New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 1646853 = | 67 (0.490) | 3 (0.020) | 3/498 | NT | 2.9% | intergenic (+116/+321) | flxA/intK | Qin prophage; uncharacterized protein/pseudogene, integrase fragment, Qin prophage;Phage or Prophage Related |
? | NC_000913 | 1649105 = | 138 (1.040) | intergenic (+64/‑277) | ydfC/dicF | uncharacterized protein, Qin prophage/sRNA antisense regulator, inhibits ftsZ, Hfq‑dependent; Qin prophage | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
AGAAATGGCTGCATTGGTACAGAAGCAAATTGAAAGCCTCTGGGCTCAACTGGAGCAGTTGTTAAGGCAGCAGGCAGAGAAAAAGAATGAAGACGCGACAGTTCAGCCTGATAAAAAAGAAGAGAAAAAAGACGATACAAATACCGCTGGCACCATTGATATTTACGTCTAAGTGACAGCCGTATTGTGGCCCTCATCGGGCCACTTTTCGCCATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGA‑GTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTCATTACGCGCACCGCCCAGACTGACTCAGCGCGTTTCTGGCATATCCCCGGTAAAACAAGTAACAAACCACCCGAAAATGAACACCAGAAACGCGACTTAAGAATCTACCCTATG > NC_000913/1646566‑1647139 | aGAAATGGCTGCATTGGTACAGAAGCAAATTGAAAGCCTCTGGGCTCAACTGGAGCAGTTGTTAAGGCAGCAGGCAGAGAAAAAGAATGAAGACGCGACAGTTCAGCCTGATAAAAAAGAAGAGAAAAAAGACGATACAAATACCGCTGGCACCATTGATATTTACGTCTAAGTGACAGCCGTATTGTGGCCCTCATCGGGCCACTTTTCGCCATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGAc < 2:939627/289‑1 (MQ=255) aaaTGGCTGCATTGGTACAGAAGCAAATTGAAAGCCTCTGGGCTCAACTGGAGCAGTTGTTAAGGCAGCAGGCAGAGAAAAAGAATGAAGACGCGACAGTTCAGCCTGATAAAAAAGAAGAGAAAAAAGACGATACAAATACCGCTGGCACCATTGATATTTACGTCTAAGTGACAGCCGTATTGTGGCCCTCATCGGGCCACTTTTCGCCATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGc > 2:741980/1‑289 (MQ=255) aaTGGCTGCATTGGTACAGAAGCAAATTGAAAGCCTCTGGGCTCAACTGGAGCAGTTGTTAAGGCAGCAGGCAGAGAAAAAGAATGAAGACGCGACAGTTCAGCCTGATAAAAAAGAAGAGAAAAAAGACGATACAAATACCGCTGGCACCATTGATATTTACGTCTAAGTGACAGCCGTATTGTGGCCCTCATCGGGCCACTTTTCGCCATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCa < 2:654269/289‑1 (MQ=255) aaTGGCTGCATTGGTACAGAAGCAAATTGAAAGCCTCTGGGATCAACTCGAGCAGTTGTTAAGGCAGCAGGAAGAGAAAAAGAATGAAGACGCGACAGTTCAGCCTGATAAAAAAGAAGAGAAAAAAGACGATACAAATACCGCTTGCACCATTGATATTTACGTCTAAGTGACAGCCGTATTGTGGCCCTCATCGGGCCACTTTTCGCCATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACg < 2:303371/287‑1 (MQ=255) 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agcagGCAGAGAAAAAGAATGAAGACGCGACAGTTCAGCCTGATAAAAAAGAAGAGAAAAAAGACGATACAAATACCGCTGGCACCATTGATATTTACGTCTAAGTGACAGCCGTATTGTGGCCCTCATCGGGCCACTTTTCGCCATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGA‑GTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGc > 2:738011/1‑289 (MQ=255) gagaAAAAGAATGAAGACGCGACAGTTCAGCCTGATAAAAAAGAAGAGAAAAAAGACGATACAAATACCGCTGGCACCATTGATATTTACGTCTAAGTGACAGCCGTATTGTGGCCCTCATCGGGCCACTTTTCGCCATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGA‑GTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTAttt > 2:672987/1‑289 (MQ=255) gaAAAAGAATGAAGACGCGACAGTTCAGCCTGATAAAAAAGAAGAGAAAAAAGACGATACAAATACCGCTGGCACCATTGATATTTACGTCTAAGTGACAGCCGTATTGTGGCCCTCATCGGGCCACTTTTCGCCATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGA‑GTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTAtt < 1:561164/286‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |