| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 308,001 | Δ1 bp | 7.5% | coding (1332/2526 nt) | ecpC ← | ECP production outer membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 308,001 | 0 | C | . | 7.5% | 138.1 / 7.6 | 53 | coding (1332/2526 nt) | ecpC | ECP production outer membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/22); new base . (2/2); total (29/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
CAGTGAGTTCAGGTTGAGTGTGCCGCCGATTGCACGGTTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGCCGGAGGTCG > NC_000913/307854‑308149 | caGTGAGTTCAGGTTGAGTGAGCCGCCGATTGCACGCTTGTCGGCATCGCTACGTCCCAATTGATTGCCAATCCGGGTATTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACAAAAGCCTCCCGGAAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTc > 3:163515/1‑148 (MQ=255) aGTTCAGGTTGAGTGTGCCGCCGATTGCACGGTTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAg < 8:396899/149‑1 (MQ=255) cgccgATTGCACGGTTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCT‑CATGAGCTGTCACTGGCCAGc < 3:237841/145‑1 (MQ=255) cgccgATTGCACGGTTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCT‑CATGAGCTGTCACTGGCCAGc > 4:232977/1‑145 (MQ=255) cgccgATTGCACGGTTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCT‑CATGAGCTGGCACTGGCCAGc < 3:232977/145‑1 (MQ=255) cgccgATTGCACGGTTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCATGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCT‑CATGAGCTGTCACTGGCCAGc > 4:237841/1‑145 (MQ=255) aTTGCACGGTTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTg < 1:362283/149‑1 (MQ=255) gCACGGTTGTCGGCATCGCTACGTCGCTATTTATTGCCTATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCAACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCa < 4:52125/148‑1 (MQ=255) gCACGGTTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCa < 6:312703/148‑1 (MQ=255) cACGGTTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAgg > 8:77713/1‑149 (MQ=255) aCGGTTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCt < 5:302471/123‑1 (MQ=255) aCGGTTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCt > 6:302471/1‑123 (MQ=255) aCGGTTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGt > 5:382117/1‑149 (MQ=255) aCGGTTGTCGGCATCACTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTACCTGATAAACCCACAGCGAACTAAACCCT‑CCGGTAGAGTGGAGCTGATGCTGACGATGCAGCTCAATGAGCTGTCACTGGACAGCATATTTTGAAGGt > 6:284975/1‑148 (MQ=255) gCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACAAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTCCAGGTTAACGTTGAt > 1:29436/1‑149 (MQ=255) tACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGccccc > 6:330645/1‑149 (MQ=255) aCGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGcccccc > 1:14943/1‑149 (MQ=255) aaTTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCgg > 8:125894/1‑149 (MQ=255) aaTTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCgg > 8:284991/1‑149 (MQ=255) ttgattgCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAAGCCACAGCGAACAAAAGCCTCCGGGTTGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGTGCTGTCACTGGCGAGCATATTTTGCTGGTTAACGTTGATGGCCCCCGCAAGGGGCa < 4:163515/149‑1 (MQ=255) ttgattgCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCgg > 6:212051/1‑147 (MQ=255) tattgCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCGACAGCGAACAAAAGCCT‑CCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGCGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGc < 5:284975/147‑1 (MQ=255) aaTGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGAc > 5:302276/1‑149 (MQ=255) aTGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACg > 2:302302/1‑149 (MQ=255) cGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGCTGCTGCTCCAAGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGt > 5:69191/1‑149 (MQ=255) gggTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGtt > 8:290640/1‑149 (MQ=255) gggTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCAATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGtt > 3:10516/1‑149 (MQ=255) ttttttCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTca < 4:274859/149‑1 (MQ=255) ccTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTcacccac < 6:302276/148‑1 (MQ=255) tGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGc > 2:214250/1‑149 (MQ=255) aaCCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGa < 7:284991/148‑1 (MQ=255) cccACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGGATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAGGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTACCCCACCGCCTGAtat > 8:367946/1‑147 (MQ=255) cacaGCGAACTAACGCCTCCCGGTAGAGGGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCGCCCCTAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATc < 6:52706/149‑1 (MQ=255) cacaGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATc < 5:330645/149‑1 (MQ=255) caaaGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGATTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCGATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCAAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATc < 1:288073/146‑1 (MQ=255) acaGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACgg > 1:80369/1‑125 (MQ=255) acaGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACgg < 2:80369/125‑1 (MQ=255) aGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTa < 7:77713/149‑1 (MQ=255) aGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTa > 8:136133/1‑149 (MQ=255) tAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCatat > 4:103821/1‑149 (MQ=255) aGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATccc < 4:10516/149‑1 (MQ=255) ccTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGt > 5:362203/1‑149 (MQ=255) cTCCCGGTAGACTGGCGCTGAGGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGGTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGtt < 6:72999/149‑1 (MQ=255) tAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTgccgcc > 2:26951/1‑148 (MQ=255) tGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCCGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCt > 2:121596/1‑148 (MQ=255) tGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACCGGTTTCACCAACCGCCTGAGTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCACAGCt > 4:227887/1‑148 (MQ=255) gATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTAc > 7:182812/1‑149 (MQ=255) aTGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTAc < 7:290640/148‑1 (MQ=255) ctgcCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCaa < 5:212051/149‑1 (MQ=255) ccGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGa < 1:302302/149‑1 (MQ=255) gATGCTGCTCTATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGc < 3:86822/149‑1 (MQ=255) aTGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGcc > 3:183592/1‑149 (MQ=255) ctgctCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGCCGGa < 7:136133/149‑1 (MQ=255) tgctCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGAGTATCGTATCAATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGCCGGAg > 5:142924/1‑149 (MQ=255) ccATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGCCGGAGGTCg > 1:855/1‑149 (MQ=255) | CAGTGAGTTCAGGTTGAGTGTGCCGCCGATTGCACGGTTGTCGGCATCGCTACGTCGCAATTGATTGCCAATGCGGGTTTTTTCCTGATTAACCCACAGCGAACTAAAGCCTCCCGGTAGAGTGGCGCTGATGCTGCCGATGCTGCTCCATGAGCTGTCACTGGCCAGCATATTTTGCAGGTTAACGTTGATCGCCCCCCCAAGCGGCAGCGTCAGACGGGTTTCACCCACCGCCTGATTATCGTATCCATATCCCGTTGCCGCCCAGCTAAGCGTACTCAATGAGCCGGAGGTCG > NC_000913/307854‑308149 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |