| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,167,309 | C→G | 5.6% | H409D (CAT→GAT) | ndh → | respiratory NADH dehydrogenase 2/cupric reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,167,309 | 0 | C | G | 5.6% | 240.3 / 5.5 | 72 | H409D (CAT→GAT) | ndh | respiratory NADH dehydrogenase 2/cupric reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (34/34); new base G (2/2); total (36/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.60e-01 | |||||||||||
AAAGATCATGGTTCGCTGGTATCGCTGTCGAACTTCTCCACCGTCGGTAGCCTGATGGGTAACCTGACGCGCGGCTCAATGATGATTGAAGGACGAATTGCGCGCTTTGTATATATCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCTGGTGGGGAGTATTAACCGCGTTATCCGTCCGCGTTTGAAGTTGCATTAATCGACGTACACTGGCGGATGTGGCATAAACGCCTCATCCGCCCTTGAGGAACAGCGCGATCGGCAGC > NC_000913/1167162‑1167456 | aaaGATCATGGTTCGCTGGTATCGCTGTCGAACTTCTCCACCGTCGGTAGCCTGATGGGTAACCTGACGCGCGGCTCAATGATGATTGAAGGACGAATTGCGCGCTTTGTATATATCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCa > 1:23934/1‑149 (MQ=255) gTTCGCTGGTATCGCTGGCGAACTTCTCCACCGTCGGTAGCCTGATGGGTAACCTGACGCGCGGCTCAGTGATGATTGAAGGACGAATTGCGCGCTTTGTATATATCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACtt < 6:93585/148‑1 (MQ=255) gCTGGTATCGCTGTCGAACTTCTCCACCGTCGGTAGCCTGATGGGTAACCTGACGCGCGGCTCAATGATGATTGAAGGACGAATTGCGCGCTTTGTATATATCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTaaaa > 4:46635/1‑149 (MQ=255) cTGGTATCGCTGTCGAACTTCTCCACCGTCGGTAGCCTGATGGGTAACCTGACGCGCGGCTCAATGATGATTGAAGGACGAATTGCGCGCTTTGTATATATCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTaaaaa > 5:208483/1‑148 (MQ=255) cTGGTATCGCTCTCGAACTTCTCCACCGTCGGTAGCCTGATGGGTAACCTGACGCGCGGCTCAATGATGATTGAAGGACGAATTGCGCGCTTTGTATATATCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAAc > 8:327372/1‑149 (MQ=255) tGGTATCGCTGTCGAACTTCTCCACCGTCGGTAGCCTGATGGGTAACCTGACGCGCGGCTCAATGATGATTGAAGGACGAATTGCGCGCTTTGTATATATCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAAcc > 8:149584/1‑149 (MQ=255) gCTGTCGAACTTCTCCACCGTCTTTATCCTGATGGGTAACCTGACGCGCGGCTCAATGATGATTGAAGGACGAATTGCGCGCTTTGTATATATCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAACCGGATTaa < 3:99391/149‑1 (MQ=255) tCGAACTTCTCCACCGTCGGTAGCCTGATTGGTAACCTGACGCGCGGCTCAATGATGATTGAAGGACGAATTGCGCGCTTTGTATATATCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAACCGGATTAatga < 1:77952/148‑1 (MQ=255) tCGAACTTCTCCACCGTCGGTAGCCTGATGGGTAACCTGACGCGCGGCTCAATGATGATTGAAGGACGAATTGGGCGCTTTGTATATATCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAACCGGATTAatgat < 5:204309/149‑1 (MQ=255) 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aaCTTCTCCACCGTCGGTAGCCTGATGGGTAACCTGACGCGCGGCTCAATGATGATTGAAGGACGAATTGCGCGCTTTGTATATATCTCGATATACCTAATGCATCAGATTGCTCTGCATGGTTACTTTAAAACCTGATTAATGATGCt > 6:232400/1‑149 (MQ=255) cTTCTCCACCGTCGGTAGCCTGATGGGTAACCTGACGCGCGGCTCAATGATGATTGAAGGACGAATTGCGCGCTTTGTATATATCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCtgg > 1:2321/1‑149 (MQ=255) ctcCACCGTCGGTAGCCTGATGGGTAACCTGACGCGCGGCTCAATGATGATTGAAGGACGAATTGCGCGCTTTGTATATATCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCtggt < 5:52217/147‑1 (MQ=255) cACCGTCGGTAGCCTGATGGGTAACCTGACGCGCGGCTCAATGATGATTGAAGGACGAATTGCGCGCTTTGTATATATCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCTGGTGGGGa < 3:46635/149‑1 (MQ=255) cACCGTCGGTAGCCTGATGGGTAACCTGACGCGCGGCTCAATGATGATTGAAGGACGAATTGCGCGCTTTGTATATATCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCTGGTGGGGa < 1:300882/149‑1 (MQ=255) cACCGTCGGTAGCCTGATGGGTAACCTGACGCGCGGCTCAATGATGATTGAAGGACGAATTGCGCGCTTTGTATATATCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCTGGTGGGGa < 4:182546/149‑1 (MQ=255) aCCGTCGGTAGCCTGATGGGTAACCTGACGCGCGGCTCAATGATGATTGAAGGACGAATTGCGCGCTTTGTATATATCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCTGGTGGGGAg > 1:295130/1‑149 (MQ=255) gTAGCCTGATGGGTAACCTGACGCGCGGCTCAATGATGATTGAAGGACGAATTGCGCGCTTTGTATATATCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATgg > 6:166162/1‑106 (MQ=255) gTAGCCTGATGGGTAACCTGACGCGCGGCTCAATGATGATTGAAGGACGAATTGCGCGCTTTGTATATATCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATgg < 5:166162/106‑1 (MQ=255) gTAGCCTGATGGGTAACCTGACGCGCGGCTCAATGATGATTGAAGGACGAATTGCGCGCTTTGTATATATCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCTGGTGGGGAGTATTAAc > 2:334838/1‑149 (MQ=255) tAGCCTGATGGGTAACCTGACGCGCGGCTCAATGATGATTGAAGGACGAATTGCGCGCTTTGTATATATCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCTGGTGGGGAGTATTAAcc < 7:327372/149‑1 (MQ=255) cTGATGGGTAACCTGACGCGCGGCTCAATGATGATTGAAGGACGAATTGCGCGCTTTGTATATATCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCTGGTGGGGAGTATTAACCGCGt > 3:227559/1‑149 (MQ=255) cTGATGGGTAACCTGACGCGCGGCTCAATGATGATTGAAGGACGAATTGCGCGCTTTGTATATATCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCTGGTGGGGAGTATTAACCGCGt > 2:127498/1‑149 (MQ=255) gATGGGTAACCTGACGCGCGGCTCAATGATGATTGAAGGACGAATTGCGCGCTTTGTATATATCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCtggt < 8:105851/129‑1 (MQ=255) gATGGGTAACCTGACGCGCGGCTCAATGATGATTGAAGGACGAATTGCGCGCTTTGTATATATCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCtggt > 7:105851/1‑129 (MQ=255) aTGGGTAACCTGACGCGCGGCTCAATGATGATTGAAGGACGAATTGCGCGCTTTGTATATATCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCTGGTGGGGAGTATTAACCGCGTTAt < 7:149584/149‑1 (MQ=255) tGGGTAACCTGACGCGCGGCTCAATGATGATTGAAGGACGAATTGCGCGCTTTGTATATATCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCTGGTGGGGAGTATTAACCGCGTTAtc > 8:8399/1‑149 (MQ=255) ggTAACCTGACGCGCGGCTCAATGATGATTGAAGGACGAATTGCGCGCTTTGTATATATCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCTGGTGGGGAGTATTAACCGCGTTAtcc < 2:2321/148‑1 (MQ=255) gTAACCTGACGCGCGGCTCAATGATGATTGAAGGACGAATTGCGCGCTTTGTATATATCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCTGGTGGGGAGTATTAACCGCGTTAtccgt > 6:313583/1‑149 (MQ=255) aCCTGACGCGCGGCTCAATGATGATTGAAGGACGAATTGCGCGCTTTGTATATATCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCTGGTGGGGAGTATTAACCGCGTTAtccgtcc < 2:23934/148‑1 (MQ=255) aCGCGCGGCTCAATGATGATTGAAGGACGAATTGCGCGCTTTGTATATATCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCTGGTGGGGAGTATTAACCGCGTTATCCGTCCGCGttt < 6:239057/149‑1 (MQ=255) gcgcgGCTCAATGATGATTGAAGGACGAATTGCGCGCTTTGTATATATCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCTGGTGGGGAGTATTAACCGCGTTATCCGTCCGCGTTTGa < 2:295130/149‑1 (MQ=255) 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6:29151/1‑149 (MQ=255) gatgagTGAAGGACGAATTGCGCGCTTTGTATATATCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCTGGTGGGGAGTATTAACCGCGTTATCCGTCCGCGTTTGAAGTTGCATTAAt > 5:57165/1‑149 (MQ=255) atTGAAGGACGAATTGCGCGCTTTGTATATATCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCTGGTGGGGAGTATTAACCGCGTTATCCGTCCGCGTTTGAAGTTGCATTAATCGAc > 2:48950/1‑149 (MQ=255) atTGAAGGACGAATTGCGCGCTTTGTATATATCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAACAGGATTAATGATGCTGGTGGGGAGTATTAACCGCGTTATCCGTCAGCGTTTGAAGTTGCATTAATCGAc > 7:246509/1‑149 (MQ=255) atTGAACGAAGAATTGCGCGCTTTGTATATATCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAACAGGATTAATGATGCTGGTGGGGAGTATTAACCGCGTTATCCGTCAGCGTTTGAAGTTGCATTAATCGAc > 6:42139/1‑149 (MQ=255) ttGAAGGACGAATTGCGCGCTTTGTATATATCTCGCTTTACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCTGGTGGGGAGTATTAACCGCGTTATCCGTCCGCGTTTGAAGTTGCATTAATCGAc < 4:123750/148‑1 (MQ=255) aaGGACGAATTGCGCGCTTTGTATATATCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCTGGGGGGGAGTATTAACCGCTTTAGCCGTCCGCGTTTGAAGTTGCTTTAAGCGACGtcc > 6:100622/1‑147 (MQ=255) cgcgcTTTGTATATATCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCTGGTGGGGAGTATTAACCGCGTTATCCGTCCGCGTTTGAAGTTGc < 6:213794/123‑1 (MQ=255) cgcgcTTTGTATATATCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCTGGTGGGGAGTATTAACCGCGTTATCCGTCCGCGTTTGAAGTTGc > 5:213794/1‑123 (MQ=255) gcgcTTTGTATATATCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCTGGTGGGGAGTATTAACCGCGTTATCCGTCCGCGTTTGAAGTTGCATTAATCGACGTACACTGGCGGAtgtg < 8:289334/149‑1 (MQ=255) cgcTTTGTATATATCTCGCTATACCGACTGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCTGGTGGGGAGTATTAACCGCGTTATCCGTCCGCGTTTGAAGTTGCATTAATCGACGTACACTGGCGGATGTgg < 5:232400/149‑1 (MQ=255) gcTTTGTATATATCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCTGGTGGGGAGTATTAACCGCGTTATCCGTCCGCGTTTGAAGTTGCATTAATCGACGTACACTGGCGGATGTGGc < 1:127498/149‑1 (MQ=255) gcTTTGTATATATCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCGGGTGGGGAGTATTAACCGCGTTATCCGTCCGCGTTTGAAGTTGCATTAATCGACGTACACTGGCGGATGTGGc < 6:268421/149‑1 (MQ=255) atatCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGGATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCTGGTGGGGAGTATTAACCGCGTTATCCGTCCGCGTTTGAAGTTGCATTAATCGACGTACACTGGCGGAtgtg < 8:41045/138‑1 (MQ=255) atatCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGGATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCTGGTGGGGAGTATTAACCGCGTTATCCGTCCGCGTTTGAAGTTGCATTAATCGACGTACACTGGCGGAtgtg > 7:41045/1‑138 (MQ=255) atatCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGGATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCTGGTGGGGAGTATTAACCGCGTTATCCGTCCGCGTTTGAAGTTGCATTAATCGACGTACACTGGCGGAtgtg > 7:46381/1‑138 (MQ=255) atatCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGGATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCTGGTGGGGAGTATTAACCGCGTTATCCGTCCGCGTTTGAAGTTGCATTAATCGACGTACACTGGCGGAtgtg < 8:46381/138‑1 (MQ=255) atatCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCTGGTGGGGAGTATTAACCGCGTTATCCGTCCGCGTTTGAAGTTGCATTAATCGACGTACACTGGCGGATGTGGCATAAACGcc > 8:124362/1‑149 (MQ=255) tctcGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCTGGTGGGGAGTATTAACCGCGTTATCCGTCCGCGTTTGAAGTTGCATTAATCGAc > 3:109647/1‑118 (MQ=255) tctcGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCTGGTGGGGAGTATTAACCGCGTTATCCGTCCGCGTTTGAAGTTGCATTAATCGAc < 4:109647/118‑1 (MQ=255) tataCCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCTGGTGGGGAGTATTAACCGCGTTATCCGTCCGCGTTTGAAGTTGCATTAATCGACGTACACTGGCGGATGTGGCATAAACGCCTCATCCGcc > 1:251646/1‑149 (MQ=255) taCCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCTGGTGGGGAGTATTAACCGCGTTATCCGTCCGCGTTTGAAGTTGCATTAATCGACGTACACTg < 7:262738/118‑1 (MQ=255) taCCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCTGGTGGGGAGTATTAACCGCGTTATCCGTCCGCGTTTGAAGTTGCATTAATCGACGTACACTg > 8:262738/1‑118 (MQ=255) cGATTGCATCAGATTGCGCTGCATGGGTACTTAAAAAACGGATTCATGATGCTGGGGGGGAGTATTAACCGCGTTAACCGTCCGCGTTTGAAGTTGCATTAATCGACGTACACTGGCGGATGGGGCATAAACGCCTAATCCGCCCTTGa < 2:106986/149‑1 (MQ=255) 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tGCATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCTGGTGGGGAGTATTAACCGCGTTATCCGTCCGCGTTTGAAGTTGCATTAATCGACGTACACTGGCGGATGTGGCATAAACGCCTCATCCGCCCTTGAGGAACAGCGCGATCGGCAg > 8:335202/1‑149 (MQ=255) gCATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCTGGTGGGGAGTATTAACCGCGTTATCCGTCCGCGTTTGAAGTTGCATTAATCGACGTACACTGGCGGATGTGGCATAAACGCCTCATCCGCCCTTGAGGAACAGCGCGATCGGCAGc > 7:117551/1‑149 (MQ=255) cATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCTGGTGGGGAGTATTAACCGCGTTATCCGTCCGCGTTTGAAGTTGCATTAATCGACGTACACTGGCGGATGTGGCATAAACGCCTCATCCGCCCTTGAGGAACAGCGCGATCGGCAGc < 8:117551/148‑1 (MQ=255) | AAAGATCATGGTTCGCTGGTATCGCTGTCGAACTTCTCCACCGTCGGTAGCCTGATGGGTAACCTGACGCGCGGCTCAATGATGATTGAAGGACGAATTGCGCGCTTTGTATATATCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCTGGTGGGGAGTATTAACCGCGTTATCCGTCCGCGTTTGAAGTTGCATTAATCGACGTACACTGGCGGATGTGGCATAAACGCCTCATCCGCCCTTGAGGAACAGCGCGATCGGCAGC > NC_000913/1167162‑1167456 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |