| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | NC_000913 | = 1979270 | NA (NA) | 59 (0.680) | 50/264 | NT | 28.0% | noncoding (1/768 nt) | IS1 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 3658153 = | 152 (1.750) | intergenic (‑99/‑213) | arrS/gadE | antisense sRNA ArrS, function unknown/gad regulon transcriptional activator | |||||
Only 100 of 230 total aligned reads displayed.
ATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGATCACAAACTGGTTATTGATAACTTATTCTTGGGCAGTAATCCGCAAACGTTAACTTTTTGTTTGCTATTTACAAGCTGATAACAACCAGGAATCTTACTTAGGATCAATATATGGAGTGCGTGATGGATAAATCTGAAGTATTGATTAGTGTTAATAGACGTATTAGTTCACGAAGGGTAAAGTTCTTATAGGCGTTTACTATATTGAACAACGATT > NC_000913/3658005‑3658300 | agatagcgctgatgtccggcggtgcttttgccgttacgcaccaccccgtcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcttacactaaatcagtaagttggcagcatcaccTa > 1:113458‑M2/148‑149 (MQ=255) agatagcgctgatgtccggcggtgcttttgccgttacgcaccaccccgtcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccTa < 2:331554‑M2/2‑1 (MQ=255) cAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGATCACAAACTGGTTATTGATAACTTATTCTTGGGCAGTAATCCGCAAACGTTAACTTTTTGTTTGCTATTTACAAg < 6:367192/149‑1 (MQ=255) 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aaGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGATCACAAACTGGTTTTTGATAACGTATTCTTTGGCAGTAATCCGCAAACGATAAATTTTTGTTTGCTATTTACAAGATTATAACAACCAgg > 5:380803/1‑148 (MQ=255) gtgcttttgccgttacgcaccaccccgtcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccTACAAGCTGATAACAACCAGGaa > 1:8065‑M2/127‑149 (MQ=255) tgcttttgccgttacgcaccaccccgtcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcgcctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccTACAAGCTGATAACAACCAGGAAt > 2:168826‑M2/126‑149 (MQ=255) tgcttttgccgttacgcaccaccccgtcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccTACAAGCTGATAACAACCAGGAAt > 8:307287‑M2/126‑149 (MQ=255) ggAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGATCACAAACTGGTTATTGATAACTTATTCTTGGGCAGTAATCCGCAAACGTTAACTTTTTGTTTGCTATTTACAAGCTGATAACAACCAGGAAt < 2:283106/149‑1 (MQ=255) gcttttgccgttacgcaccaccccgtcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccTACAAGCTGATAACAACCAGGAATc > 6:135051‑M2/125‑149 (MQ=255) agaCTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGATCACAAACTGGTTATTGATAACTTATTCTTGGGCAGTAATCCGCAAACGTTAACTTTTTGTTTGCTATTTACAAGCTGATAACAACCAGGAATct < 2:74625/149‑1 (MQ=255) gaCTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGATCACAAACTGGTTATTGATAACTTATTCTTGGGCAGTAATCCGCAAACGTTAACTTTTTGTTTGCTATTTACAAGCTGATAACAACCAGGAATct > 4:228902/1‑148 (MQ=255) gATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGATCACAAACTGGTTATTGATAACTTATTCTTGGGCAGTAATCCGCAAACGTTAACTTTTTGTTTGCTATTTACAAGCTGATAACAACCAGGAATcttact > 6:271683/1‑147 (MQ=255) tatTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGATCACAAACTGGTTATTGATAACTTATTCTTGGGCAGTAATCCGCAAACGTTAACTTTTTGTTTGCTATTTACAAGCTGATAACAACCAGGAATCTTACTTAg < 4:15329/148‑1 (MQ=255) 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ttgtttgCTATTTACAAGCTGATAACAACCAGGAATCTTACTTAGGATCAATATATGGAGTGCGTGATGGATAAATCTGAAGTATTGATTAGTGTTAATAGACGTATTAGTTCACGAAGGGTAAAGTTCTTATAGGCGTTTACTatat < 4:191594/148‑1 (MQ=255) tgtttgCTATTTACAAGCTGATAACAACCAGGAATCTTACTTAGGATCAATATATGGAGTGCGTGATGGATAAATCTGAAGTATTGATTAGTGTTAATAGACGTATTAGTTCACGAAGGGTAAAGTTCTTATAGGCGTTTACTATAtt < 3:88016/148‑1 (MQ=255) gtttgCTATTTACAAGCTGATAACAACCAGGAATCTTACTTAGGATCAATATATGGAGTGCGTGATGGATAAATCTGAAGTATTGATTAGTGTTAATAGACGTATTAGTTCACGAAGGGTAAAGTTCTTATAGGCGTTTACTATATTg < 5:33124/148‑1 (MQ=255) ctgcatcacgTACAAGCTGATAACAACCATGTATCTTTCTTATGATGAATTTATGGAGTGCGTGATGGATAAATCTGAAGTATTGATTAGTGTTAATAGACGTATTAGTTCACGAAGGGTAAAGTTCTTATAGGCGTTTACTATATTg < 1:168826‑M2/138‑1 (MQ=255) tttgCTATTTACAAGCTGATAACAACCAGGAATCTTACTTAGGATCAATATATGGAGTGCGTGATGGATAAATCTGAAGTATTGATTAGTGTTAATAGACGTATTAGTTCACGAAGGGTAAAGTTCTTATAGGCGTTTACTATATTGaa < 6:297195/149‑1 (MQ=255) 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3:182319‑M2/117‑1 (MQ=255) aTTTACAAGCTGATAACAACCAGGAATCTTACTTAGGATCAATATATGGAGTGCGTGATGGATAAATCTGAAGTATTGATTAGTGTTTATAGACGTATTAGTTCACGAAGGGTAAAGTTCTTATAGTCGTTTACTATATTGAACAACGa > 2:242902/1‑149 (MQ=255) cTACAAGCTGATAACAACCAGGAATCTTACTTAGGATCAATATATGGAGTGCGTGATGGATAAATCTGAAGTATTGATTAGTGTTAATAGACGTATTAGTTCACGAAGGGTAAAGTTCTTATAGGCGTTTACTATAtt < 7:154513‑M2/137‑1 (MQ=255) | ATTGCCAGCTTAAGTCGAAACAAGGAGACTCGATATTTAAATCGGATTACATTTTAACTTTAGTAATATTCTTCAGAGATCACAAACTGGTTATTGATAACTTATTCTTGGGCAGTAATCCGCAAACGTTAACTTTTTGTTTGCTATTTACAAGCTGATAACAACCAGGAATCTTACTTAGGATCAATATATGGAGTGCGTGATGGATAAATCTGAAGTATTGATTAGTGTTAATAGACGTATTAGTTCACGAAGGGTAAAGTTCTTATAGGCGTTTACTATATTGAACAACGATT > NC_000913/3658005‑3658300 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |