| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 169,015 | G→A | 68.4% | W511* (TGG→TAG) | fhuA → | ferrichrome outer membrane transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 169,015 | 0 | G | A | 68.4% | 133.0 / 78.2 | 98 | W511* (TGG→TAG) | fhuA | ferrichrome outer membrane transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (17/14); new base A (31/36); total (48/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CAAACGGGCGTTTATGTTCAGGATCAGGCGCAGTGGGATAAAGTGCTGGTCACCCTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATATTTTCGCACCGTCTAAAGGTAAGCAGTATGAAGTCGGCGT > NC_000913/168873‑169156 | caaacGGGCGTTTATGTTCAGGATCAGGCGCAGTGGGATAAAGTGCTGGTCACCCTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCgtgg < 7:315763/149‑1 (MQ=255) cGGGCGTTTATGGTCAGGATCAGGCGCAGTGGGATAAAGTGCTGGTCACCCTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGATTCTCTTAACCTCTTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTAGCgtggtggt < 2:170416/149‑1 (MQ=255) ggCGTTTATGTTCAGGATCAGGCGCAGTGGGATAAAGTGCTGGTCACCCTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTAGCGTGGTGgtgt < 4:178552/149‑1 (MQ=255) gTTTATGTTCAGGATCAGTCGCAGTGTGATAAAGTGCTGGTCACCATAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCTAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTaa < 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ttCAGGATCAGGCGCAGTGGGATAAAGTGCTGGTCACCCTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTAACTACCTg > 2:135175/1‑149 (MQ=255) cAGGATCAGGCGCAGTGGGATAAAGTGCTGGTCACCCTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGtt > 3:174090/1‑149 (MQ=255) aGGATCAGGCGCAGTGGGATAAAGTGCTGGTCACCCTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGtt < 1:310079/148‑1 (MQ=255) aGGATCAGGCGCAGTGGGATAAAGTGCTGGTCACCCTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGttt < 6:154217/149‑1 (MQ=255) aGGATCAGGCGCAGTGGGATAAAGTGCTGGTCACCCTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGtt < 8:9291/148‑1 (MQ=255) ggATCAGGCGCAGTGGTATAAAGTGCTGGTAACCCTATGCGGGCGTTATGACTTGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGTACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTAACTGTTTg < 3:175196/149‑1 (MQ=255) gATCAGGCGCAGTGGGATAAAGTGCTGGTCACCCTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTg > 4:68628/1‑122 (MQ=255) gATCAGGCGCAGTGGGATAAAGTGCTGGTCACCCTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTg < 3:68628/122‑1 (MQ=255) gATCAGGCGCAGTGGGATAAAGTGCTGGTCACCCTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGa < 4:174090/149‑1 (MQ=255) tCAGGCGCAGTGGGATAAAGTGCTGGTCACCCTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGAt > 4:178448/1‑148 (MQ=255) tCAGGCGCAGTGGGATAAAGTGCTGGTCACCCTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATa < 2:27205/149‑1 (MQ=255) 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gTCACCCTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCta > 5:265336/1‑149 (MQ=255) gTCACCCTAGGCGGTCGTGATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGAAGACCGATAAACGTGATGACAAACAGATAACCTAGCGTCCTCGTGTTAACTACCTTATATATAATGGTCTAACACCTTACAACAGCt > 2:130542/1‑148 (MQ=255) cccTAGGAGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGTGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGc < 1:155894/149‑1 (MQ=255) ccTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGCCGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACATGGCGTGGTGGTGTTAACTAACTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGc > 4:45622/1‑148 (MQ=255) ccTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTaa > 3:32782/1‑128 (MQ=255) ccTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTaa < 4:32782/128‑1 (MQ=255) ccTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTAACTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGc > 4:129029/1‑148 (MQ=255) tAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGaa > 8:272618/1‑149 (MQ=255) ggTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGtt > 2:382329/1‑149 (MQ=255) gTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGaa > 2:296587/1‑149 (MQ=255) gTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTAACTACATGTTTTATAATGGTGCAACACATTAATGCAGATATAGCGAATCGTTTGaa > 2:394664/1‑149 (MQ=255) aTGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTAACTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGtt < 8:309529/142‑1 (MQ=255) aTGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTAACTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGtt > 7:309529/1‑142 (MQ=255) tGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACctt > 8:117538/1‑149 (MQ=255) gACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACcttc > 1:174280/1‑149 (MQ=255) gACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACcttc > 5:263009/1‑149 (MQ=255) aCTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTAACTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACcttct > 7:34367/1‑149 (MQ=255) cTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACcttctt > 1:273265/1‑149 (MQ=255) cTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCTGCTATAGCGAATCGTTTGAACcttctt < 1:382329/149‑1 (MQ=255) cTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACcttctt < 1:294724/149‑1 (MQ=255) cTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACcttctt > 7:106133/1‑149 (MQ=255) tGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCttcttc > 4:219267/1‑149 (MQ=255) aTCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGtt > 5:209449/1‑149 (MQ=255) aTCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTAACTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATc > 5:95143/1‑127 (MQ=255) aTCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTAACTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATc < 6:95143/127‑1 (MQ=255) cAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTAACTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTgg > 1:17474/1‑149 (MQ=255) cAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTAACTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTgg > 2:271724/1‑149 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aaCCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATgg < 5:1279/146‑1 (MQ=255) aCCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAat < 3:219267/149‑1 (MQ=255) ccGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAata < 8:106133/149‑1 (MQ=255) gcgTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCgtggtggt > 6:846/1‑56 (MQ=255) gcgTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCgtggtggt < 5:846/56‑1 (MQ=255) ttGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATATTTTc < 3:178448/149‑1 (MQ=255) 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aCGTGATGACAAACAGTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATATTTTCGCACCGTCTAAAGGTAAg > 6:289/1‑148 (MQ=255) cGTGATGACAAACAGTTAACCGAGCGTGGGTGTGTTAACTACCTGTTTGATTATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGGGAATCGTTTGAACCTTCATCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATATTTTCGCACCGTCTAAAGGTAAGCa < 6:4685/149‑1 (MQ=255) tgatgaCAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATATTTTCGCACCGTCTAAAGGTAAGCAGt < 6:209449/149‑1 (MQ=255) atgaCAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATATTTTCGCACCGTCTAAAGGTAAGCAGTAt < 1:296587/149‑1 (MQ=255) tgaCAAACAGTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATATTTTCGCACCGTCTAAAGGTAAGCAGTATg < 6:296776/149‑1 (MQ=255) tgaCAAACAGTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATATTTTCGCACCGTCTAAAGGTAAGCAGTATg < 3:221860/149‑1 (MQ=255) cAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTAACTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATATTTTCGCACCGTCTAAAGGTAAGCAGTATGAAg > 4:199587/1‑149 (MQ=255) aaaCAGTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATATTTTCGCACCGTCTAAAGGTAAGCAGTATGAAGt > 2:164438/1‑149 (MQ=255) aaCAGTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGt > 2:84299/1‑78 (MQ=255) aaCAGTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGt < 1:84299/78‑1 (MQ=255) aGTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATATTTTCGCACCGTCTAAAGGTAAGCAGTATGAAGTCGGc < 8:219718/149‑1 (MQ=255) gTTTACATAGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATATTTTCGCACCGTCTAAAGGTAAGCAGTATGAAGTCGGCg < 6:263009/149‑1 (MQ=255) tttACCTAGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATATTTTCGCACCGTCTAAAGGTAAGCAGTATGAAGTCGGCGt > 3:112486/1‑149 (MQ=255) | CAAACGGGCGTTTATGTTCAGGATCAGGCGCAGTGGGATAAAGTGCTGGTCACCCTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATATTTTCGCACCGTCTAAAGGTAAGCAGTATGAAGTCGGCGT > NC_000913/168873‑169156 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |