| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,383,298 | T→C | 5.4% | intergenic (+31/+32) | degS → / ← mdh | serine endoprotease, periplasmic/malate dehydrogenase, NAD(P)‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,383,298 | 0 | T | C | 5.4% | 229.9 / 3.0 | 74 | intergenic (+31/+32) | degS/mdh | serine endoprotease, periplasmic/malate dehydrogenase, NAD(P)‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (37/33); new base C (2/2); total (39/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.06e-01 | |||||||||||
GATCAGGTGGCGGAAATTCGCCCTGGTTCGGTGATCCCTGTAGTAGTGATGCGTGATGATAAGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAAC‑AAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATATCTTTCTTCAGCGTATCCAGCATACCTTCCAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGC > NC_000913/3383157‑3383438 | gATCAGGTGGCGGAAATTCGCCCTGGTTCGGTGATCCCTGTAGTAGTGATGCGTGATGATAAGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAAC‑AAAAAACCGGAGTCTGTGCTcc > 6:22100/1‑149 (MQ=255) gCGGAAATTCGCCCTGGTTCGGTGATCCCTGTAGTAGTGATGCGTGATGATAAGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAAC‑AAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTtta < 4:209868/149‑1 (MQ=255) gCGGAAATTCGCCCTGGTTCGGTGATCCCTGTAGTAGTGATGCGTGATGATAAGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAAC‑AAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTtta < 3:165341/149‑1 (MQ=255) ggAAATTCGCCCTGGTTCGGTGATCCCTGTAGTAGTGATGCGTGATGATAAGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAAC‑AAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTttat > 4:229280/1‑148 (MQ=255) ggAAATTCGCCCTGGTTCGGTGATCCCTGTAGTAGTGATGCGTGATGATAAGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAAC‑AAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTttat > 2:367297/1‑148 (MQ=255) ggAAATTCGCCCTGGTTCGGTGATCCCTGTAGTAGTGATGCGTGATGATAAGCAGTTAACGCTGCAGGTCAACATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAAC‑AAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTatat > 1:11701/1‑148 (MQ=255) ccTGGTTCGGTGATCCCTGTAGTAGTGATGCGTGATGATAAGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAAC‑AAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAAt > 5:120793/1‑149 (MQ=255) gTTCGGTGATCCCTGTAGTAGTGATGCGTGATGATAAGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAAC‑AAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCaa < 8:261342/148‑1 (MQ=255) tGATCCCTGTAGTAGTGATGCGTGATGATAAGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAAC‑AAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACtta < 2:380901/149‑1 (MQ=255) tCCCTGTAGTAGTGATGCGTGATGATAAGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAAC‑AAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACttatta < 4:79618/149‑1 (MQ=255) cccTGTAGTAGTGATGCGTGATGATAAGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAAC‑AAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTaa > 7:364083/1‑149 (MQ=255) ccTGTAGTAGTGATGCGTGATGATAAGCATTTAACGCTGCAGGTCACGATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAAC‑AAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAAc < 3:206754/149‑1 (MQ=255) ccTGTAGTAGTGATGCGTGATGATAAGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAAC‑AAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAAc < 4:354060/149‑1 (MQ=255) cTGTAGTAGTGATGCGTGATGATAAGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAAC‑AAAAAACCGGAGCACAGACTCCGGtttttt < 2:304470/120‑1 (MQ=38) cTGTAGTAGTGATGCGTGATGATAAGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAAC‑AAAAAACCGGAGCACAGACTCCGGtttttt > 1:304470/1‑120 (MQ=38) 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gTGATGATAAGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAAC‑AAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAgg > 1:288436/1‑149 (MQ=255) gatAAGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAAC‑AAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGa > 5:165378/1‑148 (MQ=255) aGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAAC‑AAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATAtct > 7:30589/1‑149 (MQ=255) gCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAAC‑AAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATAtctt > 3:21935/1‑149 (MQ=255) gCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAAC‑AAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATAtctt > 7:18044/1‑149 (MQ=255) 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aGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAAC‑AAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATAtcttt < 4:31067/136‑1 (MQ=255) aGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAAC‑AAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATAtcttt > 3:31067/1‑136 (MQ=255) gTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAAC‑AAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATATCTTTCTTCAGCGTATCCAg < 2:11701/149‑1 (MQ=255) aCCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAAC‑AAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAAGTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATATCTTTCTTCAGCGTCTCCAGCa > 5:5409/1‑148 (MQ=255) cATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAAC‑AAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATAtctttctt > 8:333238/1‑132 (MQ=255) cATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAAC‑AAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATAtctttctt < 7:333238/132‑1 (MQ=255) aTTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAAC‑AAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATATCTTTCTTCAGCGTATCCAGCATAcc < 5:22100/149‑1 (MQ=255) ttCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAAC‑AAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATATCTTTCTTCAGCGTATCCAGCATACCt > 5:54783/1‑149 (MQ=255) aGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCTTGCGCTCAAAAC‑AAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGTTTTTTTATTATCCGATAATAAATTACTTATTAAAGAACTCTTCGCCCAGGGCGATATCTTTCTTCAGCGTATCCATCATaaatta > 8:192865/1‑143 (MQ=255) aGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAAC‑AAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCg < 8:267582/77‑1 (MQ=255) aGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAAC‑AAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCg > 7:267582/1‑77 (MQ=255) gAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAACAAAAAAACCGGAGGGTGTGCGCCGGTTTTTTTTTATCCGCTATTCAATTCGTTATTAACGAAGTCTTCGCCCAGGGCGATAGCTTTCTTCAGCGTATCCAGCATACCTTc > 1:247820/1‑147 (MQ=255) tatCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAAC‑AAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATATCTTTCTTCAGCGTATCCAGCATACCTTCCAgcgc > 3:102858/1‑149 (MQ=255) tCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAAC‑AAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATATCTTTCTTCAGCGTATCCAGCATACCTTCCAGCGCGt > 7:248561/1‑149 (MQ=255) cGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAAC‑AAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATATCTTTCTTCAGCGTATCCAGCATACCTTCCAGCGCGTTc < 3:229280/149‑1 (MQ=255) ggCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAAC‑AAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATATCTTTCTTCAGCGTATCCAGCATACCTTCCAGCGCGTTCt < 8:30589/149‑1 (MQ=255) aaCCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAAC‑AAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATATCTTTCTTCAGCGTATCCAGCATACCTTCCAGCGCGTTCTGtt < 4:21935/149‑1 (MQ=255) aaCCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAAC‑AAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTAATATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATATCTTTCTTCAGCGTATCCAGCATACCTTCCAGCGCGTTCTGtt < 4:173870/149‑1 (MQ=255) aCCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAAC‑AAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATATCTTTCTTCAGCGTATCCAGCATACCTTCCAGCGCGTTCTGTTc < 6:52543/149‑1 (MQ=255) aCCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAAC‑AAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATATCTTTCTTCAGCGTATCCAGCATACCTTCCAGCGCGTTCTGTTc < 7:280873/149‑1 (MQ=255) ccAATTAAGTCGTGCGCTCAAAAC‑AAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATATCTTTCTTCAGCGTATCCAGCATACCTTCCAGCGCGTTCTGTTCa < 1:367297/149‑1 (MQ=255) ttAAGTCGTGCGCTCAAAAC‑AAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATATCTTTCTTCAGCGTATCCAGCATACCTTCCAgc < 4:162586/133‑1 (MQ=255) ttAAGTCGTGCGCTCAAAAC‑AAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATATCTTTCTTCAGCGTATCCAGCATACCTTCCAgc > 3:162586/1‑133 (MQ=255) ttAAGTCGTGCGCTCAAAAC‑AAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATATCTTTCTTCAGCGTATCCAGCATACCTTCCAGCGCGTTCTGTTCAAATg > 3:342674/1‑149 (MQ=255) cgcTCAAAAC‑AAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATATCTTTCTTCAGCGTATCCAGCATACCTTCCAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAggg < 8:364083/148‑1 (MQ=255) tCAAAAC‑AAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATATCTTTCTTCAGCGTATCCAGCATACCTTCCAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTAcc > 2:144345/1‑149 (MQ=255) tCAAAAC‑AAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATATCTTTCTTCAGCGTATCCAGCATACCTTCCAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTAcc > 8:384508/1‑149 (MQ=255) aac‑aaaaAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGat < 5:95501/82‑1 (MQ=255) aac‑aaaaAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGat > 6:95501/1‑82 (MQ=255) aac‑aaaaAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATATCTTTCTTCAGCGTATCCAGCATACCTTCCAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGa > 3:174037/1‑147 (MQ=255) aac‑aaaaAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATATCTTTCTTCAGCGTATCCAGCATACCTTCCAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATa < 7:99758/149‑1 (MQ=255) aaaaaaCCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATATCTTTCTTCAGCGTATCCAGCATACCTTCCAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGAt > 3:7262/1‑149 (MQ=255) aaaaaaCCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATATCTTTCTTCAGCGTATCCAGCATACCTTCCAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGAt > 2:170401/1‑149 (MQ=255) aaaaCCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATATCTTTCTTCAGCGTATCCAGCATACCTTCCAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGAttt < 6:54783/149‑1 (MQ=255) aaCCGGAGGCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATATCTTTCTTCAGCGTATCCAGCATACCTTCCAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTAc < 2:247820/149‑1 (MQ=255) aCCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATATCTTTCTTCAGCGTATCCAGCATACCTTCCAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACg > 3:167451/1‑149 (MQ=255) caggAGTCTGTGCGCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATATCTTTCTTCAGCGTATCCAGCATACCTTCCCGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGc < 6:5409/147‑1 (MQ=255) | GATCAGGTGGCGGAAATTCGCCCTGGTTCGGTGATCCCTGTAGTAGTGATGCGTGATGATAAGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAAC‑AAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATATCTTTCTTCAGCGTATCCAGCATACCTTCCAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGC > NC_000913/3383157‑3383438 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |