| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 945,863 | T→C | 5.8% | intergenic (‑306/‑8) | ycaC ← / → ycaD | putative isochorismatase family hydrolase/putative MFS transporter, inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 945,863 | 0 | T | C | 5.8% | 220.0 / 3.5 | 71 | intergenic (‑306/‑8) | ycaC/ycaD | putative isochorismatase family hydrolase/putative MFS transporter, inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/37); new base C (2/2); total (32/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.77e-01 | |||||||||||
GATGAGACTAATCATCTCTTCAGCATTAGCGTTATGAATGAGTAATATAAATCGATAATACCGCCGCTGGGATATCGCGTATTTTCACCCATTGACAATGTTTTTGGCGGTGGCATGATGCGCATGAAATTTGAACTTCCTCACGGTTTTAATTCATGTCCACGTATACCCAGCCTGTCATGCTTTTGCTGTCTGGCCTGCTTTTGTTGACTCTGGCGATTGCGGTGTTAAATACACTCGTGCCGCTTTGGCTCGCCCAGGAACACATGTCCACATGGCAGGTAGGCGTTGTC > NC_000913/945716‑946008 | gATGAGACTAATCATCTCTTCAGCATTAGCGTTATGAATGAGTAATATAAATCGATAATACCGCCGCTGGGATATCGCGTATTTTCACCCATTGACAATGTTTTTGGCGGTGGCATGATGCGCATGAAATTTGAACTTCCTCACGGtt < 2:410696/148‑1 (MQ=255) aTGAGACTAATCATCTCTTCAGCATTAGCGTTATGAATGAGTAATATAAATCGATAATACCGCCGCTGGGATATCGCGTATTTTCACCCATTGACAATGTTTTTGGCGGTGGCATGATGCGCATGAAATTTGAACTTCCTCACGGttt > 2:210061/1‑148 (MQ=255) agaCTAATCATCTCTTCAGCATTAGCGTTATGAATGAGTAATATAAATCGATAATACCGCCGCGGGGATATCGCGTATTTTCACCCATTGACAATGTTTTTGGCGGTGGCATGATGCGCATGAAATTTGAACTTCCTCACGGTTTTa < 2:295969/147‑1 (MQ=255) aCTAATCATCTCTTCAGCATTAGCGTTATGAATGAGTAATATAAATCGATAATACCGCCGCTGGGATATCGCGTATTTTCACCCATTGACAATGTTTTTGGCGGTGGCATGATGCGGATGAAATTTGAACTTCCTCACGGTTTTAAtt < 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tgaGTAATATAAATCGATAATACCGCCGCTGGGATATCGCGTATTTTCACCCATTGACAATGTTTTTGGCGGTGGCATGATGCGCATGATATTTGAACTTCCTCACGGTTTTAATTCATGTCCTCGTTTACCCAGCCTGTCATGCttt < 8:273339/148‑1 (MQ=255) tgaGTAATATAAATCGATAATACCGCCGCTGGGATATCGCGTATTTTCACCCATTGACAATGTTTTTGGCGGTGGCATGATGCGCATGAAATTTGAACTTCCTCACGGGTGTAATTCATGTCCACGTATACCCAGCCTGTCATGCttt < 1:317746/148‑1 (MQ=255) gaGTAATATAAATCGATAATACCGCCGCTGGGATATCGCGTATTTTCACCCATTGACAATGTTTTTGGCGGTGGCATGATGCGCATGAAATTTGAACTTCCTCACGGTTTTAATTc < 2:400434/116‑1 (MQ=255) gaGTAATATAAATCGATAATACCGCCGCTGGGATATCGCGTATTTTCACCCATTGACAATGTTTTTGGCGGTGGCATGATGCGCATGAAATTTGAACTTCCTCACGGTTTTAATTc > 1:400434/1‑116 (MQ=255) aGTAATATAAATCGATAATACCGCCGCTGGGATATCGCGTATTTTCACCCATTGACAATGTTTTTGGCGGTGGCATGATGCGCATGAAATTTGAACTTCCTCACGGTTTTAATTCATGTCCACGTATACCCAGCCTGTCATGCtttt < 7:425472/147‑1 (MQ=255) tataAATCGATAATACCGCCGCTGGGATATCGCGTATTTTCACCCATTGACAATGTTTTTGGCGGTGGCATGATGCGCATGAAATTTGAACTTCCTCACGGTTTTAATTCATGTCCACGTATACCCAGCCTGTCATGCTTTTGCTGTc < 4:232072/148‑1 (MQ=255) 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tGACAATGTTTTTGGCGGTGGCATGATGCGCATGAAATTTGACCTTCCTCACGGTTTTAATTCATGTCCCCGTATACCCCGCCTGTCATGCTTTTGCTGTCTGGCCTGCTTTTGTTGACTCTGACGCTTTCGGTGTTTAATACACACg > 6:100175/1‑148 (MQ=255) aaTGTTTATGGCGGTGGCATGATGCGCATGAAATTTGAACTTCCTCACGGTATTAATTCATGTCCACGTATACACAGCCTCACATCCTTATGCAGTCTCGCCTGCTTATCATGAATCAGGCGAATGCCCTGTTAAATACACTCCTGcc > 3:186701/1‑148 (MQ=255) ttGTTTTTGGCGGTGGCATGATGCTCATGAAATTTGAACTTCCTCACGGTTTTAATTCATGTCCACGTATACCCAGCCTGTCATGCTTTTGCTGTCTGGCCTGCTTTTGTTGACTTTGGCGATTGCGGTGTTAAATACACTCGTGCCg < 7:131133/147‑1 (MQ=255) aTGTTTTTGGCGGTGGCATGATGCGCATGAAATTTGAACTTCCTCACGGTCTTAATTCATGTCCACGTATACCCAGCCTGTCATGCTTTTGCTGTCTGGCCTGCTTTTGTTGACTCTGGCGATTGCGGTGTTAAATaca > 7:276211/1‑139 (MQ=255) aTGTTTTTGGCGGTGGCATGATGCGCATGAAATTTGAACTTCCTCACGGTCTTAATTCATGTCCACGTATACCCAGCCTGTCATGCTTTTGCTGTCTGGCCTGCTTTTGTTGACTCTGGCGATTGCGGTGTTAAATaca > 7:269489/1‑139 (MQ=255) aTGTTTTTGGCGGTGGCATGATGCGCATGAAATTTGAACTTCCTCACGGTCTTAATTCATGTCCACGTATACCCAGCCTGTCATGCTTTTGCTGTCTGGCCTGCTTTTGTTGACTCTGGCGATTGCGGTGTTAAATaca < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |