| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,272,535 | C→T | 5.8% | A10V (GCC→GTC) | chaC → | cation transport regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,272,535 | 0 | C | T | 5.8% | 212.0 / 2.5 | 69 | A10V (GCC→GTC) | chaC | cation transport regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (30/34); new base T (2/2); total (33/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.78e-01 | |||||||||||
TTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTCTTATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCTGGCGGCGACGCTGGCTTGTCGACCTGATGAGGGACCGGTGTGGATCTTCGGCTATGGATCGTTGATGTG > NC_000913/1272389‑1272676 | ttGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGcc > 4:65190/1‑148 (MQ=255) cAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAATGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGAtt < 7:140621/149‑1 (MQ=255) cAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGAtt < 4:299788/149‑1 (MQ=255) cAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCAGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGAt < 4:119113/148‑1 (MQ=255) aaGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTg > 1:274853/1‑149 (MQ=255) aGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTTTAAGGTGATAAAGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGt < 7:225318/149‑1 (MQ=255) gATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCAtt < 4:196029/149‑1 (MQ=255) ttGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTg > 5:233491/1‑149 (MQ=255) ttGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGCATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTg < 7:62560/149‑1 (MQ=255) tatTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGc > 3:50785/1‑148 (MQ=255) atTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCa > 3:181139/1‑149 (MQ=255) gTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCAtt < 4:50785/148‑1 (MQ=255) gTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCAtt < 8:37459/148‑1 (MQ=255) ccGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCAt > 6:190745/1‑144 (MQ=255) ccGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCAt < 5:190745/144‑1 (MQ=255) gTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTgaagaa < 5:22321/149‑1 (MQ=255) gTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTgaagaa < 2:225163/149‑1 (MQ=255) ttAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAAt > 6:183068/1‑149 (MQ=255) ttAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAAt < 4:181139/149‑1 (MQ=255) aGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATc < 4:143751/148‑1 (MQ=255) gTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCAc > 8:77861/1‑149 (MQ=255) gTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAAt > 1:332694/1‑143 (MQ=255) gTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAAt < 2:332694/143‑1 (MQ=255) tttCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGt > 4:34519/1‑129 (MQ=255) tttCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGt < 3:34519/129‑1 (MQ=255) 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aaTGTCCGGAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTCTTATGGTCAGCAGAACAACgg < 5:183068/149‑1 (MQ=255) aTGTCCGGAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTCTTATGGTCAGCAGAACAACggg > 3:270288/1‑149 (MQ=255) tGTCCGGAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTCTTATGGTCAGCAGAACAACGggc < 7:228765/149‑1 (MQ=255) cGGAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCAtt < 7:388133/110‑1 (MQ=255) cGGAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCAtt > 8:388133/1‑110 (MQ=255) acCAAAAAGTTGTCGCAGTGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACCCGTGATTACTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTCTTATGGTCAGCAGAACAACGGTCTGCTTCGCTggc > 4:66296/1‑149 (MQ=255) 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3:70604/149‑1 (MQ=255) ggAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTgaa < 3:11803/71‑1 (MQ=255) ggAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTgaa > 4:11803/1‑71 (MQ=255) ggAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTCTTATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCTGGCGGCGACGCTGGCTTGTc < 8:344094/132‑1 (MQ=255) ggAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTCTTATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCTGGCGGCGACGCTGGCTTGTc > 7:344094/1‑132 (MQ=255) gAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTCTTATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCTGGCGGCGACGCTGGCTTGTCGACCTGATGAGGGACCgg > 6:122790/1‑149 (MQ=255) tgtAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTCTTATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCTGGCGGCGACGCTGGCTTGTCGACCTGATGAGGGACCGGtgtg > 6:175133/1‑149 (MQ=255) 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tttCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTCTTATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCTGGCGGCGACGCTGGCTTGTCGACCTGATGAGGGACCGGTGTGGATCTTCGGCTATGGATCGt > 4:32788/1‑149 (MQ=255) tgatgaATGTCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTCTTATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCTGGCGGCGACGCTGGCTTGTCGACCTGATGAGGGACCGGTGTGGATCTTCGGCTATGGATCGTTGAt < 6:2016/148‑1 (MQ=255) gatgaATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTCTTATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCTGGCGGCGACGCTGGCTTGTCGACCTGATGAGGGACCGGTGTGGATCTTCGGCTATGGATCGTTGAtgt > 8:312308/1‑149 (MQ=255) gatgaATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTCTTATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCTGGCGGCGACGCTGGCTTGTCGACCTGATGAGGGACCGGTGTGGATCTTCGGCTATGGATCGTTGAt < 3:32788/147‑1 (MQ=255) atgaATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTCTTATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCTGGCGGCGACGCTGGCTTGTCGACCTGATGAGGGACCGGTGTGGATCTTCGGCTATGGATCGTTGAtgt < 5:373184/148‑1 (MQ=255) tgaATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTCTTATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCTGGCGGCGACGCTGGCTTGTCGACCTGATGAGGGACCGGTGTGGATCTTCGGCTATGGATCGtt > 7:251354/1‑142 (MQ=255) tgaATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTCTTATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCTGGCGGCGACGCTGGCTTGTCGACCTGATGAGGGACCGGTGTGGATCTTCGGCTATGGATCGtt < 8:251354/142‑1 (MQ=255) tgaATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTCTTATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCTGGCGGCGACGCTGGCTTGTCGACCTGATGAGGGACCGGTGTGGATCTTCGGCTATGGATCGTTGAtgtg < 3:285120/148‑1 (MQ=255) tgaATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTCTTATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCGTCGCTGGCGGCGACGCTGGCTTGTCGACCTGATGAGGGACCGGTGTGGATCTTCGGCTATGGATCGTTGAtgtg < 3:66296/148‑1 (MQ=255) | TTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTCTTATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCTGGCGGCGACGCTGGCTTGTCGACCTGATGAGGGACCGGTGTGGATCTTCGGCTATGGATCGTTGATGTG > NC_000913/1272389‑1272676 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |