Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 320,423 | T→G | 12.9% | V66G (GTG→GGG) | rclR → | reactive chlorine species (RCS)‑specific activator of the rcl genes |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 320,423 | 0 | T | G | 12.9% | 246.5 / 2.6 | 108 | V66G (GTG→GGG) | rclR | reactive chlorine species (RCS)‑specific activator of the rcl genes |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (41/50); new base G (13/4); total (54/54) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.23e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
TTGGTGTTTGTAATCAAAAACCACTCAGGAGTCTGATATGGATGCCCTTAGCCGTTTGTTGATGCTTAA‑CGCTCCACAAGGAACGATCGATAAGAATTGCGTGTTAGGAAGTGACTGGCAGCTTCCACATGGTGCCGGGGAATTATCGGTTATTCGTTGGCATGCGTTAACGCAAGGAGCGGCGAAGCTGGAAATGCCGACGGGGGA‑GATTTTTACATTACGCCCGGGAAATGTGGTCCTGCTACCACAAAATTCAGCTCATCGCCTGAGTCATGTCGATAATGAATCGACCTGTATTGTCTGCGGCACTCTTCGGTTGCAACATTC‑GGCGCGTTATTTTTTAACGTCTTTGCCGGAAACGCTGTTTTTAGCACCGGTTAACCACAGCGTGGAATATAACTGGCTGAGGGAGGCGATCCCGTTTTTACAACAGGAATCCAGATCGGCAATGCCGGGAGTGGATGCACTGT > NC_000913/320190‑320659 | ttgGTGTTTGTAATCAAAAACCACTCAGGAGTCTGATATGGATGCCCTTAGCCGTTTGTTGATGCTTAA‑CGCTCCACAAGGAACGATCGATAAGAATTGCGTGTTAGGAAGTGACTGGCAGCTTCCACATGGTGCCGGGGAATTATCGGTTATTCGTTGGCATGCGTTACCGCAAGGAGCGGCGAAGCTGGAAATGCCGACGGGGGA‑GATTTTTACATTACGCCCGGGAAATGGGGt > 1:997859/1‑237 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |