| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,615,422 | G→A | 6.4% | A207T (GCC→ACC) | yneJ → | putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,615,422 | 0 | G | A | 6.4% | 197.3 / 2.4 | 62 | A207T (GCC→ACC) | yneJ | putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (29/29); new base A (2/2); total (31/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
TACCGCGAGGAACTGATGATCGTCACGCCACAAGGATATGCGCCAGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGC > NC_000913/1615278‑1615569 | taCCGCGAGGAACTGATGATCGTCACGCCACAAGGATATGCGCCAGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGc > 8:399569/1‑149 (MQ=255) ccGCGAGGAACTGATGATCGTCACGCCACAAGGATATGCGCCAGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCTCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTc > 8:239262/1‑149 (MQ=255) cgcgAGGAACTGATGATCGTCACGCCACAAGGATATGCGCCAGTCACCCGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTcc > 5:333955/1‑149 (MQ=255) cgAGGAACTGATGATCGTCACGCCACAAGGATATGCGCCAGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTCTGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCCCCACTTCGAGAGCGGGTTTCATGCTGACGGAGCCGCTCCgg < 1:321090/149‑1 (MQ=255) cgAGGAACTGATGATCGTCACGCCACAAGGATATGCGCCAGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCgg < 8:377714/149‑1 (MQ=255) aGGAACTGATGATCGTCACGCCACAAGGATATGCGCCAGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGa < 7:399569/149‑1 (MQ=255) ggAACTGATGATCGTCACGCCACAAGGATATGCGCCAGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGaa < 8:178123/149‑1 (MQ=255) aaCTGATGATCGTCACGCCACAAGGATATGCGCCAGTAACCCGTTCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAAc > 3:134279/1‑148 (MQ=255) cTGATGATCGTCACGCCACAAGGATATGCGCCAGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTAt > 7:275111/1‑149 (MQ=255) tgatgaTCGTCACGCCACAAGGATATGCGCCAGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATc > 1:70198/1‑149 (MQ=255) atgatCGTCACGCCACAAGGATATGCGCCAGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATcc < 2:70198/148‑1 (MQ=255) atgatCGTCACGCCACAAGGATATGCGCCAGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCa > 8:77424/1‑149 (MQ=255) atCGTCACGCCACAAGGATATGCGCCAGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCTCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATg < 7:239262/148‑1 (MQ=255) cGCCACAAGGATATGCGCCAGTAACCCGTGCCCGTCAGGGTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCTCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAg < 5:173013/149‑1 (MQ=255) cGCCACAAGGATATGCGCCAGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAg < 8:92179/149‑1 (MQ=255) gCCACAAGGATATGCGCCAGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGt < 8:275111/149‑1 (MQ=255) ccACAAGGATATGCGCCAGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTc < 7:77424/149‑1 (MQ=255) cacaAGGATATGCGCCAGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCt > 5:5114/1‑149 (MQ=255) atGCGCCAGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTACCGCTCCGGGAACTATc > 1:211685/1‑125 (MQ=255) atGCGCCAGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTACCGCTCCGGGAACTATc < 2:211685/125‑1 (MQ=255) ccAGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGtt > 1:7518/1‑149 (MQ=255) tAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGATGGTTGGcg > 1:286421/1‑148 (MQ=255) aCCCGTGCCAGTCAGGTTTATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGAATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCtg > 4:106220/1‑149 (MQ=255) cccGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATg < 3:99704/117‑1 (MQ=255) cccGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATg > 4:99704/1‑117 (MQ=255) cccGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCtgt < 6:5114/149‑1 (MQ=255) gTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCg > 5:102615/1‑147 (MQ=255) tCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCtt > 3:300908/1‑119 (MQ=255) tCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCtt < 4:300908/119‑1 (MQ=255) ggTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGa < 2:339954/94‑1 (MQ=255) ggTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGa > 1:339954/1‑94 (MQ=255) gTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTACCGCTCCGGGAACTATCCATga < 5:157272/104‑1 (MQ=255) gTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTACCGCTCCGGGAACTATCCATga > 6:157272/1‑104 (MQ=255) aaTGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAg < 7:351400/148‑1 (MQ=255) aaTGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGACACTTCGAGAGATGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCCCGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAgg > 5:51092/1‑149 (MQ=255) cAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTg < 1:273090/149‑1 (MQ=255) aGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTgc > 6:6657/1‑149 (MQ=255) tAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCtgt > 1:90861/1‑124 (MQ=255) tAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCCCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCtgt < 2:90861/124‑1 (MQ=255) tttATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTAtt > 7:142343/1‑149 (MQ=255) tGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCcgc > 5:208149/1‑149 (MQ=255) tGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCcgc > 7:369782/1‑149 (MQ=255) cTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGct > 4:77269/1‑149 (MQ=255) cgcgCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTa < 6:102615/148‑1 (MQ=255) cgcgCCAATTGTTCGTATCGGCGCCACTTCGAGAGCTGGGTTCAGTCTGACGGTGCCGCTCCGTGAACTATCAATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATCTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTAt < 6:208149/149‑1 (MQ=255) cAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTg > 6:266883/1‑148 (MQ=255) ttCGTATCGTCGCCACTTTGAGAGCTGGGTTCATGCCTACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATAACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGt < 2:286421/148‑1 (MQ=255) aTCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAg > 6:92247/1‑102 (MQ=255) aTCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAg < 5:92247/102‑1 (MQ=255) aTCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCg > 1:414454/1‑149 (MQ=255) tcgtcgCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCgg > 4:27577/1‑149 (MQ=255) ccACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATc < 3:77269/149‑1 (MQ=255) ttCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTAt > 6:91740/1‑110 (MQ=255) ttCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTAt < 5:91740/110‑1 (MQ=255) cGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCAGGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGAGCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGTAAAGTATGCCGGGGCATCACCAg < 6:333955/148‑1 (MQ=255) gCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGaa < 2:414454/149‑1 (MQ=255) gCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGaa > 6:224018/1‑149 (MQ=255) tttCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTg < 5:266883/149‑1 (MQ=255) tGCTGACGGTGCCGCTCCGGGACCTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGct < 6:176756/101‑1 (MQ=255) tGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGct > 5:176756/1‑101 (MQ=255) ggTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGa < 5:224018/149‑1 (MQ=255) tGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGc < 8:369782/149‑1 (MQ=255) | TACCGCGAGGAACTGATGATCGTCACGCCACAAGGATATGCGCCAGTAACCCGTGCCAGTCAGGTTAATGGCAGTAACATTTATGCCTTCCGCGCCAATTGTTCGTATCGTCGCCACTTCGAGAGCTGGTTTCATGCTGACGGTGCCGCTCCGGGAACTATCCATGAGATGGAGTCTTATCACGGAATGTTGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGC > NC_000913/1615278‑1615569 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |