New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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? | NC_000913 | 3947812 = | 153 (1.640) | coding (156/840 nt) | hdfR | flhDC operon transcriptional repressor | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
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gaTCAAGCTGGCGTTCATGCAGCTGTTTTACCAGAGACTGCCGTTGGGCAATTCGCGCTTCGAACTGTAAGCCTGTATGGGCATCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTTCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGCGGGGGaa > 2:836482/1‑289 (MQ=255) aTCAAGCTGGCGTTCATGCAGCTGTTTTACCAGAGACTGCCGTTGGGCAATTCGCGCTTCGAACTGTAAGCCTGTATGGGCATCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGCGGGTGaaa > 1:726250/1‑289 (MQ=255) tGGCGTTCATGCAGCTGTTTTACCAGAGACTGCCGTTGGGCAATTCGCGCTTCGAACTGTAAGCCTGTATGGGCATCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGCGGGTGAAAAGGTTc > 1:59130/1‑288 (MQ=255) ttCATGCAGCTGTTTTACCAGAGACTGCCGTTGGGCAATTCGCGCTTCGAACTGTAAGCATGTATGGGCATCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTACCACAACGCGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCCGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGAAATTGTTTTTGTGGCGGGTGATAAGGTTCACAc‑ca > 2:743613/1‑288 (MQ=255) agagACTGCCGTTGGGCAATTCGCGCTTCGAACTGTAAGCCTGTATGGGCATCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTTACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGCGGGTGGAAAGGGTC‑CACACCAGTTGATTTTCCAGTTGtt > 1:325652/1‑288 (MQ=255) gaCTGCCGTTGGGCAATTCGCGCTTCGAAGTGTAAGCCTGTATGGGCAGCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTACCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAAATCGTTATGGCGTGCTGCATGCGCCACTTCCTTACGAGCCGCCAGCCAGGTGCCCTTGACCTTTACTGCATACGCAATTACGTTTTCACCGGCACCGGTTCACCGGCTATTTTTTCGTTGGCGGGTGAAAGGCTTCCAAC‑CAAGTTGATTTTCCCGTTTTcagt > 2:535017/1‑286 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |