Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,304,567 | C→T | 6.1% | intergenic (+174/+541) | eco → / ← mqo | ecotin, a serine protease inhibitor/malate dehydrogenase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,304,567 | 0 | C | T | 6.1% | 230.0 / 4.4 | 86 | intergenic (+174/+541) | eco/mqo | ecotin, a serine protease inhibitor/malate dehydrogenase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (45/34); new base T (3/2); total (48/38) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.74e-01 |
CTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGG‑TCACGCCGCA‑TCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGA > NC_000913/2304283‑2304855 | ctgcGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCGGACAAGGCGG‑CCACGCAGCA‑ACCGACACCCAAc > 1:329494/1‑288 (MQ=255) ctgcGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGCCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCTTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGTACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGG‑TCACGCCGCA‑TCCGACATCCAAc > 1:219333/1‑288 (MQ=255) cGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGG‑TCACGCCGCA‑TCCGACATCCAACGccc > 1:145387/1‑289 (MQ=255) gTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGG‑TTACGCCGCA‑TCCGACATCTAACGccca < 1:516450/289‑2 (MQ=255) 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tGTAGATGCGAAGTACCGTGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGAAAACGC‑GGTAGTTCGCTAGAGTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGGCAGACAATGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGGCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGG‑TCACGCCGCA‑TCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTa < 1:134532/289‑1 (MQ=255) aggacaggAAGTACAGGGTCACGAGGGCGGAAGGGAAAATTGTCAATAC‑GGTAGGTCGCAGAACTGCCGTGGAGTGCAGCACCCCGTAGGATAGACAAGGCGGTCACGCCGCAGCCGCAATCCGACGCCCGGGCCGGTTGCCTAATGCGACACTGGCACGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGG‑TCACGCCGCA‑TCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTaca < 2:292751/282‑1 (MQ=17) aTGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCATACCAGGCAG‑CCACGCCGCA‑TCCGACATCCAACCCCCGCGCCGGTTACCCGATGCGACGCCGGCCCGTCTTAACAGGCCCACAcc > 2:19511/1‑288 (MQ=18) 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aaGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGG‑TCACGCCGCA‑TCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCtgtg > 1:992247/1‑289 (MQ=255) aaGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGG‑TCACGCCGCA‑TCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCtgtg > 1:109736/1‑289 (MQ=255) aaGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCACCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGG‑TCACGCCGCA‑TCCGACATCCAACGCCCAATCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCATGCCTACACCGCtgtg > 1:781391/1‑289 (MQ=255) 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CTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGG‑TCACGCCGCA‑TCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGA > NC_000913/2304283‑2304855 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |