| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,079,070 | A→C | 13.3% | G87G (GGT→GGG) | cmtB ← | putative mannitol‑specific enzyme IIA component of PTS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,079,070 | 0 | A | C | 13.3% | 135.2 / 3.3 | 70 | G87G (GGT→GGG) | cmtB | putative mannitol‑specific enzyme IIA component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (35/21); new base C (3/9); total (38/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.51e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAG‑TAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACC‑TTGTTCAAGTAATGTCAAAGACATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGAATGTAATTCTCGCTGATATAGTTTTTATCCAGCAATGATACCATCGAGAAATCGATAGCTTCCTGCCAATCTTTTGCTGAATGTATAAC > NC_000913/3078843‑3079291 | ggcggcTTGTTTTCAATAATTTTAGTCTGTAG‑GGGGTGAGATAATTAGCCGCGGCTGTTAATGACCGCTAAGTGTTTTTCTGGTGATGTTGTTAAGAGTTGTGCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCCCTTAACGCCTTAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAaca < 2:193553/223‑1 (MQ=255)gCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAG‑TAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAacac > 1:671594/1‑229 (MQ=255) tatCCTGTAGAGGAGAGAG‑TAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCACTGTGCGAATCGGCATAGGCAGCAGAGAGTCCGTTGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGCAAATAACCACC‑TTGTTCAAGTAATGTCaaaaa > 2:634979/1‑227 (MQ=255) tatCCTGTAGAGGAGAGAG‑TAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGCTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCCATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATACACCCC‑TTGTTCAAGTAATGTCAAAgc > 1:334934/1‑228 (MQ=255) tCCTGTAGAGGAGAGAG‑TAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCCGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTGTTCATTCCCCGGAAAATAAACACC‑TTGTTCAAGAAATGTCaaaaaaa > 2:656433/1‑225 (MQ=255) tCCTGTAGAGGAGAGAG‑TAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGTTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAAAACC‑TTGTTCAAGTAATGTCAAAcaca > 1:634835/1‑229 (MQ=255) tAGAGGAGAGAG‑TAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCCGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACC‑TTGTTCAAGTAAGGTCAAAGCCATccc > 1:461324/1‑228 (MQ=255) tAGAGGAGAGAG‑TAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACC‑TTGTTCAAGTAATGTCAAAGACATccc > 1:724822/1‑228 (MQ=255) tAGAGGAGAGAG‑TAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACC‑TTGTTCAAGTAATGTCAAAGACATccc > 1:524249/1‑228 (MQ=255) tAGAGGAGAGAG‑TAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACC‑TTGTTCAAGAAATGTCAAAGACATccc > 1:124495/1‑228 (MQ=255) gagagaG‑TAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGACAATAAACACC‑TTGTTCACGTAATGTCAAAGACATCCCGGttt > 1:641411/1‑228 (MQ=255) agag‑TAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACC‑TTGTTCAAGTa > 2:69520/1‑204 (MQ=255) agag‑TAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACC‑TTGTTCAAGTAATGTCAAAGACATCCCGGTTTTAAg < 1:571911/229‑1 (MQ=255) agag‑TAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTGCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACC‑TTGTTCAAGTa < 1:69520/204‑1 (MQ=255) ag‑TAATTATCCGCGGCTGATAATTTCCGCTAATTGTTTTTCTGCTGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTATTCTTCGCACAGGAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGCTGGATAATTTAATTGGGTCGTCATTCCCCGGCAAGTAAACCCC‑TTGTTCCAGAAATGGCCAAGACAACCCGGGTTTataag > 2:660830/1‑225 (MQ=255) ag‑TAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACC‑TTGTTCAAGTAATGTCAAAGAAATCCCGGTTTTAAgg > 1:555894/1‑227 (MQ=255) ag‑TAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCCGGAAATAAACACC‑TTGTTCAATAAATGTCACAGACAACCCGGTTTTaaagc > 2:391256/1‑226 (MQ=255) ggaaTTTTCCGTGGGTGATAATGTCTGCTAATTGGTTTTCTGATGAGTGTGGTAAGAGTGTATCGAGGATTTCTGCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACC‑TGGTTCAAGTAATGTCAAAGACATCCCGGTGTTAAgcg < 2:355718/226‑1 (MQ=255) tAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGCGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGCGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAACACAAACCCC‑GTGTTCAAGTAATGTCAAAGAAAACCCGGTTTTAAGCAcc > 2:291666/1‑229 (MQ=255) cgcgGCTGTTAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATAAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACC‑TTGTTCAAGTAATGTCAAAGCAATCCCGGTTTTAACAGCCCCACAATc > 2:399747/1‑229 (MQ=255) cgcgGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGTCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATAAGTAATTTAATTGGTTCGCATTTCCCCGGAAAAT‑AACACCTTTGTTAAAGTAATGTCAAGAACATCCCGGTTTAAAGCACCCAACATTc > 2:244774/1‑229 (MQ=255) cgcgGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCCGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGACAATAAACACC‑TTGTTCAAGAAATGTCAAAAAAATCCCGGTTTTAAACCCCCCAAATTc > 2:725343/1‑229 (MQ=255) cgcgGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGGGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACC‑TTGTTCAAGTAATGTCAAAGACATCCCGGTTTTAAGCGGCCCACATTc > 2:359980/1‑229 (MQ=255) gCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACC‑TTGTTCAAGTAATGTCAAAGACATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGt < 1:649103/229‑1 (MQ=255) cgttatttGTTTTTCTGAGTATGCTGTTCAGAGTTTTTCGAGTTTTTCTTCTGCGGACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACC‑TTGTTCAAGTAATGTCAAAGACATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGc < 2:91480/223‑1 (MQ=255) cTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACC‑TTGTTCAAGTAATGTCAAAGACATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATCCCGGACGGCCATAAGGc > 1:91480/1‑227 (MQ=255) cTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGCATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACC‑TTGTTCAAGTAATGTCAAAGACATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTTCCGCATGAgg > 1:713750/1‑226 (MQ=255) gatgatTCTTTTAAGAGGTGGTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACC‑TTGTTCAAGTAATGTCAAAGACATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTg < 1:391256/229‑1 (MQ=255) atgatgCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGACAATAAACACC‑TTGTTAAAGTAATGTCCAAGACATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGCAGCGCATGAGGACTTGCCAccaccgtgac > 2:523561/1‑220 (MQ=255) atgatgCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAATAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACC‑TTGTTCAAGTAATGTCAAAGACATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGc < 2:124495/229‑1 (MQ=255) aggttgCTGTGAAGAGTTGGTCGGGCATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTGAACGCCTGAATAGCGCCAATGGGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACCCC‑TTGTTCAAGTAATGTCAAAGACATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGc < 2:713749/225‑1 (MQ=255) gatgCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACC‑TTGTTCAAGTAATGTCAAAGACATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCga < 1:634980/229‑1 (MQ=255) tcttttAAGAGTTGTGCGATTTTTTCTTTTCCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACC‑TTGTTCAAGTAATGTCAAAGACATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGaa < 2:634834/225‑1 (MQ=255) gagTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACC‑TTGTTCAAGTAATGTCAAAGACATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATAtaataa < 1:659322/229‑1 (MQ=255) ttttgtgTATTTCGTCTTCCCTCAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTAGTCATTCCCCGGAAAATAAACACC‑TTGTTCAAGTAATGTCAAAGACAGCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGcc < 2:562476/223‑1 (MQ=255) gttCGAGTATTTTTTCTTCGCACAGTAATTCCCTTAACGCCGGAATAGCGCCAATGTGAGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACC‑TTGTTCAAGTAATGTCAAAGACATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGcc < 2:461324/229‑1 (MQ=255) ttCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACC‑TTGTTCAAGTAATGTCAAAGACATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGGGAATATAATAAGGGCCa > 1:25284/1‑229 (MQ=255) ttCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACC‑TTGTTCAAGTAATGTCAAAGACATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATCAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGCGAATATCATACGGGCCa > 1:189886/1‑229 (MQ=255) cttcGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGACAATAAACACC‑TTGTTCAAGTAATGTCAAAGACATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCCTTGTTAAtggtgg > 1:398001/1‑228 (MQ=255) tcGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACC‑TTGTTCAAGTAATGTCAAAGACATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGATATTATTAAGGGCCATTGTTAATGGTGGaa > 1:430794/1‑228 (MQ=255) aTTCAATTAACGCCTGAATAGCGACAATGTGCCAATCGGACACGGCAGCAGAGAGTACCATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACC‑TTGTTGAAGTAATGTCAAAGACATCCCGGTTTTAAGCGCCACACATTCCGGTCGCGCATGAAGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGc < 1:607212/229‑1 (MQ=255) tcccTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACC‑TTGTTCAAGTAATGTCAAAGACATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCt < 1:725344/226‑1 (MQ=255) ttAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACC‑TTGTTCAAGTAATGTCAAAGACATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGGGGAATCTTTAATTGCCTGAAt > 1:506194/1‑229 (MQ=255) ttAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACC‑TTGTTCAAGTAATGTCAAAGACATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGGGCGGGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGaa > 1:455378/1‑228 (MQ=255) ttAACGCCTGAAGAGTGGCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGTGTCCGATGAGTAAATTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACC‑TTGTTCAAGTAATGTCAAAGACATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACCTTCAGGTCGCGCCTGACGCATTGCCACGCCTGGTGCGGGACTTAAAAAAGGGCAATTGTTAAT‑GTGGAATGCTTAAATTCCCGaa > 2:269102/1‑227 (MQ=255) aaCGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTACTTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACC‑TTGTTCAAGTAATGTCAAAGACATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTCCCACGCCTGGGGCGAGAATATATTAAGGGCCATTGTTAATGGGGGAATCTTTAATTGCCTGAATGt > 2:490836/1‑229 (MQ=255) aaCGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACC‑TTGTTCAAGTAATGTCAAAGACATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCCCGCCTGGGGCGACAATATAATAAAGGCCATTGTTATTGGGGGAACCTTTAATTGCTTGAAtta > 2:84662/1‑227 (MQ=255) aaCGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACC‑TTGTTCAAGTAATGTCAAAGACATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGaa > 2:443606/1‑226 (MQ=255) aaCGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACC‑TTGTTCAAGTAATGTCAAAGACATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTAGAGCATGAGGCATTGCCAAGCCTGGTGCGCGAATATAATAAGGGCCATTGTTATGGAGGGACTATTTATTTGCCTGaagta > 1:756590/1‑226 (MQ=255) aaCGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACC‑TTGTTCAAGTAATGTCAAAGACATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGGCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGCGAATCTAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGAATGt > 1:550758/1‑229 (MQ=255) cgcCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACC‑TTGTTCAAGTAATGTCAAAGACATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGAATGTAAttatagcgggt > 1:480805/1‑220 (MQ=255) cccatggtggAATCGGCATCGGCAGCAAAGAGGCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACCCC‑TTGTTCAAGTAATGTCAAAGACATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGAATGTAATTCTCGCTGatat < 2:376353/220‑1 (MQ=255) aTGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACC‑TTGTTCAAGTAATGTCAAAGACATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGAATGTAATTCTCGCTGATATAGt > 1:244203/1‑229 (MQ=255) aTGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACC‑TTGTTCAAGTAATGTCAAAGACATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGGGGAATCTTTAATTGCCGGAATGTAATTTTCGCTGATATAGt > 2:637682/1‑229 (MQ=255) atcggcatcggcAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACC‑TTGTTCAAGTATTGTCAAAGACATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGAATGTAATTCTCGCTGATATAGTTTTTATcc < 1:656434/229‑1 (MQ=255) atcggcaatcgcAGAAAAAAGTCCGAGTAGTAATTTAATTGGCTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACCCC‑TTGTTCAAGTAATGTCAAAGACATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGAATGTAATTCTCGCTGATATAGTTTTTATcc < 2:524249/229‑1 (MQ=255) ggcctcggagGCAGAGGGTCCCATTGTTAAATTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACCCC‑TTGTTCAAGTAATGTCAAAGACATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGAATGTAATTCTCGCTGATATAGTTTTTATCCAGc < 2:642403/229‑1 (MQ=255) cggcaGAAGAGGTTCCATTGAGGAATTTAATTGGTTCGGCAATCCCCGTAAAATAACCACC‑TGGTTCAAGTAATGTAAAAGACTTGCCGGTTTCAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGTCATTGCCACGCCGGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTTGAATCTTTAATTGCCTGAATGTAATTCTCGCTGATATAGTTTTTATCCAGCAATg < 2:550758/228‑1 (MQ=255) tgatttatttaagtGCTTCGCACTACCACGGAAAATAAACCCC‑TTGTACAAGGAAGGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCGTGCGGCCCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCGGAATGTAATTCTCGATTATATAGTTTTTATCCAGAAATGATACCATCGAGAAATCGAt < 2:205917/223‑1 (MQ=255) tgaaatttaattGGTTCGTCTTTCCCCGGAAAATAAACACC‑TTGGTCAAGTAATGCCAAAGTCTTCCCGGGTTTAAGCGCCCCATATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCCCGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGTCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGAATGTAATTCTCGCTGATATAGTTTTTATCCAGCAATGATACCATCGAGAAATCGAt < 2:189886/224‑1 (MQ=255) taatttaattGGTTCTTCATTCCCGGAAAAATGACCTCC‑TTTTTCAAATAATGTCAAAGACATCCCGTTTTTAAGCGCCCCACATGCCGGTCGCTCATGATGCATTGCCACGCCTTGTGCGGGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGTTGGAATCTTTAATTGCCTGAATGTAATTCTCGTTGCTATAGTTTTTATCCAGCAATGATACCATCGAGAAATCGATAGCt < 2:724821/229‑1 (MQ=255) aattGGTTCGTTATTCCCCGGAAAATAAACCCC‑TTGTTCAAGTAATGTCAAAGACATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGAATGTAATTCTCGCTGATATAGTTTTTATCCAGCAATGATACCATCGAGAAATCGATAGCTTCCTGc < 1:637683/229‑1 (MQ=255) ttGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACC‑TTGTTCAAGTAATGTCAAAGACATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGAATGTAATTCTCGCTGATATAGTTTTTATCCAGCAATGATACCATc > 1:423695/1‑206 (MQ=255) ttGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACC‑TTGTTCAAGTAATGTCAAAGACATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCAGTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGAATGTAATTCTCGCTGATATAGTTTTTATCCAGCAATGATACCATc < 2:423695/206‑1 (MQ=255) ggTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACC‑TTGTTCAAGTAATGTCAAAGACATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCAAGCCTGGTGCGCGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGCATCTTTAATTGCCTGAATGTAATTTTCGCTGATATAGTTTTTATCCAGCAATGATACCATCGAGAAATCGATAGCTTCCTGCCAAt > 2:541597/1‑229 (MQ=255) aTTCCCCGGAAAATAACCCCC‑TTGTTCAAGTAATTGCAAAGACCTCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGAATGTAATTCTCGCTGATATAGTTTTTATCCAGCAATGATACCATCGAGAAATCGATAGCTTCCTGCCAATCTTTTGCt < 2:244203/229‑1 (MQ=255) aTTCCCCGGAAAATAAACTCC‑TTGTTCAAGTAATGTCAAAGACATCCCGGTTTGAAGCGCCCCCCATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGAATGTAATTCTCGCTGATATAGTTTTTATCCAGCAATGATACCATCGAGAAATCGATAGCTTCCTGCCAATCTTTTGCt < 1:523561/229‑1 (MQ=255) ttcccGGAAAATTAACCCC‑TTTTGCAAGTAAGTTCAAAGAACTCCCGGTTTTAAGCTCCCCACATCTCGGGTGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTGTAATTGCCGGAATGTAATTCTCGCTGATATAGTTTTTATCCAGCAATGATACCATCGAGAAATCGATAGCTTCCTGCCAATCTTTTGCTGa < 2:506194/227‑1 (MQ=255) tCCCCTGAAAATAACCACC‑TTTTTCAATGAATGACAAAGACATCCCGTTTTGAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCAGTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGAATGTAATTCTCGCTGATATAGTTTTTATCCAGCAATGATACCATCGAGAAATCGATAGCTTCCTGCCAATCTTTTGCTGa < 2:555893/229‑1 (MQ=255) tCCCCGGAAAATAACCACC‑TTGTTCAAGTAATGTCAAAGCCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGAATGTAATTCTCGTTGATATAGTTTTTATCCAGCAATGATACCATCGAGAAATCGATAGCTTCCTGCCAATCTTTTGCTGa < 1:660831/229‑1 (MQ=255) tCCCCGGAAAAAAAACCCC‑TTGGTCAAGGAATGTCAAAAGCATCCCGGTGTTAAGCGCCCCAAATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGTTGGGAGAATATAATAAGGACCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGAATGTAATTCTCGCTGATATAGTTTTTATCCAGCAATGATACCATCGAGAAATCGATAGCTTCCTGCCAATCTTTTGCTGa < 2:398001/229‑1 (MQ=255) aaTAACTACC‑TTGTTCAAGTACTGTCAAACGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCAGTCGCGCATGAGGTATTGCCACGTCTGGTGCGAGAATATAATAAGTGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGAATGTAATTCTCGCTGATATAGTTTTTATCCAGCAATTATACCATCGAGAAATCGATAGCTTCCTGCCAATCTTTTGCTGAATGTATAAc < 1:359980/229‑1 (MQ=255) | GCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAG‑TAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACC‑TTGTTCAAGTAATGTCAAAGACATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGAATGTAATTCTCGCTGATATAGTTTTTATCCAGCAATGATACCATCGAGAAATCGATAGCTTCCTGCCAATCTTTTGCTGAATGTATAAC > NC_000913/3078843‑3079291 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |