Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 830,707 | T→A | 6.5% | intergenic (‑64/‑165) | ybiH ← / → rhlE | DUF1956 domain‑containing tetR family putative transcriptional regulator/ATP‑dependent RNA helicase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 830,707 | 0 | T | A | 6.5% | 191.9 / 3.6 | 62 | intergenic (‑64/‑165) | ybiH/rhlE | DUF1956 domain‑containing tetR family putative transcriptional regulator/ATP‑dependent RNA helicase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/30); new base A (2/2); total (30/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.67e-01 |
ATATTCACCAAACTGCGCCAGTGCGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACG > NC_000913/830560‑830849 | atatTCACCAAACTGCGCCAGTGCGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTa < 7:300733/149‑1 (MQ=255) tatTCACCAAACTGCGCCAGTGCGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGAAt > 7:127246/1‑149 (MQ=255) tatTCACCAAACTGCGCCAGTGCGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGAAt > 7:122270/1‑149 (MQ=255) aCCAAACTGCGCCAGTGCGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCt > 5:99560/1‑148 (MQ=255) tGCGCCAGTGCGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAAttt > 6:301756/1‑149 (MQ=255) cgcCAGTGCTGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTa < 1:22071/149‑1 (MQ=255) cgcCAGTGCGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTa < 7:104451/149‑1 (MQ=255) cgcCAGTGCGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACACCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAAttt < 7:63288/147‑1 (MQ=255) cgcCAGGGCGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCAATCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAAtttt < 2:329571/148‑1 (MQ=255) gacatttcGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCATGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTAATCGCACATTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGTAGTTTTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAg < 2:289985/142‑1 (MQ=255) cAGTGCGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGc > 6:277507/1‑148 (MQ=255) aGTGCGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGAATGGCTAAGAATTTTAGCaa < 8:127246/149‑1 (MQ=255) aGTGCGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGAATGGCTAAGAATTTTAGCaa < 8:122270/149‑1 (MQ=255) gTGCGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAAc < 8:249581/149‑1 (MQ=255) agcaATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTATCAACGCCAGt > 4:17476/1‑148 (MQ=255) aaTCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTcaca < 5:143548/149‑1 (MQ=255) aGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGa > 5:35564/1‑149 (MQ=255) ttCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTAt < 1:41270/148‑1 (MQ=255) ttCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTAt < 2:62188/148‑1 (MQ=255) ttCACCCTTGATTGGCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCg < 5:277507/148‑1 (MQ=255) ccTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATgc > 1:101169/1‑137 (MQ=255) ccTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATgc < 2:101169/137‑1 (MQ=255) ccTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTcaca > 5:93016/1‑148 (MQ=255) ttGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACaaa > 1:239627/1‑148 (MQ=255) gATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACaaaaa < 4:254548/148‑1 (MQ=255) aTTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCTAATGCTTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTTAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATATTTTATGCGCTGCGTCACAAAAAc < 6:99746/148‑1 (MQ=255) gTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGc > 3:176273/1‑148 (MQ=255) gCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTc > 2:248584/1‑149 (MQ=255) ttattCATCGCACATTCCATTCTTAATCAAATGAATGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGATGTACAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCTTCACAAAAACTGCAACactccactcc > 6:246263/1‑149 (MQ=255) cATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCa < 6:28357/148‑1 (MQ=255) tCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGa < 5:301756/149‑1 (MQ=255) cGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGGTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGa > 1:300896/1‑148 (MQ=255) tCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTgg < 6:35564/149‑1 (MQ=255) tCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTgg > 5:209538/1‑149 (MQ=255) ttCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGtttt > 3:251224/1‑149 (MQ=255) 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tCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTccc < 4:34412/124‑1 (MQ=255) tCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTccc > 3:34412/1‑124 (MQ=255) cAAATGATTGATTAAGATTAAGACTCCATAGTGGAGTTGTCAAGTATGGATAAGAATTTTAGATACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTAAACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCAttt > 1:93157/1‑149 (MQ=255) aaTGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTc < 6:93016/149‑1 (MQ=255) aTGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTcc < 4:83757/149‑1 (MQ=255) attgattAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACt > 1:195364/1‑101 (MQ=255) attgattAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACt < 2:195364/101‑1 (MQ=255) attAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGACCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAg > 8:271525/1‑149 (MQ=255) aaGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTa < 3:293815/148‑1 (MQ=255) aGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGttttt < 7:279301/128‑1 (MQ=255) aGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGttttt > 8:279301/1‑128 (MQ=255) aGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTAtc > 3:317266/1‑149 (MQ=255) gATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTAtct < 1:4160/149‑1 (MQ=255) gACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATtgtg > 4:192627/1‑115 (MQ=255) gACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATtgtg < 3:192627/115‑1 (MQ=255) aCTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATTGCTAAGAATTTTAGGATCGCCATTAACAGGGATAATTTATGAGCTGCGTGACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTATCAGTAGCTCCCTGa < 2:93157/148‑1 (MQ=255) cATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACt < 3:17476/149‑1 (MQ=255) cATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTAAGTATCTCCCTGAAAAc > 1:197396/1‑148 (MQ=255) gAGTTGTACAGTATGGCTAAGAATTTTAGAAACGCAAGTCACATGTATAATTTATGCGATGCGTCACAAAAACTGCTAAACTACGCTCCCTCATGACATAGTGGTTTTTTTCAATTTCCTTTTCAGTATCTCACTGAAAACTACACCgg > 2:48837/1‑149 (MQ=255) gTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAAAGCCAGTCACAGGGAGAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCGGAAAACTACACCGGTAACg > 6:294890/1‑149 (MQ=255) gTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGAc < 4:152647/87‑1 (MQ=255) gTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGAc > 3:152647/1‑87 (MQ=255) | ATATTCACCAAACTGCGCCAGTGCGGCAGCAATCAGCTGTTTTTTCGCCTGTTCACCCTTGATTGTCATGGCAGGATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCAGTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACG > NC_000913/830560‑830849 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |