| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 399,746 | T→C | 6.0% | F52L (TTC→CTC) | yaiZ → | DUF2754 family putative inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 399,746 | 0 | T | C | 6.0% | 215.9 / 2.6 | 66 | F52L (TTC→CTC) | yaiZ | DUF2754 family putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (27/35); new base C (2/2); total (29/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.55e-01 | |||||||||||
TTCGTTGTGAGTCACAAAATGGCAACCTTAAGTTAAATTTATTAACAATTACGAAAATGTTGTCTACACCACAGACGGTTGTTGCAGAATATGCAAGGATGTTGTTTTTCGTTAACGGAGCTGCCATGAATCTGCCTGTAAAAATCCGCCGTGACTGGCACTACTATGCGTTCGCCATTGGCCTTATATTCATTCTTAATGGCGTGGTGGGGTTACTGGGATTTGAAGCAAAAGGTTGGCAGACCTATGCCGTCGGTCTGGTGACGTGGGTGATTAGTTTCTGGCTGGCGGGGTTGATTATTCGTCGTCGCGATGAAGAAACTGAAAACGCCCAATAAGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACATTGTGGTTTTCAATGCGTTATCCGCAGCGTGACGCTCCAGCGCCAGTTCAATCAAACGTGTGATCAGATCGGTGTAACCCAGACCGCTGGCTTGCCACAGCTTCGGATACATACTGATATTAGTGAAGCCAGGCAGGGTGTTGATCTCGTTGATCACCACTTCGTTCTCTGGGGTTAAAAACACGTCTACA > NC_000913/399468‑400024 | ttCGTTGTGAGTCACAAAATGGCAACCTTAAGTTAAATTTATTAACAATTACGAAAATGTTGTCTACACCACAGACGGTTGTTGCAGAATATGCAAGGATGTTGTTTTTCGTTAACGGAGCTGCCATGAATCTGCCTGTAAAAATCCGCCGTGACTGGCACTACTATGCGTTCGCCATTGGCCTTATATTCATTCTTAATGGCGTGGTGGGGTTACTGGGATTTGAAGCAAAAGGTTGGCAGACCTATGCCGTCGGTCTGGTGACGTGGGTGATTAGTTTCtggctggc < 2:375728/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |