| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 580,437 | A→C | 72.5% | T3T (ACT→ACG) | ylcI ← | DUF3950 family protein, DLP12 prophage |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 580,437 | 0 | A | C | 72.5% | 160.5 / 106.2 | 232 | T3T (ACT→ACG) | ylcI | DUF3950 family protein, DLP12 prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (33/33); new base C (63/101); total (97/135) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
TTCTGACGTTAGCCTCCGACGGCAGGCTTCAATGACCCAGGCTGAGAAATTCCCGGACCCTTTTTGCTCAAGAGCGATGTTAATTTGTTCAATCATTTGGTTAGGAAAGCGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTAGTTGACATGAGGTTGCCCCGTATTCAGTGTCGCTGATTTGTATTGTCTGAAGTTGTTTTTACGTTAAGTTGATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTG > NC_000913/580290‑580582 | ttCTGACGTTAGCCTCCGACGGCAGGCTTCAATGACCCAGGCTGAGAAATTCCCGGACCCTTTTTGCTCAAGAGCGATGTTAATTTGTTCAATCATTTGGTTAGGAAAGCGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTa < 7:307098/148‑1 (MQ=255) cTGACGTTAGTCTCCGACGGCAGGCTTCAATGACCCAGGCTGAGAAATTCCCGGACCCTTTTTGCTCAAGAGCGATGTTAATTTGTTCAATCATTTGGTTAGGAAAGCGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTCGtt > 2:347713/1‑149 (MQ=18) cTGACGTTAGTCTCCGACGGCAGGCTTCAATGACCCAGGCTGAGAAATTCCCGGACCCTTTTTGCTCAAGAGCGATGTTAATTTGTTCAATCATTTGGTTAGGAAAGCGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTCGtt > 1:51096/1‑149 (MQ=18) cTGACGTTAGTCTCCGACGGCAGGCTTCAATGACCCAGGCTGAGAAATTCCCGGACCCTTTTTGCTCAAGAGCGATGTTAATTTGTTCAATCATTTGGTTAGGAAAGCGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTCGtt > 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4:347701/149‑1 (MQ=32) ttAATTTGTTCAATCATTTGGTTAGGAAAGCGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTAGTTGACATGAGGTTGCCCCGTATTCAGTGTCGCTGATTTGTATTGTCTGAAGTTGTTTTTACGTTAAGTTGATGCAGAt < 3:192926/148‑1 (MQ=32) gTTCAATCATTTGGTTAGGAAAGCGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTAGTTGACATGAGGTTGCCCCGTATTCAGTGTCGCTGATTTGTATTGTCTGAAGTTGTTTTTACGTTAAGTTGATGCAGATCAATTaa < 7:40337/148‑1 (MQ=32) ttCAATCATTTGGTTTGGAAAGAGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTAGTTGACATGAGGTTGCCCCGTATTCATTGTCGCTGATTTGTATTGTCTGAAGTTGTTTTTACGTTAAGTTGATGCAGATCAATTAATa < 3:187584/149‑1 (MQ=12) ttCAATCATTTGGTTAGTAATGCGGATGTTGCTTGTTGTTGTTCTGCGGTTTCTTTTCTTAGTTGACATTAGGTTGCGCCGTATTCAGTTTCGCTGATTTGTATTGTCTGAAGTTGTTTTTAGGTTAAGTTGATGCAGATGAATTAATa < 8:118186/149‑1 (MQ=11) tCATTTGGTTAGGAAAGCGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTAGTTGACATGAGGTTGCCCCGTATTCAGTGTCGCTGATTTGTATTGTCTGAAGTTGTTTTTACGTTAAGTTGATGCAGATCAATTAATACGATa < 4:238016/149‑1 (MQ=32) aTTTGGTTAGGAAAGCGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTAGTTGACATGAGGTTGCCCCGTATTCAGTGTCGCTGATTTGTATTGTCTGAAGTTGTTTTTACGTTAAGTTGATGCAGATCAATTAATACGATAcc > 3:140736/1‑149 (MQ=32) gAAAGCGGATGTTGCGGGTTGTTTTTCTGCGGGTTCTGTTCTTAGTTGACATGAGGTTGCCCCGTATTCAGTGTCGCTGATTTGTATTGTCTGAAGTTGTTTTTACGTTAAGtt > 5:6321/1‑114 (MQ=17) gAAAGCGGATGTTGCGGGTTCTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTAGTTGACATGAGGTTGCCCAGTATTCAGTGTCGCTGATTTCTATTGTCAGAAGTTGTTTTTACGTTAAGTTGATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATaa > 4:156968/1‑149 (MQ=255) gtggCGGGGTGTGGTGATGCGGGTGCTGGTCTGAGTTGCCAGGAGGGTGCCCCGTCTTCAGTGTCGCTGATTTGTATTGTCTGAAGTTGTTTTTACGTTAAGTTGATGAAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTAttt < 6:236680/146‑1 (MQ=11) ttGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTAGTTGACATGAGGTTGCCCCGTATTCAGTGTCGCTGATTTGTATTGTCTGAAGTTGTTTTTACGTTAAGTTGATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTg < 8:227912/149‑1 (MQ=32) ttgttgtgCTGCGGGTTCTGTTCTTAGTTGAGATGAGTTTGCCCCTTATTCAGTGTCTCTGATTTGTATTTTCTGAAGTTGTTTTTACGTTAAGTTGATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGGGGt < 7:172945/149‑1 (MQ=11) gtgttgtGAGGGTTCTGTTCTTAGTTTACTTGAGGTTGCCCCTTTTTCAGTTTCGCTGATTTGTAATGTCTGAAGTTGTTTTTACTTTAAGTTGATGCAGATCAATTAATAAGATACCTGCGTCATAATTGATAATTTGACGTGGttt < 5:281210/147‑1 (MQ=11) gtggtGCGGGTTCTGTTCTTAGTTGACTTGAGGTTGACCCGTATTCAGTGTGGCTGATTTGTTTTGTATGATGTTGTTTTTACGTTAAGTTGATGCAGATCATTTAATACGATTAATGCGTGTTAATTGATTATTTGACGTGGTTTGAt < 2:300978/145‑1 (MQ=11) ttCTGCGGGATCAGTTCTTAGTTGACATGAGGTTGCCCCGTATTCAGTGTCGCTGATTTGTATTGTCTGAAGTTGTTTTTACGTTAAGTTGATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATg < 2:187775/149‑1 (MQ=17) | TTCTGACGTTAGCCTCCGACGGCAGGCTTCAATGACCCAGGCTGAGAAATTCCCGGACCCTTTTTGCTCAAGAGCGATGTTAATTTGTTCAATCATTTGGTTAGGAAAGCGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTAGTTGACATGAGGTTGCCCCGTATTCAGTGTCGCTGATTTGTATTGTCTGAAGTTGTTTTTACGTTAAGTTGATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTG > NC_000913/580290‑580582 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |