| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,525,298 | C→T | 13.5% | L58F (CTT→TTT) | yfeN → | putative outer membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,525,298 | 0 | C | T | 13.5% | 141.0 / 2.4 | 64 | L58F (CTT→TTT) | yfeN | putative outer membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/27); new base T (6/3); total (33/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATGAAAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTGCAGATATCGGCGTGCA‑TTATCTGGACTGGACCAGCCGGACTACCGAAAAATCGTCGACCAAATC‑AC‑ACAAAGAT‑GATTTTGGTTATCTTGAA‑TTTGAA‑GGTGGCGCTAACTTTAGTTGGGGAGAAATGTACGGGTTCTTCGACTGGG‑AAAACTTCTAT‑AAC‑GGTCGCCATAATAAACCAGGTAGCGAGC‑AGCGTTATACCTTTAAAAATACCAACCGTATTTACCTGGGTGACACCGGATTTAATCTCTACTTGCATGCGTATGGCACCTACGGTTCTGCGAATCGCGTGAATTTCCACGACGATATGTTCCTG > NC_000913/2525093‑2525525 | tCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATGAAAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTTGAGATATCGGCGTGGA‑TTATCTGGGCTGGACCAGCCGGACTACCGAAAAAACGGCGTCCAAAAC‑AC‑CAAAAGAA‑GATTTTGGGTAACATTAA‑ATTTAA‑Ggggggcccaac > 2:143884/1‑222 (MQ=255)tCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATGAAAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTGCAGATATCGGCGTGCA‑TTATTTGGGCTGGACCAGGCGGACTAACGGAAAATCGTCGACCAAATC‑AC‑ACAAAGGA‑GCTTTTGGTTCTCTTGAA‑TTTGAA‑GGTGgccgttaa > 1:292069/1‑223 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |