| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 1,434,361 | IS2 (–) +5 bp | intergenic (‑137/+593) | ynaE ← / ← ttcC | cold shock protein, Rac prophage/pseudogene, prophage Rac integration site ttcA duplication;Phage or Prophage Related |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1434361 = | 0 (0.000) | 52 (1.430) | 45/264 | 0.0 | 100% | intergenic (‑137/+597) | ynaE/ttcC | cold shock protein, Rac prophage/pseudogene, prophage Rac integration site ttcA duplication;Phage or Prophage Related |
| ? | NC_000913 | = 1469240 | NA (NA) | noncoding (1/1331 nt) | IS2 | repeat region | |||||
| * | ? | NC_000913 | = 1434365 | 0 (0.000) | 28 (0.770) | 27/266 | 0.5 | 100% | intergenic (‑141/+593) | ynaE/ttcC | cold shock protein, Rac prophage/pseudogene, prophage Rac integration site ttcA duplication;Phage or Prophage Related |
| ? | NC_000913 | 1467910 = | NA (NA) | noncoding (1331/1331 nt) | IS2 | repeat region | |||||
TTCATGAAGATATTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAA > NC_000913/1434220‑1434511 | tcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGCTGaa > 3:22716‑M1/142‑148 (MQ=255) cctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGCTGAat > 8:135991‑M1/141‑148 (MQ=255) cATGAAGATATTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGtgg < 5:134935‑M1/147‑4 (MQ=255) cATGAAGATATTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGtgg > 6:134935‑M1/1‑144 (MQ=255) aGATATTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGtggatttgc < 6:95014‑M1/148‑10 (MQ=255) gtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGCTGAATATGATAAgg < 7:139476‑M1/17‑1 (MQ=255) cgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGCTGAATATGATAAGGAGc > 8:139476‑M1/130‑149 (MQ=255) ctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTg > 6:87291‑M1/124‑149 (MQ=255) 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gTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGtggatttgcccctatatttc > 3:4280‑M1/1‑95 (MQ=255) gTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGtggatttgcccctatatttc < 4:4280‑M1/115‑21 (MQ=255) tCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGtggatttgcccct < 1:74031‑M1/107‑14 (MQ=255) tCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGtggatttgcccct > 2:74031‑M1/1‑94 (MQ=255) tCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGtggatttgcacctatatatccagacatctgttatcactaaacccattacaatccc > 8:55604‑M1/1‑94 (MQ=255) cTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatc < 8:73782‑M1/128‑36 (MQ=255) cTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatc > 7:73782‑M1/1‑93 (MQ=255) tccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTaa < 6:138990‑M1/64‑1 (MQ=255) caatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGCTGAATATGa > 5:47723‑M1/84‑95 (MQ=255) caatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGCTGAATATGa < 6:47723‑M1/12‑1 (MQ=255) caatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGAtt < 6:106480‑M1/29‑1 (MQ=255) caatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGAtt > 5:106480‑M1/84‑112 (MQ=255) caatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATc > 4:18422‑M1/84‑115 (MQ=255) caatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATc < 3:18422‑M1/32‑1 (MQ=255) caatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTc < 2:180772‑M1/54‑1 (MQ=255) caatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTc > 1:180772‑M1/84‑137 (MQ=255) atgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAAtgtg < 8:62056‑M1/68‑1 (MQ=255) ggATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccg > 5:57870‑M1/1‑85 (MQ=255) gATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcag < 7:55604‑M1/149‑66 (MQ=255) gTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTTGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcac < 1:65700‑M1/116‑38 (MQ=255) gTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcac > 2:65700‑M1/1‑79 (MQ=255) ttGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaa > 6:50285‑M1/1‑78 (MQ=255) ttGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaa < 5:50285‑M1/119‑42 (MQ=255) tctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTatatat > 7:91508‑M1/74‑149 (MQ=255) aaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGata < 2:141619‑M1/80‑1 (MQ=255) aTCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagc < 6:57870‑M1/149‑83 (MQ=255) attaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGAc < 1:61293‑M1/88‑1 (MQ=255) ttaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACaa < 6:7414‑M1/90‑1 (MQ=255) taagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCATCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAAt < 8:6570‑M1/91‑1 (MQ=255) ttttGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagc > 1:117980‑M1/1‑62 (MQ=255) ttttGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagc < 2:117980‑M1/115‑54 (MQ=255) 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8:139457/1‑149 (MQ=37) | TTCATGAAGATATTCCTTAAAATATTATTGATTTTCATTGCGATATTGTATGTCTGATTCAGGATATGTTGACTTATACATCGGTTTTGTCTGGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAA > NC_000913/1434220‑1434511 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |