| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,382,150 | T→C | 6.0% | intergenic (+40/‑50) | degQ → / → degS | serine endoprotease, periplasmic/serine endoprotease, periplasmic |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,382,150 | 0 | T | C | 6.0% | 201.7 / 3.3 | 66 | intergenic (+40/‑50) | degQ/degS | serine endoprotease, periplasmic/serine endoprotease, periplasmic |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (33/29); new base C (2/2); total (35/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.22e-01 | |||||||||||
TCGGGTGAACTCGATTGCTGAAATGCGTAAAGTGCTGGCGGCAAAACCGGCCATCATCGCCCTGCAAATTGTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTCGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAACCCGCTTTCC > NC_000913/3382002‑3382298 | tCGGGTGAACTCGATTGCTGAAATGCGTAAAGTGCTGGCGGCAAAACCGGCCATCATCGCCCTGCAAATTGTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGt < 5:123330/149‑1 (MQ=255) cTCGATTGCTGAAATGCGTAAAGTGCTGGCGGCAAAACCGGCCATCATCGCCCTGCAAATTGTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTCGTg < 3:6525/149‑1 (MQ=255) gCTGAAATGCGTAAAGTGCTGGCGGCAAAACCGGCCATCATCGCCCTGCAAATTGTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTCGTg < 2:284308/142‑1 (MQ=255) gCTGAAATGCGTAAAGTGCTGGCGGCAAAACCGGCCATCATCGCCCTGCAAATTGTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTCGTg > 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tAAAGTGCTGGCGGCAAAACCGGCCATCATCGCCCTGCAAATTGTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTCGTGGTATGCTGCTGCCGTTcc < 6:262935/149‑1 (MQ=255) cTGGCTGCAAAACCGGCCATCATCGCCCTGCAAATTGTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTCGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCtttttt < 3:234450/149‑1 (MQ=255) cTGGCGGCAAAACCGGCCATCATCGCCCTGCAAATTGTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTCGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCttttt < 2:250008/148‑1 (MQ=255) gcggcAAAACCGGCCATCATCGCCCTGCAAATTGTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTCGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTaa < 4:101848/148‑1 (MQ=255) gcggcAAAACCGGCCATCATCGCCCTGCAAATTGTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTCGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAAt < 3:6723/149‑1 (MQ=255) 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cTGCAAATTGTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGtt < 1:230658/89‑1 (MQ=255) tGCAAATTATACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTCGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGc > 1:24173/1‑149 (MQ=255) aaaTTGTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTCGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGctct > 8:387683/1‑149 (MQ=255) cgGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTCGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGt < 5:277425/149‑1 (MQ=255) ggCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGGCCGGTTAACTCGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGtt < 8:113477/149‑1 (MQ=255) cAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTCGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGc > 1:314579/1‑149 (MQ=255) 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tatctGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTCGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAAtt < 7:387683/149‑1 (MQ=255) tatctGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGAAACAGCCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTCGTGGAATGATGCTCCCGTGCCGTTTTTTAATCACGCGGCCTGATTGTTTGTGAGGATATTACGTACCGTGGGCTTTGGATTAttt > 4:244528/1‑149 (MQ=255) tctGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTCGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAAtt < 7:273468/147‑1 (MQ=255) ctgATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTCGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCgg < 3:135793/148‑1 (MQ=255) ctgATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTCGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGgc > 4:336766/1‑149 (MQ=255) tgATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTCGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGgcg > 4:174972/1‑149 (MQ=255) tgATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTCGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGgcg > 4:216722/1‑149 (MQ=255) gATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTCGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGc < 7:293055/128‑1 (MQ=255) gATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTCGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGc > 8:293055/1‑128 (MQ=255) gATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTCGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGgcgc > 4:157274/1‑149 (MQ=255) cGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTCGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTAtt > 1:79212/1‑149 (MQ=255) gTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTCGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTc > 4:251023/1‑149 (MQ=255) aTGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTCGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTctgct > 1:24319/1‑149 (MQ=255) tCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGCTAACTCGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGct > 5:75890/1‑101 (MQ=255) tCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGCTAACTCGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGct > 5:81228/1‑101 (MQ=255) tCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGCTAACTCGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGct < 6:75890/101‑1 (MQ=255) tCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGCTAACTCGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGct < 6:81228/101‑1 (MQ=255) gTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTCGTGGTATGCTGCTGCCTTTCCCTTTTTTAATGACGCAGACATCGGGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCAGTTACGATTGGATTAATTGTCGGAGCTATTCTGCTGGttt > 7:363931/1‑148 (MQ=255) aaCCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTCGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCa > 8:199083/1‑149 (MQ=255) aCCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTCGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCAt < 3:50299/149‑1 (MQ=255) gggCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTCGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGcc < 2:314579/149‑1 (MQ=255) ggCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTCGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCt > 2:354147/1‑149 (MQ=255) 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TCGGGTGAACTCGATTGCTGAAATGCGTAAAGTGCTGGCGGCAAAACCGGCCATCATCGCCCTGCAAATTGTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTCGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATGACGCCTCCATCATGTTTGTGAAGCTCTTACGTTCCGTTGCGATTGGATTAATTGTCGGCGCTATTCTGCTGGTTGCCATGCCTTCGCTGCGCAGCCTTAACCCGCTTTCC > NC_000913/3382002‑3382298 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |