| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,533,930 | T→G | 6.2% | intergenic (‑79/‑94) | yddH ← / → nhoA | flavin reductase like‑protein/N‑hydroxyarylamine O‑acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,533,930 | 0 | T | G | 6.2% | 205.1 / 5.6 | 65 | intergenic (‑79/‑94) | yddH/nhoA | flavin reductase like‑protein/N‑hydroxyarylamine O‑acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/35); new base G (2/2); total (28/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.49e-01 | |||||||||||
GACCGTTGGGCCATGATTTAACAGACGGCTGGCATGGTGTAATTCTATGGGGATGAATCGGCTCATGGTATCGCCTCGCGAAGAAGGTTTTTTTAAGCGTAGTCCGTAACGCAATAAGTAACGAAATTAACGGGATTGGCGATTTGCGAACGTGATGCATGTCCGCGATCGCACAAAATAGCCGGTGCGGCGTCTATTCCAGGTTATAAGTTGAGAAAACCACTAAGGGAAACGCCTGATGACGCCCATTCTGAATCACTATTTTGCCCGTATTAACTGGTCGGGAGCT > NC_000913/1533786‑1534074 | gACCGTTGGGCCATGATTTAACAGACGGCTGGCATGGTGTAATTCTATGGGGATGAATCGGCTCATGGTATCGCCTCGCGAAGAAGGTTTTTTTAAGCGTAGTCCGTAACGCAATAAGTAACGAAATTAACGGGATTGGCGATTTGCg < 5:99281/148‑1 (MQ=255) aCCGTTGGGCCATGATTTAACAGACGGCTGGCATGGTGTAATTCTATGGGGATGAATCGGCTCATGGTATCGCCTCGCGAAGAAGGTTTTTTTAAGCGTAGTCCGTAACGCAATAAGTAACGAAATTAACGGGATTGGCGATTTGCg > 3:75365/1‑147 (MQ=255) gTTGGGCCATGATTTAACAGACGGCTGGCATGGTGTAATTCTATGGGGATGAATCGGCTCATGGTATCGCCTCGCGAAGAAGGTTTTTTTAAGCGTAGTCCGTAACGCAATAAGTAACGAAATTAACGGGATTGGCGATTTGCGAACg < 6:142242/148‑1 (MQ=255) gCCATGATTTAACAGACGGCTGGCATGGTGTAATTCTATGGGGATGAATCGGCTCATGGTATCGCCTCGCGAAGAAGGTTTTTTTAAGCGTAGTCCGTAACGCAATAAGTAACGAAATTAACGGGATTGGCGATTTGCGAACGTGATg < 3:200651/148‑1 (MQ=255) ccATGATTTAACAGACGGCTGGCATGGTGTAATTCTATGGGGATGAATCGGCTCATGGTATCGCCTCGCGAAGAAGGTTTTTTTAAGCGTAGTCCGTAACGCAATAAGTAACGAAATTAACGGGATTGGCGATTTGCGAACGTGATGc < 1:253880/148‑1 (MQ=255) tGATTTAACAGACGGCTGGCATGGTGTAATTCTATGGGGATGAATCGGCTCATGGTATCGCCTCGCGAAGAAGGTTTTTTTAAGCGTAGTCCGTAACGCAATAAGTAACGAAATTAACGGGATTGGCGATTTGCGAACGTGATGCATg < 1:198834/148‑1 (MQ=255) ttAACAGACGGCTGGCATGGTGTAATTCTATGGGGATGAATCGGCTCATGGTATCGCCTCGCGAAGAAGGTTTTTTTAAGCGTAGTCCGTAACGCAATAAGTAACGAAATTAACGGGATTGGCGATTTGCGAACGTGATGCATGTCcg > 3:36768/1‑148 (MQ=255) aCAGACGGCTGGCATGGTGTAATTCTATGGGGATGAATCGGCTCATGGTATCGCCTCGCGAAGAAGGGTTTTTTAAGCGTAGTCCGTAACGCAATAAGTAACGAAATTAACGGGATTGGCGATTTGCGAACGTGATGCATGTCcgcg < 3:268053/147‑1 (MQ=255) aGACGGCTGGCATGGTGTAATTCTATGGGGATGAATCGGCTCATGGTATCGCCTCGCGAAGAAGGTTTTTTTAAGCGTAGTCCGTAACGCAATAAGTAACGAAATTAACGGGATTGGCGATTTGCGAACGTGATGCATGTCCGCGATc > 6:233534/1‑148 (MQ=255) 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5:129650/120‑1 (MQ=255) tCCGTAACGCAATAAGTAACGAAATTAACGGGATTGGCGATTTGCGAACGTGATGCATGTCCGCGATCGCACAAAATAGCCGGTGCGGCGTCTATTCCAGGTTATAAGTTGAGAAAACCa > 6:129650/1‑120 (MQ=255) ccGTAACGCAATAAGTAACGAAATTAACGGGATTGGCGATTTGCGAACGTGATGCATGTCCGCGATCGCACAAAATAGCCGGTgcgg < 8:32590/87‑1 (MQ=255) ccGTAACGCAATAAGTAACGAAATTAACGGGATTGGCGATTTGCGAACGTGATGCATGTCCGCGATCGCACAAAATAGCCGGTgcgg > 7:32590/1‑87 (MQ=255) gTAACGCAATAAGTAACGAAATTAACGGGATTGGCGATTTGCGAACGTGATGCATGTCCGCGATCGCACAAAATAGCCGGTGCGGCGTCTATTCCAGGTTTTAAGTTGAGAAAACCACTAAGGGAACCGCCTGATGACGCCCATTCt > 8:384009/1‑147 (MQ=255) gTAACGCAATAAGTAACGAAATTAACGGGATTGGCGATTTGCGAACGTGATGCATGTCCGCGATCGCACAAAATAGCCGGTGCGGCGTCTATTCCAGGTTATAAGTTGAGAAAACCACTAAGGGAAACGCCTGATGACGCCCATTCt > 8:435468/1‑147 (MQ=255) aCGCAATAAGTAACGAAATTAACGGGATTGGCGATTTGCGAACGTGATGCATGTCCGCGATCGCACAAAATAGCCGGTGCGGCGTCTATTCCAGGTTATAAGTTGAGAAAACCACTAAGGGAAACGCCTGATGACGCCCATTCTGaa < 6:393572/147‑1 (MQ=255) 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ttAACGGGATTGGCGATTGGCGAACGTGATGCATGTCCGCGATCGCACAAAATAGCCGGTGCGGCGTCTATTCCAGGTTATAAGTTGAGAAAACCACTAAg > 1:153561/1‑101 (MQ=255) aCGGGATTGGCGATTTGCGAACGTGATGCATGTCCGCGATCGCACAAAATAGCCGGTGCGGCGTCTATTCCAGGTTATAAGTTGAGAAAACCACTAAGGGAAACGCCTGATGACGCCCATTCTGAATCACTATTTTGCCCGTATTaa < 7:435468/147‑1 (MQ=255) cGGGATTGGCGATTTGCGAACGTGATGCATGTCCGCGATCGCACAAAATAGCCGGTGCGGCGTCTATTCCAGGTTATAAGTTGAGAAAACCACTAAGGGAAACGCCTGATGACGCCCATTCTGAATCACTATTTTGCCCGTATTAACt > 1:193543/1‑148 (MQ=255) tGGCGATTTGCGAACGTGATGCATGTCCGCGATCGCACAAAATAGCCGGTGCGGCGTCTATTCCAGGTTATAAGTTGAGAAAACCACTAAGGGAAACGCCTGATGACGCCCATTCTGAATCACTATTTTGCCCGTATTAACTGGTCgg > 5:332389/1‑148 (MQ=255) ggCGATTTGCGAACGTGATGCATGTCCGCGATCGCACAAAATAGCCGGTGCGGCGTCTATTCCAGGTTATAAGTTGAGAAAACCACTAAGGGAAACGCCTGATGACGCCCATTCTGAATCACTATTTTGCCCGTATTAACTGGTCgg > 6:100055/1‑147 (MQ=255) gCGATTTGCGAACGTGATGCATGTCCGCGATCGCACAAAATAGCCGGTGCGGCGTCTATTCCAGGTTATAAGTTGAGAAAACCACTAAGCGAAACGCCTGATGACGCCCATTCTGAATCACTATTTTGCCCGTATTAACTGGTCggg < 4:14216/147‑1 (MQ=255) gATTTGCGAACGTGATGCATGTCCGCGATCGCACAAAATAGCCGGTGCGGCGTCTATTCCAGGTTATAAGTTGAGAAAACCACTAAGGGAAACGCCTGATGACGCCCATTCTGAATCACTATTTTGCCCGTATTAACTGGTCGGGAgc < 8:270188/148‑1 (MQ=255) aTTTGCGAACGTGATGCATGTCCGCGATCGCACAAAATAGCCGGTGCGGCGTCTATTCCAGGTTATAACTTGAGAAAACCACGAAGGGAAACGCCTGATGACGCCCATTCTGAATCACTATTTTGCCCGTATTAACTGGTCGGGAgct > 3:209024/1‑148 (MQ=255) | GACCGTTGGGCCATGATTTAACAGACGGCTGGCATGGTGTAATTCTATGGGGATGAATCGGCTCATGGTATCGCCTCGCGAAGAAGGTTTTTTTAAGCGTAGTCCGTAACGCAATAAGTAACGAAATTAACGGGATTGGCGATTTGCGAACGTGATGCATGTCCGCGATCGCACAAAATAGCCGGTGCGGCGTCTATTCCAGGTTATAAGTTGAGAAAACCACTAAGGGAAACGCCTGATGACGCCCATTCTGAATCACTATTTTGCCCGTATTAACTGGTCGGGAGCT > NC_000913/1533786‑1534074 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |