New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 4319451 = | 144 (1.140) | 3 (0.020) | 3/490 | NT | 2.9% | coding (156/846 nt) | phnJ | carbon‑phosphorus lyase, SAM‑dependent |
? | NC_000913 | 4320122 = | 66 (0.550) | coding (542/1065 nt) | phnI | ribophosphonate triphosphate synthase complex putative catalytic subunit | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 156 total aligned reads displayed.
CCAGCGCGTGCATGGTGCGGGTTTCCGTTTCGCGCGGCTCGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCACGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACGGCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAAACGGCACCTGATAACCGGGGATCGCCACCGCTTTTAAGATGGCGCGGCGGATCATGCGTTTGGTCTGCTCGTCGAGGTAGGCAAAGTTGTAGCCGCTCAGATTAGCCATGGTTCTGCTCCTGTTGCAGACGTTTGAGTAGCTCCAGTTCGGCCTGGAAATCGACGTAGTGGGGGAGTTTGAGGTGTGAGACAAAGCCTGCGGCTTCGACGTTGTCGGCATGTGCCAGCACGAAC > NC_000913/4319165‑4319731 | ccAGCGCGTGCATGGTGCGGGTTTCCGTTTCGCGCGGCTCGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCACGTCGCTTTCGCCAATCAAGGTGGCGGTAAGCTGAATgc > 1:1143321/1‑288 (MQ=255) aagctggcggtaagcgagccgctcgacaccaccgggatgcgtctcgaacgccgtatctccgccgtttataaagacattcccggcggccagctgcttggcccaacctacgactacacccatcgcctgctcgattttaccctgctggcaaacggcgaagcgccgacgctgaccaccgccgacagcgaacagcagccgtcgccgcacgttttcagcctgctggcgcgtcaggggctggcgaagtttgaagaggatagcggcgcacagccggatgacatcacccgcacgccg > 2:155768‑M1/285‑288 (MQ=255) gcgcGTGCATGGTGCGGGTTTCCGTTTCGCGCGGCTCGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATACTTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTTACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCACGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCACTCACCTTCAGCCCGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGAGGTAAGCTGACTgcct > 2:1107321/1‑286 (MQ=255) gcgcGTGCATGGTGCGGGTTTCCGTTTCGCGCGGCTCGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCACGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATgccgcc > 1:821194/1‑289 (MQ=255) agctgtcggtaagcgagccgctcgacaccaccgggatgcgtctcgaacgccgtatctccgccgtttataaagacattcccggcggccagctgcttggcccaacctacgactacacccatcgcctgctcgattttaccctgctggcaaacggcgaagcgccgacgctgaccaccgccgacagcgaacagcagccgtcgccgcacgttttcagcctgctggcgcgtcaggggctggcgaagtttgaagaggatagcggcgcacagccggatgacatcacccgcacgccgc > 1:714877‑M1/284‑288 (MQ=255) agctggcggtaagcgagccgctcgacaccaccgggatgcgtctcgaacgccgtatctccgccgtttataaagacattcccggcggccagctgcttggcccaacctacgactacacccttcgcctgctcgattttaccctgctggcaaccggcgaagcgccgacgctgaccaccgccgacagcgaacagcagccgtcgccgcacgttttcagcctgctggcgcgtcaggggctggcgaagtttgaagaggatagcggcgcacagccggatgacatcacccgcacgccgc > 1:1128980‑M1/284‑288 (MQ=255) ggggTGGATGGTGCGGGTTTCGGTTTCGCGCGGCGCGATAGAGCGCAGCGGTTCGGGGATTGGCACCTTGAAGATAAGTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTTGGGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTGCAGCACGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATgccgcc < 2:513108/285‑1 (MQ=255) cgTGCATGGTGCGGGTTTCCGTTTCGCGCGGCTCGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCCCCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGATGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCATCTTCAGCACGTCGCTTTCGCCACTCACGCTGGCGGTACGCTGACTGCCGCCgg > 2:231761/1‑288 (MQ=255) tGCATGGTGCGGGTTTCCGTTTCGCGCGGCTCGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCACGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCAGCCGGtt > 1:111234/1‑288 (MQ=255) aTGTTGGGGGTTGCCGTTGCGCGCGGAACTAGAAAGCGCGGCGGATCGGGGATTGGCACATGTAAGATTATGATTTGGTCTTGGGTCAGCGGAGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTTTGAATAACCTGCGCATGGTCGGTACGTTCCGGGGTGTTTACCCCGGTCACTCGCTGGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCACGTCGGTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTccc < 2:859024/288‑1 (MQ=255) 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cgcgcgGCTCGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCACGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTAcggcatcggca > 1:345802/1‑288 (MQ=255) cAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCACGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACGGCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAAACgg < 2:821194/288‑1 (MQ=255) cGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCACGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACGCCATCGGCATCTCTCCCCCGCCAAACGGccc > 2:931146/1‑286 (MQ=255) cGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCATGGTCAATCACCTTCAGCACGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGTCGGCTCACCAGCCGTACGGCGTCGGCATCTCACGCCCGCCAACCGGCa > 1:982190/1‑287 (MQ=255) cTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCGTCGGGCAGCGGGGTTTCGGGGATGCGGGGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGCCCGTACGTTCCGTGGTGTGTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCGGGTCAATCACCTTCAGCACGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACGGCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAAACGGCACCTg < 2:303504/288‑1 (MQ=255) ggATTTGCAGCTGGAAGATAGTTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGGTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAAGCACCTTCAGCACGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACGGCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAAACGGCACCTGATAAc < 1:999240/288‑1 (MQ=255) ggATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCACGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACGGCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAAACGGCACCTGATAAc < 1:34679/288‑1 (MQ=255) aTTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCACGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACGGCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAAACGGCACCTGATAACCgg > 2:944120/1‑289 (MQ=255) ccgtttataaagacattcccggcggccagctgcttggcccaacctacgactacacccatcgcctgctcgattttaccctgctggcaaacggcgaagcgccgacgctgaccaccgccgacagcgaacagcagccgtcgccgcacgttttcagcctgctggcgcgtcaggggctggcgaagtttgaagaggatagcggcgcacagccggatgacatcacccgcacgccg < 1:216824‑M1/4‑1 (MQ=255) ccgtttataaagacattcccggcggccagctgcttggcccaacctacgactacacccatcgcctgctcgattttaccctgctggcaaacggcgaagcgccgacgctgaccaccgccgacagcgaacagcagccgtcgccgcacgttttcagcctgctggcgcgtcaggggctggcgaagtttgaagaggatagcggcgcacagccggatgacatcacccgcacgccg > 2:216824‑M1/224‑227 (MQ=255) cACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCACGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACGGCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAAACGGCACCTGATAACCGGGGAt < 1:76805/288‑1 (MQ=255) ggAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCACGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACGGCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAAACGGCACCTGATAACCGGGGATCGCCAc < 1:788520/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |