCTTTATTCAGCCGGGGGAAATTTTGCCCTGTTGTTGCCGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGc‑c < 6:129008/149‑1 (MQ=255) cAGGTCAAGTTGACTGGATTGCCGAACCGTTAGCCTTTATTCAGCCGGGGGAAATTTTGCCCTGTTGTTGCCGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGc < 3:303761/148‑1 (MQ=255) cAGGTCAAGTTGACTGGATTGCCGAACCGTTAGCCTTTATTCAGCCGGGGGAAATTTTGCCCTGTTGTTGCCGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGc < 8:113152/148‑1 (MQ=255) cAGGTCAAGTTGACTGGATTGCCGAACCGTTAGCCTTTATTCAGCCGGGGGAAATTTTGCCCTGTTGTTGCCGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATAAGACGCATAAGCGTTGTATCTGGca < 6:279444/149‑2 (MQ=39) aGGTCAAGTTGACTGGATTGCCGAACCGTTAGCCTTTATTCAGCCGGGGGAAATTTTGCCCTGTTGTTGCCGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGc‑c > 7:177992/1‑148 (MQ=255) gTCAAGTTGACTGGATTGCCGAACCGTTAGCCTTTATTCAGCCGGGGGAAATTTTGCCCTGTTGTTGCCGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTa > 7:153868/1‑148 (MQ=255) tCAAGTTGACTGGATTGCCGAACCGTTAGCCTTTATTCAGCCGGGGGAAATTTTGCCCTGTTGTTGCCGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTAc > 1:303669/1‑148 (MQ=255) aaGTTGACTGGATTGCCGAACCGTTAGCCTTTATTCAGCCGGGGGAAATTTTGCCCTGTTGTTGCCGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAAc > 4:258303/1‑149 (MQ=255) 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cGAACCGTTAGCCTTTATTCAGCCGGGGGAAATTTTGCCCTGTTGTTGCCGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCgtagt < 5:219329/149‑1 (MQ=255) aaCCGTTAGCCTTTATTCAGCCGGGGGAAATTTTGCCCTGTTGTTGCCGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTaa > 5:238281/1‑149 (MQ=255) ccGTTAGCCTTTATTCAGCCGGGGGAAATTTTGCACTGTTGTTGCCGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTTGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATa < 4:202190/149‑1 (MQ=255) cGTTAGCCTTTATTCAGCCGGGGGAAATTTTGCCCTGTTGTTGCCGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTCCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATAc < 5:337568/149‑1 (MQ=255) cGTTAGCCTTTATTCAGCCGGGGGAAATTTTGCCCTGTTGTTGCCGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGGGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATAc < 7:336726/149‑1 (MQ=255) 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gCCGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGCTCCCAGTCCGCTTTGGGGATTg > 6:248652/1‑141 (MQ=255) aaaGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGCTCCCAGTCCGCTTTGGGGATTGGCTCCAGATATTTTTc < 3:198107/149‑1 (MQ=255) aaaGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGCTCCCAGTCCGCTTTGGGGATTGGCTCCAGATATTTTTc < 2:303669/149‑1 (MQ=255) aaGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGCTCCCAGTCCGCTTTGGGGATTGGCTCCAGATATTTTTc > 3:195907/1‑148 (MQ=255) ggCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGCTCCCAGTCCGCTTTGGGGATTGGCTCCAGATATTTTTCCAg > 7:132313/1‑149 (MQ=255) atatTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGCTCCCAGTCCGCTTTGGGGATTGGCTCCAGATATTTTTCCAGCTgg > 8:232946/1‑149 (MQ=255) ttGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGCTCCCAGTCCGCTTTGGGGATTGGCTCCAGATAtt > 5:76360/1‑135 (MQ=255) ttGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGCTCCCAGTCCGCTTTGGGGATTGGCTCCAGATAtt < 6:76360/135‑1 (MQ=255) gAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCgta > 5:253255/1‑80 (MQ=255) gAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCgta < 6:253255/80‑1 (MQ=255) aaaTCGAGGTGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGAAGTAATACGCTTTCACCTGCTCCCAGTCCGCTTTGGGGATTGGCTCCAGATATTTTTCCAGCTGGCGGaa < 4:246196/148‑1 (MQ=255) aaaTCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGCTCCCAGTCCGCTTTGGGGATTGGCTCCAGATATTTTTCCAGCTGGCGGAAg > 7:26950/1‑149 (MQ=255) gagaTGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGCTCCCAGTCCGCTTTGGGGATTGGCTCCAGATATTTTTCCAGCTGGCGGAAGTCAt < 8:26950/148‑1 (MQ=255) gagaTGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGCTCCCAGTCCGCTTTGGGGATTGGCTCCAGATATTTTTCCAGCTGGCGGAAGTCATg < 3:258303/149‑1 (MQ=255) agaTGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGCTCCCAGTCCGCTTTGGGGATTGGCTCCAGATATTTTTCCAGCTGGCGGAAGTCATGa > 3:228125/1‑149 (MQ=255) agaTGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGCTCCCAGTCCGCTTTGGGGATTGGCTCCAGATATTTTTCCAGCTGGCGGAAGTCATGa < 8:132313/149‑1 (MQ=255) 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2:49177/1‑149 (MQ=255) aaCGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCgta < 8:12372/44‑1 (MQ=255) aaCGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGCTCCCAGTCCGCTTTGGGGATTGGCTCCAGATATTTTTCCAGCTGGCGGAAGTCATGATTAATCGCTTTATCGCGCCGCAAgcggcg > 6:52729/1‑149 (MQ=255) cGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGCTCCCAGTCCGCTTTGGGGATTGGCTCCAGATATTTTTCCAGCTGGCGGAAGTCATGATTAATCGCTTTATCGCGACGCAAGCGGcgac < 7:275128/149‑1 (MQ=255) cTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGCTCCCAGTCCGCTTTGGGGATTGGCTCCAGATATTTTTCCAGCTGGCGGAAGTCATGATTAATCGCTTTATCGCGACGCAAGCGGcgacga < 7:17725/149‑1 (MQ=255) ttATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGCTCCCAGTCCGCTTTGGGGATTGGCTCCAGATATTTTTCCAGCTGGCGGAAGTCATGATTAATCGCTTTATCGCGACGCaa < 7:86741/138‑1 (MQ=255) ttATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGCTCCCAGTCCGCTTTGGGGATTGGCTCCAGATATTTTTCCAGCTGGCGGAAGTCATGATTAATCGCTTTATCGCGACGCaa > 8:86741/1‑138 (MQ=255) gCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGc < 6:79089/54‑1 (MQ=255) gCGTCTTATCTGCC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGc > 5:79089/1‑54 (MQ=255) cGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGCTCCCAGTCCGCTTTGGGGATTGGCTCCAGATATTTTTCCAGCTGGCGGAAGTCATGATTAATCGCTTTATCGCGACGCAAGCGGCGACGACTTTtc > 6:133464/1‑149 (MQ=255) ttATCTGGG‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGCTCCCAGTCCGCTTTGGGGATTGGCTCCAGATATTTTTCCAGCTGGCGGAAGTCATGATTAATCGCTTTATCGCGACGCAAgc > 6:9678/1‑131 (MQ=255) ttATCTGGG‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGCTCCCAGTCCGCTTTGGGGATTGGCTCCAGATATTTTTCCAGCTGGCGGAAGTCATGATTAATCGCTTTATCGCGACGCAAgc < 5:9678/131‑1 (MQ=255) | GCCTGGTTGCAGGTCAAGTTGACTGGATTGCCGAACCGTTAGCCTTTATTCAGCCGGGGGAAATTTTGCCCTGTTGTTGCCGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGCTCCCAGTCCGCTTTGGGGATTGGCTCCAGATATTTTTCCAGCTGGCGGAAGTCATGATTAATCGCTTTATCGCGACGCAAGCGGCGACGACTTTTC > NC_000913/2348656‑2348948 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |