Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 169,015 | 0 | G | A | 65.7% | 112.7 / 98.5 | 105 | W511* (TGG→TAG) | fhuA | ferrichrome outer membrane transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (17/19); new base A (36/33); total (53/52) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.84e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
AAACAAACGGGCGTTTATGTTCAGGATCAGGCGCAGTGGGATAAAGTGCTGGTCACCCTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATATTTTCGCACCGTCTAAAGGTAAGCAGTATGAAGTCGGCGTGAAA > NC_000913/168870‑169160 | aaacaaacGGGCGTTTATGTTCAGGATCAGGCGCAGTGGGATAAAGTGCTGGTCACCCTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTAGCg > 3:291254/1‑149 (MQ=255) aaacaaacGGGCGTTTATGTTCAGGATCAGGCGCAGTGGGATAAAGTGCTGGTCACCCTAGGCGGTCGTTATGACTGCGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCg > 2:126108/1‑149 (MQ=255) aaacaaacGGGCGTTTATGTTCAGGATCAGGCGCAGTGGGATAAAGTGCTGGTCACCATAGTCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCg > 1:270477/1‑149 (MQ=255) aacaaacGGGCGTTTATGTTCAGGATCAGGCGCAGTGGGATAAAGTGCTGGTCACCCTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCgt > 5:153691/1‑149 (MQ=255) acaaccGGGCGTTTATGTTCAGGATCAGGGGCAGTGGGATAAAGTGCTGGTCACGCTAGGCGGGCGTTATGACTGGGAAGAGCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGGCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTAGCgtt < 7:347017/149‑2 (MQ=255) acaaacGGGCGTTTATGTTCAGGATCAGGCGCAGTGGGATAAAGTGCTGGTCACCCTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTAGCgtg > 1:494724/1‑149 (MQ=255) aaacGGGCGTTTATGTTCAGGATCAGGCGCAGTGGGATAAAGTGCTGGTCACCCTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTAGCgtggt > 6:421304/1‑149 (MQ=255) aacGGGCGTTTATGTTCAGGATCAGGCGCAGTGGGATAAAGTGCTGGTCACCCTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTAGCgtggtg > 1:34108/1‑149 (MQ=255) aacGGGCGTTTATGTTCAGGATCAGGCGCAGTGGGATAAAGTGCTGGTCACCCTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTAGCgtggtg < 3:346875/149‑1 (MQ=255) ggtcGTTTATGTTCAGGATCAGGAGCAGTTGTATAAAGTGCTGGGCACCCTAGGCGGTCGTTATGAATGGGCAGATCAAGACTCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTAGCgtggtggtg < 3:6433/146‑1 (MQ=255) gCGTTTATGTTCAGGATCAGGCGCAGTGGGATAAAGTGCTGGTCACCCTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGtt < 7:403268/149‑1 (MQ=255) gCGTTTATGTTCAGGATCAGGCGCAGTGGGATAAAGTGCTGGTCACCCTAGGCGGTCGGTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTAGCGTGGTGGTGtt < 5:95423/149‑1 (MQ=255) gTTTATGTTCAGGATCAGGCGCAGTGGGATAAAGTGCTGGTCACCCTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTaa < 5:452105/149‑1 (MQ=255) gTTTATGTTCAGGATCAGGCGCAGTGGGATAAAGTGCTGGTCACCCTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTaa < 4:291254/149‑1 (MQ=255) tttATGTTCAGGATCAGGCGCAGTGGGATAAAGTGCTGGTCACCCTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTAAc > 8:367416/1‑149 (MQ=255) ttCAGGATCAGGCGCAGTGGGATAAAGTGCTGGTCACCCTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTACCTg > 6:302428/1‑149 (MQ=255) aGGATCAGGCGCAGTGGGATAAAGTGCTGGTCCCCCTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGttt > 1:103156/1‑149 (MQ=255) aGGATCAGGCGCAGTGGGATAAAGTGCTGGTCACCCTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGtt < 5:302428/148‑1 (MQ=255) aGGATCAGGCGCAGTGGGATAAAGTGCTGGTCACCCTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGttt < 8:337099/149‑1 (MQ=255) aGGATCAGGCGCAGTGGGATAAAGTGCTGGTCACCCTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGtt < 5:69594/148‑1 (MQ=255) ggCGCAGTGGGATAAAGTGCTGGTCACCCTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATg < 7:45787/149‑1 (MQ=255) ggCGCAGTGGGATAAAGTGCTGGTCACCCTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATg < 4:216718/149‑1 (MQ=255) cgcAGTGGGATAAAGTGCTGGTCACCCTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTAACTGTTTGATAATGgt < 6:153691/149‑1 (MQ=255) gcAGTGGGATAAAGTGCTGGTCACCCTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTAACTGTTTGATAATGgtg > 7:217025/1‑149 (MQ=255) 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cTGGTCACCCTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTAACTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAg > 6:263659/1‑149 (MQ=255) cTGGTCACCCTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAg < 2:202647/149‑1 (MQ=255) ggTCACCCTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGc > 3:108895/1‑148 (MQ=255) gTCACCCTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTAACTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGc < 2:270477/147‑1 (MQ=255) cACCCTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTAGCgtggtggt < 5:475799/103‑1 (MQ=255) cACCCTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTAGCgtggtggt > 6:475799/1‑103 (MQ=255) 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gTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGttt < 4:111829/149‑1 (MQ=255) gTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGa < 6:58020/148‑1 (MQ=255) tATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTAACTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTc > 8:413426/1‑126 (MQ=255) tATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTAACTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTc < 7:413426/126‑1 (MQ=255) tATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTAACTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAAcc > 8:158808/1‑149 (MQ=255) aCTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGgtgt < 3:235144/109‑1 (MQ=255) 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aaCAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTAACTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATATTTTCGCACCGTCTAAAGGTAAGCAGTATGAAGTc > 8:351150/1‑149 (MQ=255) aaCAGTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATATTTTCGCACCGTCTAAAGGTAAGCAGTATGAAGTc > 6:397452/1‑149 (MQ=255) aCAGTTTACCTAGCGTGGAGCTCTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCCATAGAACCTACTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGAAATATTTTCGCACCGTCTAAACGAAAGCAGTATGAAGtag > 2:353225/1‑147 (MQ=255) cAGTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAg > 2:255621/1‑94 (MQ=255) cAGTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAg < 1:255621/94‑1 (MQ=255) cAGTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATATTTTCGCACCGTCTAAAGGTAAGCAGTATGAAGTCgg > 3:179239/1‑149 (MQ=255) aGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTAACTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATATTTTCGCACCGTCTAAAGGTAAGCAGTATGAAGTCGGc < 3:300028/149‑1 (MQ=255) aGTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAg > 1:66538/1‑101 (MQ=255) aGTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAg < 2:66538/101‑1 (MQ=255) gTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCGTACTTCAGCTATAGCGATTCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGGAATATATTCGCACCGTCTAATGGTAAGCAGTATGATGTCggag > 1:421536/1‑147 (MQ=255) gTTTACCTAGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACATTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATATTTTCGCACCGTCTAAAGGTAAGCAGTATGAAGTCGGCg > 1:414663/1‑149 (MQ=255) tttACCTAGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATATTTTCGCACCGTCTAAAGGTAAGCAGTATGAAGTCGGCGt > 7:424221/1‑149 (MQ=255) ccTAGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATATTTTCGCACCGTCTAAAGGTAAGCAGTATGAAGTCGGCGTGaaa < 5:156078/149‑1 (MQ=255) | AAACAAACGGGCGTTTATGTTCAGGATCAGGCGCAGTGGGATAAAGTGCTGGTCACCCTAGGCGGTCGTTATGACTGGGCAGATCAAGAATCTCTTAACCGCGTTGCCGGGACGACCGATAAACGTGATGACAAACAGTTTACCTGGCGTGGTGGTGTTAACTACCTGTTTGATAATGGTGTAACACCTTACTTCAGCTATAGCGAATCGTTTGAACCTTCTTCGCAAGTTGGGAAGGATGGTAATATTTTCGCACCGTCTAAAGGTAAGCAGTATGAAGTCGGCGTGAAA > NC_000913/168870‑169160 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |