| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 753,079 | G→T | 5.5% | intergenic (‑284/+106) | ybgD ← / ← gltA | putative fimbrial‑like adhesin protein/citrate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 753,079 | 0 | G | T | 5.5% | 360.0 / 6.8 | 110 | intergenic (‑284/+106) | ybgD/gltA | putative fimbrial‑like adhesin protein/citrate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (54/49); new base T (3/3); total (57/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.80e-01 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
ATTTGTTGTATGATGAATAAAATATAGGGGGGTATAGATAGACGTCATTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCT > NC_000913/752931‑753227 | aTTTGTAGTATGATGAATAAAATATAGGTGGGTAAAGATAGAATACATTTTCATACCGATATAAAAGAGACTAAAAAGAAGTTATTAATTGAAAATATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAgg > 8:363738/1‑149 (MQ=255) ttgtATGATGAATAAAATATAGGGGGGTATAGATAGACGTCATTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGt > 8:373615/1‑149 (MQ=255) ttgtATGATGAATAAAATATAGGGGGGTATAGATAGACGTCATTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGt > 1:310093/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |