New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 4235746 = | 81 (1.500) | 3 (0.060) | 3/240 | NT | 4.3% | intergenic (+339/‑160) | pgi/yjbE | glucosephosphate isomerase/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein |
? | NC_000913 | 4235770 = | 61 (1.230) | intergenic (+363/‑136) | pgi/yjbE | glucosephosphate isomerase/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
TTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATATTCATTCCAATTATCCTAAAACGCCATCGCTAATTCCCCGCGCCGTAATTCGCATGCTTTAGTTGTGTATACTCGATCCCGCCCGAAATGTTTTTGGGTAAATCTCCATTCATTCAATGAAGGGAAATTGTTATGAAAAAAGTT > NC_000913/4235624‑4235917 | ttAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGa > 1:186225/1‑148 (MQ=255) tAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGat < 7:97964/148‑1 (MQ=255) tAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGat < 3:129816/148‑1 (MQ=255) aaCGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGata < 4:185848/148‑1 (MQ=255) tgaatggagatttacccaaaaacatttcgggcgggatcgagtatacacaactaaagcatgcgaattacggcgcggggaattagcgatggcgttttaggataattggaatgaatatcAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATattcat > 1:62314‑M1/117‑149 (MQ=255) gAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATattcat < 5:51372/149‑1 (MQ=255) gAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATattcat < 6:167091/149‑1 (MQ=255) aaTCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATATTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTCATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATattcattc < 5:102846/149‑1 (MQ=255) cGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATATTCATTCCAATTATc < 6:189580/149‑1 (MQ=255) 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gATATTCATTCCAATTATCCTAAAACGCCATAGCTAATTCCCCGCGCCGTAATTCGCATGCTTTAGTTGTGTATACTCGATCACGCCCGAAATGTTTTTGGGTAAATCTCCATTCATTCAATGAAGGGAAATTGTTATGAAAAAAGtt < 6:213781/148‑1 (MQ=255) | TTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATATTCATTCCAATTATCCTAAAACGCCATCGCTAATTCCCCGCGCCGTAATTCGCATGCTTTAGTTGTGTATACTCGATCCCGCCCGAAATGTTTTTGGGTAAATCTCCATTCATTCAATGAAGGGAAATTGTTATGAAAAAAGTT > NC_000913/4235624‑4235917 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |