Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,596,480 | A→G | 23.9% | E164G (GAG→GGG) | lgoD → | L‑galactonate oxidoreductase; L‑gulonate oxidoreductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,596,480 | 0 | A | G | 23.9% | 67.9 / 5.7 | 43 | E164G (GAG→GGG) | lgoD | L‑galactonate oxidoreductase; L‑gulonate oxidoreductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (5/26); new base G (6/5); total (12/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.09e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ATGTTGCCTGTCAGCAATGCCCGGCGT‑GTAAAAGCGGGCGTACCAATTGCTGTGAAAAAATTTCAGTCATTGGCGTGCATCAGGATGGCGGTTTTAGTGAGTATTTGAGCGTGCCGGTGGCGAACATTTTGCCCGCAGACGGTATTGACCCGCAGGCGGCAGCATTGATTGAACCTTTCGCTATTAGCGCTCATGCGGTGCGTCGCGCAGCCATTGCTCCCGGCGAGCAGGTGCTGGTGGTCGGG‑GCGGGGCCAATCGGTCTGGGCGCGGCGGCAATCGCTAAAGCCGATGGCGCACAGGTGGTGGTGGCGGATACCAGTCCGGCGCGCCGTGAACATGTGGCAACGCGTCTGGAATTACCTTTACTGGACCCGTCAGCCGAAGATTTTGACGCGCAGCTACGGGCGCAGTTTGGTGGTTCGCTGGCGCAGAAAGTGATCGACGCGA > NC_000913/4596255‑4596701 | aTGTTGCCTGTCAGCAATGCCCGGCGT‑GTAAAAGCGGGCGTACCAATTGCTGTTAAAAAATTTCAGTCATTGGCGTGCATCAGGATGGCGGTTTTAGTGAGTATTTGAGCGTGCCGGTGGCGAACATTTTGCCCGCAGACGGTATTGACCCGCAGGCGGCAGCATTGATTGAACCTTTCGCTATTAGCGCTCATGCGGTGCGTCGCGCAGCCATTGCTCCCGGCGAGc < 1:184314/228‑1 (MQ=255) tgtGCCTGACAGCAATGCCCGGCGT‑GTAAAAGCGGGCGTACCAATTGCTGTGAAAAAATTTCAGTCATTGGCGTGCATCAGGATGGCGGTTTTAGTGAGTATTTGAGCGTGCCGGTGGCGAACATTTTGCCCGCAGACGGTATTGACCCGCAGGCGGCAGCATTGATTGAACCTTTCGCTATTAGCGCTCATGCGGTGCGTCGCGCAGCCATTGCTCCCGGCGAGCAgg < 1:184651/227‑1 (MQ=255) gCCTGTCAGCAATGCCCGGCGT‑GTAAAAGCGGGCGTACCAATTGCTGTGAAAAAATTTCAGTCATTGGCGTGCATCAGGATGGCGGTTTTAGTGAGTATTTTAGCGTGCCGGTGGCGAACATTTTGCCCTCAGACGGTATTGACACGCAGGCGGCAGCATTGATTGAACCTTTCGCTATTAGCGCGCATGCGGTGCGTCGCGCAGCCATTGCTCCCGGCCAGAAgggtc > 1:512636/1‑226 (MQ=255) ccTGTCCGCAATTGCCGGGGT‑TGAAAAGGGGGCCGTCCAATTGGTTGGAAAAAATTTCAGTTATTGGGGTGCATCAGGATGGCGGTTTTAGTGAGTATTTGGGCGTGCCGGTGGCGAACATTTTGCCCGCAGACGGTATTGACCCGCAGGCGGCAGCATTGATTGAACCTTTCGCTATTAGCGCTCATGCGGTGCGTCGCGCAGCCATTGCTCCCGGCGAGCAGGTGCt < 2:526184/229‑1 (MQ=255) ccTGTCAGCAATGCCCGGCGT‑GTAAAAGCGGGCGTACCAATTGCTGTGAAAAAATTTCAGTCATTGGCGTGCATCAGGATGGCGGTTTTAGTGAGTATTTGAGCGTGCCGGTGGCGAACATTTTGCCCGCAGACGGTATTGACCCGCCGGCGGCAGCATTGGTTGAACCTTTCGCTATTAGCGCCCATCCGGTGCGTCGCGCAGCCATTGCTCCCGGCGAGCAGGTGCt > 1:221687/1‑229 (MQ=255) ccTGTCAGCAATGCCCGGCGT‑GTAAAAGCGGGCGTACCAATTGCTGTGAAAAAATTTCAGTCATTGGCGTGCATCAGGATGGCGGTTTTAGTGAGTATTTGAGCGTGCCGGTGGCGAACATTTTGCCCGCAGACGGTATTGACCCGCAGGCGGCAGCATTGATTGAACCTTTCGCTATTAGCGCTCATGCGGTGCGTCGCGCAGCCATTGCTCCCGGCGGTCAGGTGCt > 1:685658/1‑229 (MQ=255) ccTGTCAGCAATGCCCGGCGT‑GTAAAAGCGGGCGTACCAATTGCTGTGAAAAAATTTCAGTCATTGGCGTGCATCAGGATGGCGGTTTTAGTGAGTATTTGAGCGGGCCGGTGGCGAACATTTTGCCCGCAGACGGAATTGACCCGCAGGCGGCAGCATTGATTGAACCTTTCGCTATTAGCGCTCATGCGGGCCGTGCGGCAGCCATTGCTCCCGCCGGGCAGGGGCt > 1:378065/1‑229 (MQ=255) ccTGTCAGCAATGCCCGGCGT‑GTAAAAGCGGGCGTACCAATTGCTGTGAAAAAATTTCAGTCATTGGCGTGCATCAGGATGGCGGTTTTAGAGAGTATTTGAGCGTGCCGGTGGCGAACATTTTGCCCGCAGACGGTATTGACCCGCAGGCGGCAGCATTGATTGAACCTTTCGCTATTAGCGCCCATTCGGTGCGGCGCGCAGCCATTGCTCCCGCGGTGCCGGTGCt > 1:339335/1‑229 (MQ=255) 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2:463260/226‑1 (MQ=255) aGCAATGCCCGGTGT‑TTAAAAGCGGGAGTACCAATTGCTGGGAAAAAATTTCAGTCATTGGGGTGCATCAGGATGGCGGTTTTAGTGAGTATTTGAGCGTGCCGGTGGCGAACATTTTGCCCGCAGACGGTATTGACCCGCAGGCGGCAGCATTGATTGAACCTTTCGCTATTAGCGCTCATGCGGTGCGTCGCGCAGCCATTGCTCCCGGCGAGCAGGTGCTggtggt < 2:309373/229‑1 (MQ=255) aagaTGGCCGGGGTGGTAAAAGGGGGCGTTCCAATTGCTGTGAAAAAATTTCAGTCATGGGCGTGCCTCAGGATGGCGGTTTTAGTGAGTTTTTGAGCGTGCCGGTGGCGAACATTTTGCCCGCAGACGGTATTGACCCGCAGGCGGCAGCATTGATTGAACCTTTCGCTATTAGCGCTCATGCGGTGCGTCGCGCAGCCATTGCTCCCGGCGAGCAGGTGCTggtggt < 2:367686/226‑1 (MQ=255) tGCCCGGCGT‑GTAAAAGCGGGCGTACCAATTGCTGTGAAAAAATTTCAGTCATTGGCGTGCATCAGGATGGCGGTTTTAGTGAGTATTTGAGCGTGCCGGTGGCGAACATTTTGCCCGCAGACGGTATTGACCCGCAGGCGGCAGCATTGATTGAACCTTTCGCTATTAACGCTCATGCGGTGCGGCGCGCGGCCATTGCTCCCGGCGGGCCGGTGCTGGTGGTcggg‑g > 1:217179/1‑229 (MQ=255) 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1:78787/228‑1 (MQ=255) ttgaGTGATGGGCGTGAAGTAGGATGGCGTTTTTAGGGGGTATTTGCGCGTGCCGGTGGCGAACATTTTGCCCGCAGCCGGTATTGACCCGCAGGCGGCAGCATTGATTGAACCTTTCGCTATTAGCGCTCATGCGGTGCGTCGCGCAGCCATTGCTCCCGGCGAGCAGGTGCTGGTGGTCGGG‑GCGGGGCCAATCGGTCTGGGCGCGGCGGCAATCGCTAAAGCCGa < 2:338659/225‑1 (MQ=255) ttCAGTCCTGGGCGTGGATCAGGATGGCGGTTTTAGTGAGTATTTGAGCGTGCCGGTGGCGAACATTTTGCCCGCAGACGGTATTGACCCGCAGGCGGCAGCATTGATTGAACCTTTCGCTATTAGCGCTCATGCGGTGCGTCGCGCGGCCATTGCTCCCGGCGAGCAGGTGCTGGTGGTCGGG‑GCGGGGCCAATCGGTCTGGGCGCGGCGGCAATCGCTAAAGCCGa < 1:99515/228‑1 (MQ=255) aGGGTGGGGGTTTTAGGTAGTTTTTGGGCGGGCCGGGGGCGAACATTTTGCCCGGCGGCGGTATTGCCCCGGAGGCGGCCGCATTGATTGAACCTTTCGCTATTAGCGCTCATGCGGTGCGTCGCGCAGCCATTGCTCCCGGCGAGCAGGTGCTGGTGGTCGGG‑GCGGGGCCAATCGGTCTGGGCGCGGCGGCAATCGCTAAAGCCGATGGCGCACAGGTGGTGGTGGc < 2:221687/229‑1 (MQ=255) 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1:41056/228‑1 (MQ=255) aTTAGTGCTAATGCGGTGCGCAGCGAGGCCAGTGCGCCCGGCGAGCAGGTGCTGGTGGTAGGG‑GCGGGGCCAATCGGTCTGGGCGCGGCGGCAATCGCTAAAGCCGATGGCGCACAGGTGGTGGTGGCGGATACCAGTCCGGCGCGCCGTGAACATGTGGCAACGCGTCTGGAATTACCTTTACTGGACCCGTCAGCCGAAGATTTTGACGCGCAGCTACGGGCGCAg < 1:563951/228‑1 (MQ=255) gggTGCGTCGGGCAGCCATTGCTCCCGGGGGGCAGGTGCTGGTGGTCGGG‑GCGGGGCCAATCGGTCTGGGCGCGGCGGCAATCGCTAAAGCCGATGGCGCACAGGTGGTGGTGGCGGATACCAGTCTGGCGCGCCGTGAACATGTGGCAACGCGTCTGGAATTACCTTTACTGGACCCGTCAGCCGAAGATTTTGACGCGCAGCTACGGGCGCAGTTTGGTGGTTCGCt < 1:123077/228‑1 (MQ=255) tGCGTCGGGGCGCCATTGCCCCCGGCGAGGAGGTGCTGGTGGTCGGG‑GCGGGGCCAATCGGTCTGGGCGCGGCGGCAATCGCTAAAGCCGATGGCGCACAGGTGGTGGTGGCGGGTACCAGTCCGGCGCGCCGTGAACATGTGGCAACGCGTCTGGAATTACCTTTACTGGACCCGTCAGCCGAAGATTTTGACGCGCAGCTACGGGCGCAGTTTGGTGGTTCGCTgg < 1:204624/228‑1 (MQ=255) gcccccGGCGAGCAGGCTCTGGTGGTCGGG‑GCGGGGCCAATCGGTCTGGGCGCGGCGGCAATCGCTAAAGCCGATGGCGCACAGGTGGTGGTGGCGGATACCAGTCCGGCGCGCCGTGAACATGTGGCAACGCGTCTGGAATTACCTTTACTg < 1:621343/150‑1 (MQ=255) 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ATGTTGCCTGTCAGCAATGCCCGGCGT‑GTAAAAGCGGGCGTACCAATTGCTGTGAAAAAATTTCAGTCATTGGCGTGCATCAGGATGGCGGTTTTAGTGAGTATTTGAGCGTGCCGGTGGCGAACATTTTGCCCGCAGACGGTATTGACCCGCAGGCGGCAGCATTGATTGAACCTTTCGCTATTAGCGCTCATGCGGTGCGTCGCGCAGCCATTGCTCCCGGCGAGCAGGTGCTGGTGGTCGGG‑GCGGGGCCAATCGGTCTGGGCGCGGCGGCAATCGCTAAAGCCGATGGCGCACAGGTGGTGGTGGCGGATACCAGTCCGGCGCGCCGTGAACATGTGGCAACGCGTCTGGAATTACCTTTACTGGACCCGTCAGCCGAAGATTTTGACGCGCAGCTACGGGCGCAGTTTGGTGGTTCGCTGGCGCAGAAAGTGATCGACGCGA > NC_000913/4596255‑4596701 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |