| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,004,824 | A→C | 55.3% | N321K (AAT→AAG) | ygeV ← | putative sigma‑54‑interacting transcriptional activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,004,824 | 0 | A | C | 55.3% | 89.7 / 223.1 | 165 | N321K (AAT→AAG) | ygeV | putative sigma‑54‑interacting transcriptional activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (35/39); new base C (48/43); total (83/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.82e-01 | |||||||||||
Only 100 of 165 total aligned reads displayed.
AATTCTGATTAGTTGCAGAAATGATGCGAATGTCGACTTGTATTGGGCTACTGGCACCAATCGGCAGAATTTCACGTGCCTCAATAGCGCGCAGTAATTTAGCCTGCAACATTAATGGCATATCACCTATTTCATCGAGAAACAGCGTGCCCGTATTCGCCGCCTGAATCAACCCTGTTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTATTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCGCCAACCAATTGTTCAATATGCGGTTCATCAGGTGCATTTGCTACAGAAAAACTGGTATGCGATTGGTGAAACGCCATTAAAAATAATTGTCGGCCCTGAATGTTATGCAATTGACCAATGATTAATTCACTTTTATCGTCCCATGA > NC_000913/3004538‑3005111 | ttGCAGAAATGATGCGAATGTCGACTTGTATTGGGCTACTGGCACCAATCGGCAGAATTTCACGTGCCTCAATAGCGCGCAGTAATTTAGCCTGCAACATTAATGGCATATCACCTATTTCATCGAGAAACAGCGTGCCCGTATTCGCCGCCTGAATCAACCCTTGTTTACCGTTGGCAGAAGCGCCAGTAAATGCACCTTTAACATAACCGAACAGTTCG‑‑CTCTCCAGAAGCTGCTCCGGAATCGCGGCACAGTTGATAGCAATAAAGGGTTTATTCCGTCTTCCGCt < 2:519934/289‑1 (MQ=255) 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