| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 2,024,155 | IS5 (–) +4 bp | 7.4% | coding (188‑191/624 nt) | rcsA → | transcriptional regulator of colanic acid capsular biosynthesis |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1397238 | NA (NA) | 4 (0.030) | 4/504 | NT | 4.3% | noncoding (1195/1195 nt) | IS5 | repeat region |
| ? | NC_000913 | = 2024158 | 87 (0.760) | coding (191/624 nt) | rcsA | transcriptional regulator of colanic acid capsular biosynthesis | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| * | ? | NC_000913 | 2024155 = | 87 (0.760) | 10 (0.090) | 10/504 | NT | 10.2% | coding (188/624 nt) | rcsA | transcriptional regulator of colanic acid capsular biosynthesis |
| ? | NC_000913 | = 2102943 | NA (NA) | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region | |||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
GCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTT‑AAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAGCGCCCTTCAGTGGTGTTTATTAATGAGGACTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAGAAAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCTCGTTTTTAAATATGCCGACGTTATCATTGAGCCGAACCGAATCGAGTATGTTGCGAATGTGGATGGCAGGTCAGGGAACCATTCAAATCT > NC_000913/2023878‑2024442 | gtaccaatgctgcatgcagtgaatgcgtagcatggtttccagcggataaggtcgccggccattacccgccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgccgaattaactgtcggcgaaggtaagttgatgagtcatgatgaaccctgttctatggccccagatgacaaacattaactcttatcagggacgtgttcgcaacttccctactgatgta < 2:612247‑M1/11‑9 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |