| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,566,420 | G→C | 5.4% | L241V (CTG→GTG) | dosC ← | diguanylate cyclase, cold‑ and stationary phase‑induced oxygen‑dependent biofilm regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,566,420 | 0 | G | C | 5.4% | 251.8 / 5.5 | 74 | L241V (CTG→GTG) | dosC | diguanylate cyclase, cold‑ and stationary phase‑induced oxygen‑dependent biofilm regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (36/34); new base C (2/2); total (38/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.06e-01 | |||||||||||
TTCTTCAAACAATTCACGCAGCAAGGTAATAATTTGCGATACGGTATTTCTTATCTGTAATAAAAATTTCACCCGCAGACTTCTGTTATTCAAATTTCTGGTGTTACGCATGGTTTGATTGAAAATACCGTCGAAATCCTGAATCAGACGGGAGATATGGCCTACTTCGGCAATACCACTAAAATAATGTCGACCTTTATGGTTAAACCACAGGCCAAAATCAGCCTGGCTTAAAGGCAAACTACTGCCTAAATCAGAATCCAGCAGGATTTTATAGATAATATCTATTTCCCA > NC_000913/1566274‑1566567 | ttcttcAAACAATTCACGCAGCAAGGTAATAATTTGCGATACGGTATTTCTTATCTGTAATAAAAATTTCACCCGCAGACTTCTGTTATTCAAATTTCTGGTGTTACGCATGGTTTGATTGAAAATACCGTCGAAATCCTGAATCAGAc > 3:225334/1‑149 (MQ=255)ttcttcAAACAATTCACGCAGCAAGGTAATAATTTGCGATACGGTATTTCTTATCTGTAATAAAAATTTCACCCGCAGACTTATGTTATTCAAATTTCTGGTGTTACGCATGGTTTGATTGAAAATACCGTCGAAATCCTGAATCAGAc > 1:197251/1‑149 (MQ=255) cAAACAATTCACGCAGCAAGGTAATAATTTGCGATACGGTATTTCTTATCTGTAATAAAAATTTCACCCGCAGACTTCTGTTATTCAAATTTCTGGTGTTACGCATGGTTTGATTGAAAATACCTTCGAAATCCTGAATCAGACgg > 6:244023/1‑146 (MQ=255) cAAACAATTCACGCAGCAAGGTAATAATTTGCGATACGGTATTTCTTATCTGTAATAAAAATTTCACCCGCAGACTTCTGTTATTCAAATTTCTGGTGTTACGCATGGTTTGATTGAAAATACCGTCGAAATCCTGAATCAGACGGga < 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tCGAAATCCTGAATCAGACGGGAGATATGGCCTACTTCGGCAATACCACTAAAATAATGTCGACCTTTATGGTTAAACCACAGGCCAAAATCAGCCTGGCTTAAAGGCAAACTACTGCCTAAATCAGAATCCAGCAGGATTTTATAGa > 3:153756/1‑148 (MQ=255) aaaTCCTGAATCAGACGGGAGATATGGCCTACTTCGGCAATACCACTAAAATAATGTCGACCTTTATGGTTAAACCACAGGCCAAAATCAGCCTGGCTTAAAGGCAAac > 7:37101/1‑109 (MQ=255) aaaTCCTGAATCAGACGGGAGATATGGCCTACTTCGGCAATACCACTAAAATAATGTCGACCTTTATGGTTAAACCACAGGCCAAAATCAGCCTGGCTTAAAGGCAAac < 8:37101/109‑1 (MQ=255) aaTCAGACGGGAGATATGGCCTACTTCGGCAATACCACTAAAATAATGTCGACCTTTATGGTTAAACCACAGGCCAAAATCAGCCTGGCTTAAAGGCAAACTACTGCCTAAATCAGAATCCAGCAGGATTTTATAGATAATATCTAttt < 4:28745/149‑1 (MQ=255) tCAGACGGGAGATATGGCCTACTTCGGCAATACCACTAAAATAATGTCGCCCTTTATGGTTAAACCACAGGCCAAAATCAGCCTGGCTTAAAGGCAAACTACTGCCTAAATCAGAATCCAGCAGGATTTTATAGATAATATCTATTTcc > 5:4647/1‑149 (MQ=255) cAGACGGGAGATATGGCCTACTTCGGCAATACCACTAAAATAATGTCGACCTTTATGGTTAAACCACAGGCCAAAATCAGCCTGGCTTAAAGGCAAACTACTGCCTAAATCAGAATCCAGCAGGATTTTATAGATATTATCTAtaaaat < 7:323178/149‑6 (MQ=255) aGACGGGAGATATGGCCTACTTCGGCAATACCACTAAAATAATGTCGACCTTTATGGTTAAACCACAGGCCAAAATCAGCCTGGCTTAAAGGCAAACTACTGCCTAAATCAGAATCCAGCAGGATTTTATAGATAATATCTATTTCCCa < 3:155129/149‑1 (MQ=255) gACGGGAGATATGGCCTACTTCGGCAATACCACTAAAATAATGTCGACCTTTATGGTTAAACCACAGGCCAAAATCAGc > 8:265860/1‑79 (MQ=255) | TTCTTCAAACAATTCACGCAGCAAGGTAATAATTTGCGATACGGTATTTCTTATCTGTAATAAAAATTTCACCCGCAGACTTCTGTTATTCAAATTTCTGGTGTTACGCATGGTTTGATTGAAAATACCGTCGAAATCCTGAATCAGACGGGAGATATGGCCTACTTCGGCAATACCACTAAAATAATGTCGACCTTTATGGTTAAACCACAGGCCAAAATCAGCCTGGCTTAAAGGCAAACTACTGCCTAAATCAGAATCCAGCAGGATTTTATAGATAATATCTATTTCCCA > NC_000913/1566274‑1566567 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |