| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | 1636687 = | 3267 (51.330) | intergenic (‑320/‑69) | nohQ/ynfO | pseudogene, Qin prophage; Phage DNA packaging protein Nu1 family;Phage or Prophage Related; DNA packaging protein NU1 homolog from lambdoid prophage Qin/uncharacterized protein, Qin prophage | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 3944 total aligned reads displayed.
CCCGCGAGGTCGCCGCCCCGTAACCTGTCGGATCACCGGAAAGGACCCGTAAAGTGATAATGATTATCATCTACATATCACAACGTGCGTGGAGGCCATCAAACCACGTCAAATAATCAATTATGACGCAGGTATCGTATTAATTGATCTGCATCAACTTAACGTAAAAACAACTTCAGACAATACAAATCAGCGACACTGAATACGGGGCAACCTCATGTCAACGAAGAACAGAACCCGCAGAACAACAACCCGCAACATCCGCTTTCCTAACCAAATGATTGAACAAATTAACAT > NC_000913/1636539‑1636835 | cgAGGTCGCCGCCCCGTAACCTGTCGGATCACCGGAAAGGACCCGTAAAGTGATAATGATTATCATCTACATATCACAACGTGCGTGGAGGCCATCAAACCACGTCAAATAATCAATTATGACGCAGGTATCGTATTAATTGATCTGCa < 7:341071/149‑1 (MQ=255) ttgcgggttgtggttctgcgggttctggtcttcgctgacatgaggttgccccgtattcagtgtcgctgatttgtattgtctgaagttgtttttacgttaagttgatgcagATCAATTATGACGCAGGTATCGTATTAATTGATCTGCAt > 6:291120‑M1/111‑149 (MQ=255) gccCCGTAACCTGTCGGATCACCGGAAAGGACCCGTAAAGTGATAATGATTATCATCTACATATCACAACGTGCGTGGAGGCCATCAAACCACGTCAAATAATCAATTATGACGCAGGTATCGTATTAATTGATCTCCATCAACTTAAc > 8:150910/1‑149 (MQ=255) ccccGTAACCTGTCGGATCACCGGAAAGGACCCGTAAAGTGATAATGATTATCATCTACATATCACAACGTGCGTGGAGGCCATCAAACCACGTCAAATAATCAATTATGACGCAGGTATCGTATTAATTGATCTGCATCAACTTAACg < 8:68869/149‑1 (MQ=255) cGTAACCTGTCGGATCACCGGAAAGGACCCGTAAAGTGATAATGATTATCATCTACATATCACAACGTGCGTGGAGGCCATCAAACCACGTCAAATAATCAATTATGACGCAGGTATCGTATTAATTGATCTGCATCAACTTAACGTa > 5:166735/1‑148 (MQ=255) aaCCTGTCGGATCACCGGAAAGGACCCGTAAAGTGATAATGATTATCATCTACATATCACAACGTGCGTGGAGGCCATCAAACCACGTCAAATAATCAATTATGACGCAGGTATCGTATTAATTGATCTGCATCAACTTAACGTaaaaa > 5:215187/1‑149 (MQ=255) atGTCGGATCACCGGAAAGGACCCGTAAATTGATAATGATTATCATATACATATCACAACGTGCGTGGAGGACATCAAACCACGTCAAATAATCAATTATGACGCAGGTATCGTATTAATTGATCTGCATCAACTTAACGTAAAaacaa < 3:59966/148‑1 (MQ=255) tGTCGGATCACCGGAAAGGACCCGTAAAGTGATAATGATTATCATCTACATATCACAACGTGCGTGGAGGCCATCAAACCACGTCAAATAATCAATTATGACGCAGGTATCGTATTAATTGATCTGc > 4:351842/1‑127 (MQ=255) 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aTCACCGGAAAGGACCCGTAAAGTTATAATGATTATCATCTAAATATCACAACGTGCTTGGAGGCAATCAAACCACGTCAAAAAATCAAATATGACTCAGGTATCGTATTAATTTATCTGCATAAACTTAACTAAAAAACAACTTCata > 8:172877/1‑147 (MQ=255) tCACCGGAAAGGACCCGTAAAGTGATAATGATTATCATCTACATATCACAACGTGCGTGGAGGCCATCAAACCACGTCAAATAATCAATTATGACGCAGGTATCGTATTAATTGATCTGCATCAACTTAACGTAAAAACAACTTCAGAc < 4:155830/149‑1 (MQ=255) cGGAAAGGACCCGTAAAGTGATAATGATTATCATCTACATATCACAACGTGCGTGGAGGCCATCAAACCACGTCAAATAATCAATTATGACGCAGGTATCGTATTAATTGATCTGCATCAACTTAACGTAAAAACAACTTCAGACAATa < 4:235211/149‑1 (MQ=255) gAAAGGACCCGTAAAGTGATAATGATTATCATCTACATATCACAACGTGCGTGGAGGCCATCAAACCACGTCAAATAATCAATTATGACGCAGGTATCGTATTAATTGATCTGCATCAACTTAACGTAAAAACAACTTCATACAATAc > 2:277927/1‑148 (MQ=255) gAAAGGACCCGTAAAGTGATAATGATTATCATCTACATATCACAACGTGCGTGGAGGCCATCAAACCACGTCAAATAATCAATTATGACGCAGGTATCGTATTAATTGATCTGCATCAACTTAACGTAAAAACAACTTCAGACAATAc > 4:296869/1‑148 (MQ=255) 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3:14485/1‑148 (MQ=32) gTCAAATAATCAATTATGACGCAGGTATCGTATTAATTGATCTGCATCAACTTAACGTAAAAACAAATTAAGACAATACAAATCAGCTACACTGAAAACCGGGCAAACTCATTTAAAAGAAGAACATAACACGCAGAACAAAAAcccc > 5:249054/1‑147 (MQ=11) aataatCAATTATGACGCAGGTATCGTATTAATTGATCTGCATCAACTTAACGTAAAAACAACTTCAGACAATACAAATCAGCGACACTGAATACGGGGCAACCTCATGTCAACGAAGAACAGAACCCGCAGAACAACAACCCGCAACa > 1:333262/1‑149 (MQ=32) TCAATTATGACGCAGGTATCGTATTAATTGATCTGCATCAACTTAACGTAAAAACAACTTCAGACAATACAAATCAGCGACACTGAATACGGGGCAACCTCATGTCAACGAAGAACAGAACCCGCAGAACAACAACCCGCAACATCCGc > 6:58863‑M1/1‑149 (MQ=255) TTATGACGCATCTATCGTTTTTATTGATCTGCATCAACTTAACGTAAAAACAACTTCAGACAATACAAATCAGCGACACTGAATACGGTGCAACCTCATGTCAACGAAGAACAGAACCCGCAGAACAACAACCCGCAACATCCGCTTTc > 8:36704‑M1/1‑149 (MQ=255) tGACGCAGGTATCGTATTAATTGATCTGCATCAACTTAACGTAAAAACAACTTCAGACAATACAAATCAGCGACACTGAATACGGGGCAACCTCATGTCAACGAAGAACAGACCCCGCAGAACAACAACCCGCAACATCCGCTTTCCt > 6:237117/1‑148 (MQ=17) cGCAGGTATCGTATTAATTGATCTGCATCAACTTAACGTAAAAACAACTTCAGACAATACAAATCAGCGACACTGAATACGGGGCAACCTCATGTCAACGAAGAACAGAACCCGCAGAACAACAACCCGCAACATCCGCTTTCCTAAc < 8:121467/148‑1 (MQ=32) aGGTATCGTATTAATTGATCTGCATCAACTTAACGTAAAAACAACTTCAGACAATACAAATCAGCGACACTGAATACGGGGCAACCTCATGTCAACGAAGAACAGAACCCGCAGAACAACAACCCGCAACATCCGCTTTCCTAACCaaa < 2:59785/149‑1 (MQ=32) tATCGTATTAATTGATCTGCATCAACTTAACGTAAAAACAACTTCAGACAATACAAATCAGCGACACTGAATACGGGGCAACCTCATGTCAACGAAGAACAGAACCCGCAGAACAACAACCCGCAACATCCGCTTTCCTAACCAAATGa < 7:70447/149‑1 (MQ=32) aTCGTATTAATTGATCTGCATCAACTTAACGTAAAAACAACTTCAGACAATACAAATCAGCGACACTGAATACGGGGCTACCTCATGTCAACGAAGAACAGAACCCGCAGAACAACAACCCGAAACATCCGCTTTCCTAAACAAATGAt > 3:112710/1‑149 (MQ=12) aTCGTATTAATTGATCTGCATCAACTTAACGTAAAAACAACTTCAGACAATACAAATCAGCGACACTGAATACGGGGCAACCTCATGTCAACGAAGAACAGAACCCGCAGAACACCAACCCGCAACATCCGCTTTCCTAACCAAATGAt > 5:381999/1‑149 (MQ=17) aTCGTATTAATTGATCTGCATCAACTTAACGTAAAAACAACTTCAGACAATACAAATCAGCGACACTGAATACGGGGCAACCTCATGTCAACGAAGAACAGAACCCGCAGAACAACAACCCGCAACATCCGCTTTCCTAACCAAATGAt > 6:15797/1‑149 (MQ=32) tCGTATTAATTGATCTGCATCAACTTAACGTAAAAACAACTTCAGACAATACAAATCAGCGACACTGAATACGGGGCAACCTCATGTCAACGAAGAACAGAACCCGCAGAACAACAACCCGCAACATCCGCTTTCCTAAcc > 3:360413/1‑141 (MQ=32) tCGTATTAATTGATCTGCATCAACTTAACGTAAAAACAACTTCAGACAATACAAATCAGCGACACTGAATACGGGGCAACCTCATGTCAACGAAGAACAGAACCCGCAGAACAACAACCCGCAACATCCGCTTTCCTAACCAAATGAt < 7:144560/148‑1 (MQ=32) cGTATTAATTGATCTGCATCAACTTAACGTAAAAACAACTTCAGACAATACAAATCAGCGACACTGAATACGGGGCAACCTCATGTCAACGAAGAACAGAACCCGCAGAACAACAACCCGCAACATCCGCTTTCCTAACCAAATGAtt > 3:268407/1‑148 (MQ=32) gTATTAATTGATCTGCATCAACTTAACGTAAAAACAACTTCAGACAATACAAATCAGCGACACTGAATACGGGGCAACCTCATGTCAACGAAGAACAGAACCCGCAGAACAACAACCCGCAACATCCGCTTTCCTaa < 4:181171/137‑1 (MQ=32) tATTAATTGATCTGCATCAACTTAACGTAAAAACAACTTCAGACAATACAAATCAGCGACACTGAATACGGGGCACCCTCATGTCAACGAAGACCAGAACCCGCAGACCAACAACCCGCAACATCCGCTTTCCTACCCAAATGATGGaa > 8:314661/1‑149 (MQ=11) tATTAATTGATCTGCATCAACTTAACGTAAAAACAACTTCAGACAATACAAATCAGCGACACTGAATACGGGGCAACCTCATGTCAACGAAGAACAGAACCCGCAGAACAACAACCCGCAACATCCGCTTTCCTAACCAAATGATTGaa > 5:352326/1‑149 (MQ=32) aTTAATTGATATGCATCAACTTAACGTAAAAACAACTTCAGACAATACAAATGAGCGACAATGAATACGGGGCTACCTCATGTCAACGAAGAAAAGAACCCGCAGAACAACAACCCGCAACATCCGCTTTCCTAACCATATGATTg < 1:265200/146‑1 (MQ=11) ttgatCTGCATCAACTTAACGTAAAAACAACTTCAGACAATACAAATCAGCGACACTGAATACGGGGCAACCTCATGTCAACGAAGAACAGAACCCGCAGAACAACAACCCGCAACATCCGCTTTCCTAACCAAATGATTGAACAAAtt < 2:217853‑M2/144‑1 (MQ=255) gatCTGCATCAACTTAACGTAAAAACAACTTCAGACAATACAAATCAGCGACACTGAATACGGGGCAACCTCATGTCAACGAAGAACAGAACCCGCAGAACAACAACCCGCAACATCCGCTTTCCTAACCAAATGATTGAACAAATTaa > 1:130621‑M2/4‑149 (MQ=255) | CCCGCGAGGTCGCCGCCCCGTAACCTGTCGGATCACCGGAAAGGACCCGTAAAGTGATAATGATTATCATCTACATATCACAACGTGCGTGGAGGCCATCAAACCACGTCAAATAATCAATTATGACGCAGGTATCGTATTAATTGATCTGCATCAACTTAACGTAAAAACAACTTCAGACAATACAAATCAGCGACACTGAATACGGGGCAACCTCATGTCAACGAAGAACAGAACCCGCAGAACAACAACCCGCAACATCCGCTTTCCTAACCAAATGATTGAACAAATTAACAT > NC_000913/1636539‑1636835 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |