New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 2852106 = | 85 (0.900) | 3 (0.030) | 3/494 | NT | 3.7% | coding (243/273 nt) | hypC | hydrogenase maturation protein |
? | NC_000913 | 2852166 = | 72 (0.790) | coding (31/1122 nt) | hypD | hydrogenase maturation protein | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
GAAGGGATGGACCAGTGGCTGAACTGGCTGGAGACACAGCGATGTGCATAGGCGTTCCCGGCCAGATCCGCACCATTGACGGCAACCAGGCGAAAGTCGACGTCTGCGGCATTCAGCGCGATGTCGATTTAACGTTAGTCGGCAGCTGCGATGAAAACGGTCAGCCGCGCGTGGGCCAGTGGGTACTGGTACACGTTGGCTTTGCCATGAGCGTAATTAATGAAGCCGAAGCACGCGACACTCTCGACGCCTTACAAAACATGTTTGACGTTGAGCCGGATGTCGGCGCGCTGTTGTATGGCGAGGAAAAATAATGCGTTTTGTTGATGAATATCGCGCGCCGGAACAGGTGATGCAGTTAATTGAGCATCTGCGCGAACGTGCTTCACATCTCTCTTACACCGCCGAACGCCCTCTGCGGATTATGGAAGTGTGTGGCGGTCATACCCACGCTATCTTTAAATTCGGCCTCGACCAGTTACTGCCGGAAAACGTTGAGTTTATCCACGGTCCGGGGTGCCCGGTGTGCGTACTGCCGATGGGTAGAATCGACACCTGCGTGG > NC_000913/2851823‑2852385 | gAAGGGATGGACCAGTGGCTGAACTGGCTGGAGACACAGCGATGTGCATAGGCGTTCCCGGCCAGATCCGCACCATTGACGGCAACCAGGCGAAAGTCGACGTCTGCGGCATTCAGCGCGATGTCGATTTAACGTTAGTCGGCAGCTGCGATGAAAACGGTCAGCCGCGCGTGGGCCAGTGGGTACTGGTACACGTTGGCTTTGCCATGAGCGTAATTAATGAAGCCGAAGCACGCGACACTCTCGACGCCTTACAAAACATGTTTGACGTTGAGCCGGATGTCGgcg < 2:206583/288‑1 (MQ=255) tgagagacggccAGTGGCTGAACTGGCTGGAGCAACAGCGATTGGCATAGGCGTTCCCGGCCAGATCCGAACCATTGACGGCAACCAGGCGAAGGTCGACGTCTGCGGCATTCAGCGCGATGTCGATTTAACGTTAGTCGGCAGCTGCGATGAAAACGGTCAGCCGCGCGTGGGCCAGTGGGTACTGGTACACGTTGGCTTTGCCATGAGCGTAATTAATGAAGCCGAAGCACGCGACACTCTCGACGCCTTACAAAACATGTTTGACGTTGAGCCGGATGTCGgcgcg < 2:315383/279‑1 (MQ=255) ccccggcacgcgcatggcgtcgccaaaggtacagaagatgacttccggatggctggcaatctccacgcaggtgtcgattctacccatcggcagtacgcacaccgggcaccccggaccgtggataaactcaacgttttccggcagtaactggtcgaggccgaatttaaagatagcgtgggtatgaccgccacacacttccataatccgcagagggcgttcggcggtgtaagagagatgtgaagcacgttcgcgcagatgctcaattaactgcatcacctgttcCGgggcg > 2:242842‑M1/283‑289 (MQ=255) aGGGATGGACCAGTGGCTGAACTGGCTGGGAACACAGCGATGTGCGTGGGCGTGACCGGCCAGATCCGCACCATTGACGGCAACCAGGCGAAAGTCGACGTCTGCGGCATTCAGCGCGATGTCGATTTAAGGTTAGTCGGCAGCTGCGATGAAAACGGTCAGCCGCGCGTGGGCCAGTGGGTACTGGTACACGTTGGCTTTGCCATGAGCGTAATTAATGAAGCCGAAGCACGCGACACTCTCGACGCCTTACAAAACATGTTTGACGTTGAGCCGGATGTCGgcgcg < 2:527958/288‑1 (MQ=255) aGGGATGGACCAGTGGCTGAACTGGCTGGAGACACAGCGATGTGCATAGGCGTTCCCGGCCAGATCCGCACCATTGACGGCAACCAGGCGAAAGTCGACGTCTGCGGCATTCAGCGCGATGTCGATTTAACGTTAGTCGGCAGCTGCGATGAAAACGGTCAGCCGCGCGTGGGCCAGTGGGTACTGGTACACGTTGGCTTTGCCATGAGCGTAATTAATGAAGCCGAAGCACGCGACACTCTCGACGCCTTACAAAACATGTTTGACGTTGAGCCGGATGTCGgcgcg < 1:770439/288‑1 (MQ=255) tGGACCAGTGGCTGAACTGGCTGGAGACACAGCGATGTGCATAGGCGTTCCCGGCCAGATCCGCACCATTGACGGCAACCAGGCGAAAGTCGACGTCTGCGGCATTCAGCGCGATGTCGATTTAACGTTAGTCGGCAGCTGCGATGAAAACGGTCAGCCGCGCGTGGGCCAGTGGGTACTGGTACACGTTGGCTTTGCCATGAGCGTAATTAATGAAGCCGAAGCACGCGACACTCTCGACGCCTTACAACCCATGTTTGACGTTGAGCCGGATGTCGgcgcgcctttg > 2:842733/1‑284 (MQ=255) gTGGCTGAACTGGCTGGAGACACAGCGATGTGCATAGGCGTTCCCGGCCAGATCCGCACCATTGACGGCAACCAGGCGAAAGTCGACGTCTGCGGCATTCAGCGCGATGTCGATTTAACGTTAGTCGGCAGCTGCGATGAAAACGGTCAGCCGCGCGTGGGCCAGTGGGTACTGGTACACGTTGGCTTTGCCATGAGCGTAATTAATGAAGCCGAAGCACGCGACACTCTCGACGCCTTACAAAACATGTTTGACGTTGAGCCGGATGTCGGCGCGCTGTTGTATGGCg > 1:799022/1‑289 (MQ=255) aCTGGCTGGAGACACAGCGATGTGCATAGGCGTTCCCGGCCAGATCCGCACCATTGACGGCAACCAGGCGAAAGTCGACGTCTGCGGCATTCAGCGCGATGTCGATTTAACGTTAGTCGGCAGCTGCGATGAAAACGGTCAGCCGCGCGTGGGCCAGTGGGTACTGGTACACGTTGGCTTTGCCATGAGCGTAATTAATGAAGCCGAAGCACGCGACACTCTCGACGCCTTACAAAACATGTTTGACGTTGAGCCGGATGTCGGCGCGCTGTTGTATg > 1:315383/1‑278 (MQ=255) ggctggAGACACAGCGATGTGCATAGGCGTTCCCGGCCAGATCCGCACCATTGACGGCAACCAGGCGAAAGTCGACGTCTGCGGCATTCAGCGCGATGTCGATTTAACGTTAGTCGGCAGCTGCGATGAAAACGGTCAGCCGCGCGTGGGCCAGTGGGTACTGGTACACGTTGGCTTTGCCATGAGCGTAATTAATGAAGCCGAAGCACGCGACACTCTCGACGCCTTACAAAACATGTTTGACGTTGAGCCGGATGTCGGCGCGCTGTTGTATGGCGAGGAAAaataa > 2:112420/1‑289 (MQ=255) agaCACAGCGATGTGCATAGGCGTTCCCGGCCAGATCCGCACCATTGACGGCAACCAGGCGAAAGTCGACGTCTGCGGCATTCAGCGCGATGTCGATTTAACGTTAGTCGGCAGCTGCGATGAAAACGGTCAGCCGCGCGTGGGCCAGTGGGTACTGGTACACGTTGGCTTTGCCATGAGCGTAATTAATGAAGCCGAAGCACGCGACACTCTCGACGCCTTACAAAACATGTTTGACGTTGAGCCGGATGTCGGCGCGCTGTTGTATGGCGAGGAAAAATAATGCGtt > 1:27447/1‑289 (MQ=255) 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tCCGCACCATTGACGGCAACCAGGCGAAAGTCGACGTCTGCGGCATTCAGCGCGATGTCGATTTAACGTTAGTCGGCAGCTGCGATGAAAACGGTCAGCCGCGCGTGGGCCAGTGGGTACTGGTACACGTTGGCTTTGCCATGAGCGTAATTAATGAAGCCGAAGCACGCGACACTCTCGACGCCTTACAAAACATGTTTGACGTTGAGCCGGATGTCGGCGCGCTGTTGTATGGCGAGGAAAAATAATGCGTTTTGTTGATGAATATCGCGCGCCGGAACAGGTGAt < 2:595384/288‑1 (MQ=255) gccGCAACATGGCAGGCAACCGGGCGAAGGTCGACGGCTGCGGCATTAAGGGCAATGTCGATTTAACGTTAGTCGGCAGCTGCGATGAAAACGGTCAGCCGCGCGTGGGCCAGTGGGTACTGGTACACGTTGGCTTTGCCATGAGCGTAATTAATGAAGCCGAAGCACGCGACACTCTCGACGCCTTACAAAACATGTTTGACGTTGAGCCGGATGTCGGCGCGCTGTTGTATGGCGAGGAAAAATAATGCGTTTTGTTGATGAATATCGCGCGCCGGAACAGGTGAt < 2:333255/287‑1 (MQ=255) aCCATTGCCGGCGCCCAGGCGAAGGCCGACGCCGGCGGCATTCAGCGCGATGTCGATTTAACGTTAGTCGGCAGCTGCGATGAAACCGGTCAGCCGCGCGTGGGCCAGTGGGTACGGGTACACGTTGGCTTTGCCATGAGCGTAATTAATGAAGCCGAAGCACGGGACACTCTCGACGCCTTACAAAACATGTTTGACGTTGAGCCGGATGTCGGCGCGCTGTTGTATGGCGAGGAAAAATAATGCGTTTTGTTGATGAATATCGCGCGCCGGAACAGGTGATGCAGtt < 2:845824/289‑1 (MQ=255) 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tttGACGTTGAGCCGGATGTCGGCGCGCTGTTGTATGGCGAGGAAAAATAATGCGTTTTGTTGATGAATATCGCGCGCCGGAACAGGTGATGCAGTTAATTGAGCATCTGCGCGAACGTGCTTCACATCTCTCTTACACCGTCGAACGCCCTCTGCGGATTATGGAAGTGTGTGGCGGTCATCCCCACGCTATCTTTAAATTCGGCCTCGACCAGTTACTGCCGGAAAACGTTTGGTTTATCCCCGGTCCGGGGTTCCCGCTTTGCGTCCTTCCGGTGGGTCGAATca > 2:359499/1‑287 (MQ=255) ttGACGTTGAGCCGGATGTCGGCGCGCTGTTGTATGGCGAGGAAAAATAATGCGTTTTGTTGATGAATATCGCGCGCCGGAACAGGTGATGCAGTTAATTGAGCATCTGCGCGAACGTGCTTCACATCTCTCTTACACCGCCGAACGCCCTCTGCGGATTATGGAAGtgtgtg > 2:417128/1‑173 (MQ=255) ttGACGTTGAGCCGGATGTCGGCGCGCTGTTGTATGGCGAGGAAAAATAATGCGTTTTGTTGATGAATATCGCGCGCCGGAACAGGTGATGCAGTTAATTGAGCATCTGCGCGAACGTGCTTCACATCTCTCTTACACCGCCGAACGCCCTCTGCGGATTATGGAAGtgtgtg < 1:417128/173‑1 (MQ=255) ttGACGTTGAGCCGGATGTCGGCGCGCTGTTGTATGGCGAGGAAAAATAATGCGTTTTGTTGATGAATATCGCGCGCCGGAACAGGTGATGCAGTTAATTGAGCATCTGCGCGAACGTGCTTCACATCTCTCTTACACCGCCGAACGCCCTCTGCGGATTATGGAAGTGTGTGGCGGTCATACCCACGCTATCTTTAAATTCGGCCTCGACCAGTTACTGCCGGAAAACGTTGAGTTTATCCACGGTCCGGGGTGCCCGGTGTGCGTACTGCCGATGGGTAGAATCGac > 1:109417/1‑289 (MQ=255) tGACGTTGAGCCGGATGTCGGCGCGCTGTTGTATGGCGAGGAAAACTAATGCGTTTTGTTGATGAATATCGCGCGCCGGAACAGGTGATGCAGTTAATTGAGCATCTGCGCGAACGTGCTTCACATCTCTCTTACACCGCCGAACGCCCTCTGCGGATTATGGAAGTGTGTGGCTGTCATACCCACGCTATCTTTAACTTCGGCCTCGACCAGTTACTGCCGGAAAACGTTGAGTTTATCCACGGTCCGGGGTGCCCGGTGTGCGTCCTGCCGATGGGTAGAATCgca > 2:230841/1‑286 (MQ=255) tgcatcacctgttcCGGCGCGCTGTTGTATGGCGAGGAAAAATAATGCGTTTTGTTGATGAATATCGCGCGCCGGAACAGGTGATGCAGTTAATTGAGCATCTGCGAGAACGTGCTTCACATCTCCCTTACACCCCCGAACGCCCTCTGCGGCTTATGGAAGTGTGTGGCGGTCATACCCACGCGATCTTTAAATTCGGCCTCGAACAGTTACTGCCGGAACACGTTTAGTTTATCCACGGTCCGGGGTTCCCGGTGTGCGTACTGTCGCTGGGTAGAAACGCCACCt < 2:476495‑M1/274‑1 (MQ=255) 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GAAGGGATGGACCAGTGGCTGAACTGGCTGGAGACACAGCGATGTGCATAGGCGTTCCCGGCCAGATCCGCACCATTGACGGCAACCAGGCGAAAGTCGACGTCTGCGGCATTCAGCGCGATGTCGATTTAACGTTAGTCGGCAGCTGCGATGAAAACGGTCAGCCGCGCGTGGGCCAGTGGGTACTGGTACACGTTGGCTTTGCCATGAGCGTAATTAATGAAGCCGAAGCACGCGACACTCTCGACGCCTTACAAAACATGTTTGACGTTGAGCCGGATGTCGGCGCGCTGTTGTATGGCGAGGAAAAATAATGCGTTTTGTTGATGAATATCGCGCGCCGGAACAGGTGATGCAGTTAATTGAGCATCTGCGCGAACGTGCTTCACATCTCTCTTACACCGCCGAACGCCCTCTGCGGATTATGGAAGTGTGTGGCGGTCATACCCACGCTATCTTTAAATTCGGCCTCGACCAGTTACTGCCGGAAAACGTTGAGTTTATCCACGGTCCGGGGTGCCCGGTGTGCGTACTGCCGATGGGTAGAATCGACACCTGCGTGG > NC_000913/2851823‑2852385 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |