Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,665,957 | A→G | 5.5% | T215A (ACG→GCG) | clcB → | H(+)/Cl(‑) exchange transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,665,957 | 0 | A | G | 5.5% | 229.9 / 3.3 | 73 | T215A (ACG→GCG) | clcB | H(+)/Cl(‑) exchange transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/41); new base G (2/2); total (30/43) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.54e-01 |
CGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCTTGCTGGCAGTTTATTTATAGCCGAAGTGCTGTTTGGCACTATGATGTTGGCCTCTCTCGGCCCGGTGATTATTTCCGCCGTCGTGGCATTGCTGGTTAGCAATCTGATTAATCATAGCGACGCGTTACTCTACAACGTACAACTCTCAGTGACGGTTCAGGCTCGTGACTATGCGCTGATTATCAGTACAGGTGTGCTGGCAGGTCTGTGCGGACCACTGTTGTTAACGTTAATGAACGCCTGTCATCGTGGATTTGTGAGTCTCAAACTTGCGCCGCCCTGGCAACTGGCACTAGGCGGGTTGATC‑GTGGGTCTGCTTTCCCTGTTCACACCTGCAGTGTGGGGCAACGGCTATAGCACCGTACAATCCTTTTTAACCGCCCCACCACTGTTAATGATCATTGCCGGGATCTTCCTTTGTAA > NC_000913/1665669‑1666228 | cgcgAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCTTGCTGGCAGTTTATTTATAGCCGAAGTGCTGTTTGGCACTATGATGTTGGCCTCTCTCGGCCCGGTGATTATTTCCGCCGTCGTGGCATTGCTGGTTAGCAATCTGATTAATCATAGCGACGCGTTACTCTACAACGTACAACTCTCAGTGa < 2:740303/289‑1 (MQ=255) tgatTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCTTGCTGGCAGTTTATTTATAGCCGAAGTGCTGTTTGGCACTATGATGTTGGCCTCTCTCGGCCCGGTGATTATTTCCGCCGTCGTGGCATTGCTGGTTAGCAATCTGATTAATCATAGCGACGCGTTACTCTACAACGTACAACTCTCAGTGACGGTTCAGGCTCg < 2:720291/289‑1 (MQ=255) tGCCCTTGCCGCCTCCTGGTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAAGTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCTTGCTGGCAGTTTATTTATAGCCGAAGTGCTGTTTGGCACTATGATGTTGGCCTCTCTCGGCCCGGTGATTATTTCCGCCGTCGTGGCATTGCTGGTTAGCAATCTGATTAATCATAGCGACGCGTTACTCTACAACGTACAACTCTCAGTGACGGTTCAGGCTCGTGACTATGCGCTg < 1:229708/289‑1 (MQ=255) ggCCCTTGCAGCCTCCGGTGTTGCCCGACGTTTTACGCCAGGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCTTGCTGGCAGTTTATTTATAGCCGAAGTGCTGTTTGGCACTATGATGTTGGCCTCTCTCGGCCCGGTGATTATTTCCGCCGTCGTGGCATTGCTGGTTAGCAATCTGATTAATCATAGCGACGCGTTACTCTACAACGTACAACTCTCAGTGACGGTTCAGGCTCGTGACTATGCGCTg < 2:73305/288‑1 (MQ=255) tcTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGTATGGCTGCGGCCTATCGTGCCACGCTTGCTGGCCGGTTATTTATAGCCTAAGTGCTTTTTGGCACTATGATGTTTGCCTCTCTCGGCCCGGTGATTATTTCCGCCGTCGTGGCATTGCTGGTTAGCGATCTGATTCATCATAACGAAGAGTTACTCTACAACCTACAACTCCCCGTCACGGTTCATGCTCGTGACTATgccacgatt > 2:242097/2‑282 (MQ=255) ccTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCTTGCTGGCAGTTTATTTATAGCCGAAGTGCTGTTTGGCACTATGATGTTGGCCTCTCTCGGCCCGGTGATTATTTCCGCCGTCGTGGCATTGCTGGTTAGCAATCTGATTAATCATAGCGACGCGTTACTCTACAACGTACAACTCTCAGTGACGGTTCAGGCTCGTGACTATGCGCTGAtt < 1:593193/289‑1 (MQ=255) ccTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCTTGCTGGCAGTTTATTTATAGCCGAAGTGCTGTTTGGCACTATGATGTTGGCCTCTCTCGGCCCGGTGATTATTTCCGCCGTCGTGGCATTGCTGGTTAGCAATCTGATTAATCATAGCGACGCGTTACTCTACAACGTACAACTCTCAGTGACGGTTCAGGCTCGTGACTATGCGCTGAtt < 2:766267/289‑1 (MQ=255) catggccgctgtctGTTTTCCCCATCCTTTTCCACCTGCCCAGTATGGGACATTTTGGCTTGCCGTTGGGGCCGCGGCGGTCATGGCTGAGGCATATCTTGCCCCTCTTGCTGGCAGTTTATTTTTCGCCGAAGTGCTGTTTGGCACTATGATGTTTGCCTCTTTCGGCCAGGTGATTATTTCCGCCGTCGTGGCATTGCTGTTTAGTAATCTGATTAATCATAGCGACGCGTTACTCTCCAACGTACAACTCTCAGTGAAGGTTCAGGCTCGTGACTATGCGCTTAtt < 2:859949/277‑1 (MQ=255) ttGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTGTTAGGCCAGGACAGGGGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCTGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCTTGCTGGCAGTTTATTTATAGCCGAAGTGCTGTTTGGCACTATGATGTTGGCCTCTCTCGGCCCGGTGATTATTTCCGCCGTCGTGGCATTGCTGGTTAGCAATCTGATTAATCATAGCGACGCGTTACTCTACAACGTACAACTCTCAGTGACGGTTCAGGCTCGTGACTATGCGCTGATTAt < 2:187710/289‑1 (MQ=255) tttACGCCACGCCGGGCGTGGAAATTATGGAGCGCCTGGGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCGATCGTGCCCCTCTTGCTTGCAGTTTATTCATAGCCGAAGTGCTGTTGGGCACTATGACGTTGGCCGCTCTCGGCCCGGTGATTATTTCCGCCGTCGTGGCATTGCTGGTTAGCAATCTGAGTAATCATAGCGACGCGTTACTCTACCACGTACAACTCTCAGTGACGGTTCAGGCTCGTGACTATGCGCTGATTATCAGTACAGGTGTGCTGGCAGGTCtgt < 2:220176/289‑1 (MQ=255) acgccacgccAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCTTGCTGGCAGTTTATTTATAGCCGAAGTGCTGTTTGGCACTATGATGTTGGCCTCTCTCGGCCCGGTGATTATTTCCGCCGTCGTGGCATTGCTGGTTAGCAATCTGATTAATCATAGCGACGCGTTACTCTACAACGTACAACTCTCAGTGACGGTTCAGGCTCGTGACTATGCGCTGATTATCAGTACAGGTGTGCTGGCAGGTCTGTGCg < 2:340990/289‑1 (MQ=255) cacgccaGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTCTCGTGCCCCGCTTGCTGGCAGTTTATTTATAGCCGAAGTGCTGTTTGGCACTATGATGTTGGCCTCTCTCGGCCCGGTGATTATTTCCGCCGTCGTGGCATTGCTGGTTAGCAATCTGATTAATCATAGCGACGCGTTACTCTACAACGTACAACTCTCAGTGACGGTTCAGGCTCGTGACTATGCGCTGATTATCAGTACAGGTGTGCTGGCAGGTCTGTGCGGAc < 2:257866/288‑1 (MQ=255) cacgccaGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCTTGCTGGCAGTTTATTTATAGCCGAAGTGCTGTTTGGCACTATGATGTTGGCCTCTCTCGGCCCGGTGATTATTTCCGCCGTCGTGGCATTGCTGGTTAGCAATCTGATTAATCATAGCGACGCGTTACTCTACAACGTACAACTCTCAGTGa > 1:691551/1‑225 (MQ=255) cacgccaGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCTTGCTGGCAGTTTATTTATAGCCGAAGTGCTGTTTGGCACTATGATGTTGGCCTCTCTCGGCCCGGTGATTATTTCCGCCGTCGTGGCATTGCTGGTTAGCAATCTGATTAATCATAGCGACGCGTTACTCTACAACGTACAACTCTCAGTGa < 2:691551/225‑1 (MQ=255) cacgccaGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCTTGCTGGCAGTTTATTTATAGCCGAAGTGCTGTTTGGCACTATGATGTTGGCCTCTCTCGGCCCGGTGATTATTTCCGCCGTCGTGGCATTGCTGGTTAGCAATCTGATTAATCATAGCGACGCGTTAATCTACAACGTACAACTCTCAGTGACGGTTCAGGCTCGTGACTATGCGCTGATTATTAGTACAGGTGTTCTGGCAGGTATGTGCGGAc > 1:93838/1‑288 (MQ=255) ccgccaGGAGTGGAAATTATGGTTCGCCTTTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCTTGCTGGCAGTTTATTTATAGCCGAAGTGCTGTTTGGCACTATGATGTTGGCCTCTCTCGGCCCGGTGAGTATTTCCGCCGTCGTGGCATTGCTGGTTAGCAATCTGATTAATCATAGCGACGCGTTACTCTACAACGTACAACTCTCAGTGACGGTTCAGGCTCGTGACTATGCGCTGATTATCAGTACAGGTGTGCTGGCAGGTCTGTGCGGACCa < 2:737074/288‑1 (MQ=255) cgccaGGAGTGGAACTTATGTATCGACTGTTAGGCCGCGGCGGGAATGGCTTCGGACTATCCTGCCCAGATGGCTGGCAGCTGATTTAAAGCCGAAGTGCTGTTTGGCACTATGATGTTGGCCTCTCTCGGGGAGGTGATTATTTCCGCCGTCGTGGCATTAAAGGTTAGCAATCTGACTACTCATAGCGACGCGTTACTCCACAACGTACAACTCTCCGTACGGGTTCCGGCTGGTCACCATGCGCTTATTTGCAGTACCGGTGCGCTGGCAGGTCTGTCCGGatcc > 2:332868/1‑285 (MQ=255) gTGGAAATTATGGATCGACTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCTTGCTGGCAGTTTATTTATAGCCGCCGTGCTGCTTGGCACTATGTTGTTGGCCCCTCTCGTCCCGGTGATTATTTCCGCCGTCGTGGCATTGCTAGCTCGCATTCTGCTTACTCATTACGACTCGTTCCTCTCGAACGTACAACTCACAGTGACGGTTCCGGCTCGGGACGATGGGCTGAGTTACACTACAGGTGTGGCGGCGAGCCTGGGCGGA‑‑ACTgttgttgta > 2:696438/1‑286 (MQ=255) gTGGAAATTATGGAGCGCCTGTGGTGCCGCGGCGGGAATGGCTGTGGCCTATCGTGCCCCGCTTGCTGGCAGTTTATTTATAGCCGAAGTGCTGTTTGGCACTATGATGTTGGCCTCTCTCGGCCCGGTGATTATTTCCGCCGTCGTGGCATTGCTGGTTAGCAATCTGATTAATCATAGCGACGCGTTACTCTACAACGTACAACTCTCAGTGACGGTTCAGGCTCGTGACTATACGCTGATTATCAGTACAGGTGTGCTGGCAGGTCTGTGCGGACCACTgttgtt < 2:257742/288‑1 (MQ=255) 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aaGTGCTGTTTGGCACTATGATGTTGGCCTCTCTCGGCCCGGTGATTATTTCCGCCGTCGTGGCATTGCTGGTTAGCAATCTGATTAATCATAGCGCCGCGTTACTCTACAACGTACAACTCTCAGTGACGGTTCAGGCTCGTGACTATGCGCTGATTACCAGTTCACGTGTGCTGGCAGGTCTGTGCGGACCCCTGTTGTTAACGTTCATGAACGCCCGTCATCGTTGATTTGTTAGTCTCCAACTTGCCCCGCCCCTGCACCTGTCACTAGGCGGGTTGATC‑GTtgg > 2:568299/1‑289 (MQ=255) aaGTGCTGTTTGGCACTATGATGTTGGCCTCTCTCGGCCCGGTGATTATTTCCGCCGTCGTGGCATTGCTGGTTAGCAATCTGATTAATCATAGCGACGCGTTACTCTACAACGTACAACTCTCAGTGGCGGTTCAGGCTCGTGACTATGCGCTGATTATCAGTACAGGTGTGCTGGCAGGTCTGTGCGGACCACTGTTGTTAACGTTAATGAACGCCTGTCATCGTGGATTTGTGAGTCTCAAACTTGCGCCGCCCTGGCAACTGGCACTAGGCGGGTTGATC‑GTggg > 2:567781/1‑289 (MQ=255) aaGTGCTGTTTGGCACTATGATGTTGGCCTCTCTCGGCCCGGTGATTATTTCCGCCGTCGTGGCATTGCTGGTTAGCAATCTGATTAATCATAGCGACGCGTTACTCTACAACGTACAACTCTCAGTGACGGTTCAGGCTCGTGACTATGCGCTGATTATCAGTACAGGTGTGCTGGCAGGTCTGTGCGGACCACTGTTGTTAACGTTAATGAACGCCTGTCATCGTGGATTTTTGAGTCTCAAACTTGCGCCGCCCTGGCAACTGGCACTAGGCGGGTTGATC‑GTggg > 1:2791/1‑289 (MQ=255) aaGTGCTGTTTGGCACTATGATGTTGGCCTCTCTCGGCCCGGTGATTATTTCCGCCGTCGTGGCATTGCTGGTTAGCAATCTGATTAATCATAGCGACGCGTTACTCTACAACGTACAACTCTCAGTGACGGTTCAGGCTCGTGACTATGCGCTGATTATCAGTACAGGTGTGCTGGCAGGTCTGTGCGGACAACTGTTGTTAACGTTAATGAACGCCTGTCATCGTGGATTTGTGAGTCTCAAACTTGCTCCGCCCTGGCAACTGGCACTAGGCGGGTTGATC‑GTggg > 1:296371/1‑289 (MQ=255) aGTGCTGTTTGGCACTATGATGTTGGCATCTCTCGGCCCGGTGATTATTTCCGCCGTCGTGGCATTGCTGGTTAGCAATCTGATTAAGCATAACGACGCGTTAATCTACAACGTACAACTCTCAGTGACGGTTCAGGCTCGTGACTATGCGCTGATTATCAGTACAGGTGTGCTGGCAGGTCTGTGCGGACCACTGTTGTTAACGTTAATGAACGCCTGTCATCGTGGATTTGTGAGTCTCAAACTTGCGCCGCCCTGGCAACTGGCACTAGGCGGGTTGATC‑GTggg < 1:204666/288‑1 (MQ=255) gTTTGGCACTATGATGTTGGCCTCTCTCGGCCCGGTGATTATTTCCGCCGTCGTGGCATTGCTGGTTAGCAATCTGATTAATCATAGCGACGCGTTACTCTACAACGTACAACTCTCAGTGACGGTTCAGGCTCGTGACTATGCGCTGATTATCAGTACAGGTGTGCTGGCAGGTCTGTGCGGACCACTGTTGTTAACGTTAATGAACGCCTGTCATCGTGGATTTGTGAGTCTCAAACTTGCGCCGCCCTGGCAACTGGCACTAGGCGGGTTGATC‑GTGGGTCTGCtt > 1:336158/1‑289 (MQ=255) 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cgccgTCGTGGCATTGCTGGTTAGCAATCTGATTAATCATAGCGACGCGTTACTCTACAACGTACAACTCTCAGTGACGGTTCAGGCTCGTGACTATGCGCTGATTATCAGTACAGGTGTGCTGGCAGGTCTGTGCGGACCACTGTTGTTAACGTTAATGAACGCCTGTCATCGTGGATTTGTGAGTCTCAAACTTGCGCCGCCCTGGCAACTGGCACTAgg > 2:365269/1‑222 (MQ=255) cgccgTCGTGGCATTGCTGGTTAGCAATCTGATTAATCATAGCGACGCGTTACTCTACAACGTACAACTCTCAGTGACGGTTCAGGCTCGTGACTATGCGCTGATTATCAGTACAGGTGTGCTGGCAGGTCTGTGCGGACCACTGTTGTTAACGTTAATGAACGCCTGTCATCGTGGATTTGTGAGTCTCAAACTTGCGCCGCCCTGGCAACTGGCACTAgg < 1:365269/222‑1 (MQ=255) cttcttGGCATTGATTGTTAGCAATCTGATAAATGTTAGCGACGCGTTATTCAACAACGTACAACTCTCAGTTACGTTTCAGGCTCGTGACTATGCACTGGTTATCAGTACAGGTGTGCTGGCAGGTCTGTGCGGACCACTGTTGTTAACGTTAATGAACGCCTGTCATCGTTGATTTGTGAGTCTCAAACTTGCGCCGCCCTGGCAACTGGCACTAGGCGGGTTGATC‑GTTGGTCTGCTTTCCCTGTTCACACCTGCAGTGTGGGGCAACGGCTATAGCACCGTACaa < 2:93838/284‑1 (MQ=255) 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CGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCTTGCTGGCAGTTTATTTATAGCCGAAGTGCTGTTTGGCACTATGATGTTGGCCTCTCTCGGCCCGGTGATTATTTCCGCCGTCGTGGCATTGCTGGTTAGCAATCTGATTAATCATAGCGACGCGTTACTCTACAACGTACAACTCTCAGTGACGGTTCAGGCTCGTGACTATGCGCTGATTATCAGTACAGGTGTGCTGGCAGGTCTGTGCGGACCACTGTTGTTAACGTTAATGAACGCCTGTCATCGTGGATTTGTGAGTCTCAAACTTGCGCCGCCCTGGCAACTGGCACTAGGCGGGTTGATC‑GTGGGTCTGCTTTCCCTGTTCACACCTGCAGTGTGGGGCAACGGCTATAGCACCGTACAATCCTTTTTAACCGCCCCACCACTGTTAATGATCATTGCCGGGATCTTCCTTTGTAA > NC_000913/1665669‑1666228 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |