| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,512,056 | G→A | 6.6% | G135S (GGC→AGC) | ydcS → | putative ABC transporter periplasmic binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,512,056 | 0 | G | A | 6.6% | 186.0 / 2.5 | 60 | G135S (GGC→AGC) | ydcS | putative ABC transporter periplasmic binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/31); new base A (2/2); total (27/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTTACGATCTGGTTACGGCATCCGGCGATGCCTCGCTGCGTTTGATTATGGGTAAACGCGTGCAGCCGATTAATACCGCATTGATTCCCAACTGGAAAACGCTCGATCCGCGCGTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGCGGCAAAGTTTACGGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAACCTGCTGATGTACAACACTAAAACCTTCCCGACGCCGCCGGATAGCTGGCAAGTGGTTTTTGTTGAGCAAAATCTGCCGGACGGCAAGAGCAATAAAGGCCGCG > NC_000913/1511913‑1512197 | gTTACGATCTGGTTACGGCATCCGGCGATGCCTCGCTGCGTTTGATTATGGGTAAACGCGTGCAGCCGATTAATACCGCATTGATTCCCAACTGGAAAACGCTCGATCCGCGCGTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGCGGCa > 8:25849/1‑147 (MQ=255) ttACGATCTGGTTACGGCATCCGGCGATGCCTCGCTGCGTTTGATTATGGGTAAACGCGTGCAGCCGATTAATACCGCATTGATTCCCAACTGGAAAACGCTCGATCCGCGCGTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGCGGCAAAg > 1:173574/1‑149 (MQ=255) cGATCTGGTTACGGCATCCGGCGATGCCTCGCTGCGTTTGATTATGGGTAAACGCGTGCAGCCGATTAATACCGCATTGATTCCCAACTGGAAAACGCTCGATCCGCGCGTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGCGGCAAAGtt < 4:107282/148‑1 (MQ=255) gATCTGGTTACGGCATCCGGCGATGCCTCGCTGCGTTTGATTATGGTTACACGCGTGCAGCCGATTAATACCGCATTGAGTCCCAACTGGAAAACGCTCGCTCCGCGCGTGGTTAAAGGCGACTGGGTTAATGTTGGCGGCAAAGTTTa > 1:187247/1‑149 (MQ=255) gTTACGGCATCCGGCGATGCCTCGCTGCGTTTGATTATGGGTAAACGCGTGCAGCCGATTAATACCGCATTGATTCCCAACTGGAAAACGCTCGATCCGCGCGTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGCGGCAAAGTTTAc < 5:173304/144‑1 (MQ=255) gTTACGGCATCCGGCGATGCCTCGCTGCGTTTGATTATGGGTAAACGCGTGCAGCCGATTAATACCGCATTGATTCCCAACTGGAAAACGCTCGATCCGCGCGTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGCGGCAAAGTTTACGGca < 2:188393/148‑1 (MQ=255) gTTACGGCATCCGGCGATGCCTCGCTGCGTTTGATTATGGGTAAACGCGTGCAGCCGATTAATACCGCATTGATTCCCAACTGGAAAACGCTCGATCCGCGCGTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGCGGCAAAGTTTACGGca > 5:188754/1‑148 (MQ=255) cGGCATCCGGCGATGCCTCGCTGCGTTTGATTATGGGTAAACGCGTGCAGCCGATTAATACCGCATTGATTCCCAACTGGAAAACGCTCGATCCGCGCGTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGCGGCAAAGTTTACGGCACACCt > 4:177048/1‑149 (MQ=255) tCCGGCGATGCCTCGCTGCGTTTGATTATGGGTAAACGCGTGCAGCCGATTAATACCGCATTGATTCCCAACTGGAAAACGCTCGATCCGCGCGTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGCGGCAAAGTTTACGGCACACCTTACCa < 4:15145/149‑1 (MQ=255) ggCGATGCCTCGCTGCGTTTGATTATGGGTAAACGCGTGCAGCCGATTAATACCGCATTGATTCCCAACTGGAAAACGCTCGATCCGCGCGTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGCGGCAAAGTTTACGGCACACCTTACCAATg < 3:179539/149‑1 (MQ=255) gCGATGCCTCGCTGCGTTTGATTATGGGTAAACGCGTGCAGCCGATTAATACCGCATTGATTCCCAACTGGAAAACGCTCGATCCGCGCGTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGCGGCAAAGTTTACGGCACACCTTACGAATgg < 3:190534/149‑1 (MQ=255) tGCGTTTGATTATGGGTAAACGCGTGCAGCCGATTAATACCGCATTGATTCCCAACTGGAAAACGCTCGATCCGCGCGTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGCGGCAAAGTTTACGGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAACctg > 3:230884/1‑149 (MQ=255) ttATGGGTAAACGCGTGCAGCCGATTAATACCGCATTGATTCCCAACTGGAAAACGCTCGATCCGCGCGTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGCGGCAAAGTTTACGGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAACCTGCTGATGTac < 2:173574/149‑1 (MQ=255) tGGGTATACGCGTGCAGCCGATTAATACCGCATTGATTCCCAAATGGAAAACGCTCGATCCGCGCGTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGCGGCAAAGTTTACGGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAACCTGCTGATGTacaa < 5:87516/148‑1 (MQ=255) tGGGTAAACGCGTGCAGCCGATTAATACCGCATTGATTCCCAACTGGAAAACGCTCGATCCGCGCGTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGCGGCAAAGTTTACGGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAACCTGCTGATGTacaa > 7:167479/1‑148 (MQ=255) gggTAAACGCGTGCAGCCGATTAATACCGCATTGATTCCCAACTGGAAAACGCTCGATCCGCGCGTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGCGGCAAAGTTTACGGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAACCTGCTGATGTacaaca > 8:197033/1‑149 (MQ=255) gggTAAACGCGTGCAGCCGATTAATACCGCATTGATTCCCAACTGGAAAACGCTCGATCCGCGCGTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGCAGCAAAGTTTACGGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAACCCGCTGATGTacaac > 4:39952/1‑148 (MQ=255) gggTAAACGCGTGCAGCCGATTAATACCGCATTGATTCCCAACAGGAAAACGCTCGATCCGCGCGTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGCAGCAAAGTTTACGGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAACCCGCTGATGTacaaca > 4:43090/1‑149 (MQ=255) cgcgTGCAGCCGATTAATACCGCATTGATTCCCAACTGGAAAACGCTCGATCCGCGCGTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGCGGCAAAGTTTACGGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAACCTGCTGATGTACAACACTAAAAc < 4:119803/149‑1 (MQ=255) tGCAGCCGATTAATCCCGCATTGATTCCCAACTGGAAACCGCTCGATCCGCGCGTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGCGGCAAAGTTTACGGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAACCTGCTGATGTACAACACTAAAACCTTc < 6:181244/149‑1 (MQ=255) tGCAGCCGATTAATACCGCTTTGATTCCCAACTGGAAAACGCTCGATCCGCGCGTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGCGGCAAAGTTTACGGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAACCTGCTGATGTACAACACTAAAACCTTc < 8:219122/149‑1 (MQ=255) aGCCGATTAATACCGCATTGATTCCCAACTGGAAAACGCTCGATCCGCGCGTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGCGGCAAAGTTTACGGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAACCTGCTGATGTACAACACTAAAACCTTc < 8:79927/146‑1 (MQ=255) aGCCGATTAATACCGCATTGATTCCCAACTGGAAAACGCTCGATCCGCGCGTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGCGGCAAAGTTTACGGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAACCTGCTGATGTACAACACTAAAACCTTc > 7:79927/1‑146 (MQ=255) ccGCATTGATTCCCAACTGGAAAACGCTCGATCCGCGCGTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGCGGCAAAGTTTACGGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAACCTGCTGATGTACAACACTAAAACCTTCCCGACGCCGCCGGa > 2:110178/1‑148 (MQ=255) cGCATTGATTCCCAACTGGAAAACGCTCGATCCGCGCGTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGCGGCAAAGTTTa < 2:83853/78‑1 (MQ=255) cGCATTGATTCCCAACTGGAAAACGCTCGATCCGCGCGTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGCGGCAAAGTTTa > 1:83853/1‑78 (MQ=255) cGCATTGATTCCCAACTGGAAAACGCTCGATCCGCGCGTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGCGGCAAAGTTTACGGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAACCTGCTGATGTACAACACTAAAACCTTCCCGAcgccgc < 6:138921/143‑1 (MQ=255) cGCATTGATTCCCAACTGGAAAACGCTCGATCCGCGCGTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGCGGCAAAGTTTACGGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAACCTGCTGATGTACAACACTAAAACCTTCCCGAcgccgc > 5:138921/1‑143 (MQ=255) gCATTGATTCCCAACTGGAAAACGCTCGATCCGCGCGTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGAGGCAAAGTTTACGGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAACCTGCTGATGTACAACACTAAAACCTTCCCGACGCCGCCGGATAg > 3:31594/1‑149 (MQ=255) cATTGATTCCCAACTTGAAAACGCTCGATCCGCGCGTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGCGGCAAAGTTTACTGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAACCTGCTGAt < 2:61920/112‑1 (MQ=255) ttGATTCCCAACTGGAAAACGCTCGATCCGCGCGTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGCGGCAAAGTTTACGGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAACCTGCTGATGTACAACACTAAAACCTTCCCGACGCCGCCGGATAGCTg < 7:107949/149‑1 (MQ=255) tGATTCCCAACTGGAAAACGCTCGATCCGCGCGTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGCGGCAAAGTTTACGGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAACCTGCTGATGTACAACACTAAAACCTTCCCGACGCCGCCGGATAGCTgg > 2:21131/1‑149 (MQ=255) taTTCCCAACTTGAAAAAGCTCGATCCGCGCGGGGTTAAAGGCGACTTGTTTAATGTTGGCGGCAAAGTTTAAGGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAACCTGCTGATGTACAACACTAAAACCTTCCCGACGCCGCCGTATAGCTgg < 2:65364/147‑1 (MQ=255) gATTCCCAACTGGAAAACGCTCGATCCGCGCGTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGCGGCAAAGTTTACGGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAACCTGCTGATGTACAACACTAAAACCTTCCCGACGCCGCCGGATAGCTgg < 8:167479/148‑1 (MQ=255) gATTCCCAACTGGAAAACGCTCGATCCGCGCGTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGCGGCAAAGTTTACGGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAACCTGCTGATGTACAACACTAAAACCTTCCCGACGCCGCCGGATAGCTgg < 4:230884/148‑1 (MQ=255) gATTCCCAACTGGAAAACGCTCGATCCGCGCGTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGCGGCAAAGTTTACGGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAAACTGCTGATGTACAACACTAAAACCTTCCCGACGCCGCCGGATAGCTgg > 6:21124/1‑148 (MQ=255) ttCCCAACTGGAAAACGCTCGATCCGCGCGTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGCGGCAAAGTTTACGGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAACCTGCTGATGTACAACACTAAAACCTTCCCGACGCCGCCGGATAGCTGGCaa < 6:188754/149‑1 (MQ=255) tCCCAACTGGAAAACGCTCGATACGCGCGTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGCGGCAAAGTTTACGGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAACCTGCTGATGTACAACACTAAAACCTTCCCGACGCCGCCGGATAGCTGGCAAg > 2:8093/1‑149 (MQ=255) gAAAACGCTCGATCCGCGCGTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGCGGCAAAGTTTACGGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAACCTGCTGATGTACAACACTAAAACCTTCCCGACGCCGCCGGATAGCTGGCAAGTGGTTTttg < 7:25849/149‑1 (MQ=255) gAAAACGCTCGATCCGCGCGTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGCGGCAAAGTTTACGGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAACCTGCTGATGTACAACACTAAAACCTTCCCGACGCCGCCGGATAGCTGGCAAGTGGTTTttg < 3:134919/149‑1 (MQ=255) gAAAACGCTCGATCCGCGCGTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGCGGCAAAGTTTACGGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAACCTGCTGATGTACAACACTAAAACCTTCCCGACGCCGCCGGATAGCTGGCAAGTGGTTTttg < 4:31594/149‑1 (MQ=255) aaaaCGCTCGATCCGCGCGTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGCGGCAAAGTTTACGGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAACCTGCTGATGTACAACACTAAAACCTTCCCCACGCCGCCGGATAGCTGGCAAGTGGTTTttgt > 4:2432/1‑149 (MQ=255) aCGCTCGATCCGCGCGTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGCGGCAAAGTTTACGGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAACCTGCTGATGTACAACACTAAAACCTTCCCGACGCCGCCGGATAGCTGGCTAGTGGTTTTTGTTGa < 3:177048/149‑1 (MQ=255) aCGCTCGATCCGCGCGTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGCAGCAAAGTTTACGGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAACCCGCTGATGTACAACACTAAAACCTTCCCGACGCCGCCGGATAGCTGGCAAGTGGTTTTTGTTGa < 3:39952/149‑1 (MQ=255) aCGCTCGATCCGCGCGTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGCAGCAAAGTTTACGGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAACCCGCTGATGTACAACACTAAAACCTTCCCGACGCCGCCGGATAGCTGGCAAGTGGTTTTTGTTGa < 3:43090/149‑1 (MQ=255) gATCCGCGCGTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGCGGCAAAGTTTACGGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAACCTGCTGATGTACAACACTAAAACCTTCCCGACGCCGCCGGATAGCTGGCAAGTGGTTTTTGTTGAGCaaaa < 7:192313/149‑1 (MQ=255) aTCCGCGCGTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGCGGCAAAGTTTACGGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAACCTGCTGATGTACAACACTAAAACCTTCCCGACGCCGCCGGATAGCTGGCAAGTGGTTTTTGTTGAGCaaaa > 7:32304/1‑148 (MQ=255) gcgcgTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGCGGCAAAGTTTACGGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAACCTGCTGATGTACAACACTAAAACCTTCCCGACGCCGCCGGATAGCTGGCAAGTGGTTTTTGTTGAGCAAAATCTGc < 1:21131/149‑1 (MQ=255) cgcgTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGCGGCAAAGTTTACGGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAACCTGCTGATGTACAACACTAAAACCTTCCCGACGCCGCCGGATAGCTGGCAAGTGGTTTTTGTTGAGCAAAATCTGcc < 8:32304/149‑1 (MQ=255) gCGACTGGTTTAATGTTGGCGGCAAAGTTTACGGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAACCTGCTGATGTACAACACTAAAACCTTCCCGACGCCGCCGGATAGCTGGCAAGTGGTTTTTGTTGAGCAAAATCTGCCGGACGGCAAGAGc < 7:197033/149‑1 (MQ=255) cTGGTTTAATGTTGGCGGCAAAGTTTACGGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAACCTGCTGATGTACAACACTAAAACCTTCCCGACGCCGCCGGATAGCTGGCAAGTGGTTTTTGTTGa > 7:95044/1‑120 (MQ=255) cTGGTTTAATGTTGGCGGCAAAGTTTACGGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAACCTGCTGATGTACAACACTAAAACCTTCCCGACGCCGCCGGATAGCTGGCAAGTGGTTTTTGTTGa < 8:95044/120‑1 (MQ=255) tttAATGTTGGCGGCAAAGTTTACGGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAACCTGCTGATGTACAACACTAAAACCTTCCCGACGCCGCCGGATAGc > 8:209951/1‑96 (MQ=255) tttAATGTTGGCGGCAAAGTTTACGGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAACCTGCTGATGTACAACACTAAAACCTTCCCGACGCCGCCGGATAGc < 7:209951/96‑1 (MQ=255) tttAATGTTGGCGGCAAAGTTTACGGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAACCTGCTGATGTACAACACTAAAACCTTCCCGACGCCGCCGGATAGCTGGCAAGTGGTTTTTGTTGAGCAAAATCTGCCGGACGGCAAGAGCAATAAAgg > 1:148370/1‑149 (MQ=255) aTGTTGGCGGCAAAGTTTACGGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAACCTGCTGATGTACAACACTAAAACCTTCCCGACGCCGCCGGATAGCTGGCAAGTGGTTTTTGTTGAGCAAAATCTGCCGGACGGCAAGAGCAATAAAGGCcgc > 4:199024/1‑149 (MQ=255) aTGTTGGCGGCAAAGTTTACGGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAACCTGCTGATGTACAACACTAAAACCTTCCCGACGCCGCCGGATAGCTGGCAAGTGGTTTTTGTTGAGCAAAATCTGCCGGACGGCAAGAGCAATAAAGGCcgc > 7:152395/1‑149 (MQ=255) tGTTGGCGGCAAAGTATACGGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAACCTGCTGATGTACAACACTAAAACCATCCCGACGCCGCCGCATAGCAGGCAAGTGGTTTTAGATGAGCAAAATCTGCCGGACGCCAAGAGCAATAAAGGCcgcc > 1:19662/1‑148 (MQ=255) tGGCGGCAAAGTTTACGGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAACCTGCTGATGTACAACACTAAAACCTTCCCGACGCCGCCGGATAGCTGGCAAGTGGTTTttg > 8:179327/1‑104 (MQ=255) tGGCGGCAAAGTTTACGGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAACCTGCTGATGTACAACACTAAAACCTTCCCGACGCCGCCGGATAGCTGGCAAGTGGTTTttg < 7:179327/104‑1 (MQ=255) | GTTACGATCTGGTTACGGCATCCGGCGATGCCTCGCTGCGTTTGATTATGGGTAAACGCGTGCAGCCGATTAATACCGCATTGATTCCCAACTGGAAAACGCTCGATCCGCGCGTGGTTAAAGGCGACTGGTTTAATGTTGGCGGCAAAGTTTACGGCACACCTTACCAATGGGGGCCGAACCTGCTGATGTACAACACTAAAACCTTCCCGACGCCGCCGGATAGCTGGCAAGTGGTTTTTGTTGAGCAAAATCTGCCGGACGGCAAGAGCAATAAAGGCCGCG > NC_000913/1511913‑1512197 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |