| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,862,688 | A→G | 5.0% | intergenic (‑259/‑83) | msrB ← / → gapA | methionine sulfoxide reductase B/glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,862,688 | 0 | A | G | 5.0% | 313.5 / 5.2 | 99 | intergenic (‑259/‑83) | msrB/gapA | methionine sulfoxide reductase B/glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (49/45); new base G (2/3); total (51/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.06e-01 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
CCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGAGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAATATATGACTATCAAAGTAGGTATCAACGGTTTTGGCCGTATCGGTCGCATTGTTTTCCGTGCT > NC_000913/1862541‑1862830 | ccTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGAGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGa > 1:206354/1‑148 (MQ=255) cTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGAGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGac < 6:100028/148‑1 (MQ=255) tAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGAGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGaca > 6:281168/1‑148 (MQ=255) tAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGAGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGaca > 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attgattTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAATATATGACTATCAAAGTAGGTATCAACGGTTTTGGCCGTATCGGTCg > 5:211396/1‑148 (MQ=255) attgattTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAATATATGACTATCAAAGTAGGTATCAACGGTTTTGGCCGTATCGGTCg > 7:79878/1‑148 (MQ=255) attTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAATATATGACTATCAAAGTAGGTATCAACGGTTTTGGCCGTATCGGTCGCAtt > 8:340862/1‑148 (MQ=255) attTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAATATATGACTATCAAAGTAGGTATCAACGGTTTTGGCCGTATCGGTCGCAt < 3:239005/147‑1 (MQ=255) cGCAATGATTGGCACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAATATATGACTATCAAAGTAGGTATCAACGGTTTTGGCCGTATCGGTCGCATTGTTTTc > 3:244864/1‑148 (MQ=255) cGCAATGATTGGCACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAATATATGACTATCAAAGTAGGTATCAACGGTTTTGGCCGTATCGGTCGCATTGTTTTc > 3:250349/1‑148 (MQ=255) cAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAATATATGACTATCAAAGTAGGTATCAACGGtt > 4:323615/1‑120 (MQ=255) cAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAATATATGACTATCAAAGTAGGTATCAACGGtt < 3:323615/120‑1 (MQ=255) aaTGATTGGCACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAATATATGACTATCAAAGTAGGTATCAACGGTTTTGGCCGTATCGGTCGCATTGTTTTCCGt < 4:244864/148‑1 (MQ=255) aaTGATTGGCACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAATATATGACTATCAAAGTAGGTATCAACGGTTTTGGCCGTATCGGTCGCATTGTTTTCCGt < 4:250349/148‑1 (MQ=255) gATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAATATATGACTATCAAAGTAGGTATCAACGGTTTTGGCCGTAGTGGTCGCATTGTTTTCCGtgct > 5:223350/1‑148 (MQ=255) acacGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAATATATg > 7:23360/1‑86 (MQ=255) acacGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAATATATg < 8:23360/86‑1 (MQ=255) | CCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGAGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAATATATGACTATCAAAGTAGGTATCAACGGTTTTGGCCGTATCGGTCGCATTGTTTTCCGTGCT > NC_000913/1862541‑1862830 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |