| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,796,793 | A→G | 13.2% | D272G (GAT→GGT) | waaC → | ADP‑heptose:LPS heptosyl transferase I |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,796,793 | 0 | A | G | 13.2% | 170.0 / 2.8 | 63 | D272G (GAT→GGT) | waaC | ADP‑heptose:LPS heptosyl transferase I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (8/46); new base G (7/2); total (15/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.20e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CACTGGCCGGAAGAACACTGGCGAGAATTGATTGGTTTACT‑GGCTGATTCAGGAATACGGATTAAACTTCCGTGGGGCGCGCCGCATGAGGAAGAACGGGCGAAACGACTGGCGGAAGGATTTGCTTATGTTGAAGTATTGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑ACCCAATATCACGGTTTATGGACCAA‑CCGATCCGGGATTAATTGGTGGGTA‑TGGGAAGAATCAGATGGTATGTAGGGCTCCAAGAGAAAATTTAATTAACCTCAACAGTCAAGCAGTTTTGGAAAAGTTATCATCATTATAAAGGTAAAACATGCTAACATCCTTTAAACTTCATTCATTGAAACCTTACACTCTGAAATCATCAATGATTTTAGAGATAAT > NC_000913/3796555‑3797018 | cccTGGCCGGAAGAACACTGGCGAGAATTGAGTGGTTTACT‑GGCTGATTCAGGAATACGGATTAAACTTCCGTGGGGCGCGCCGCATGAGGAAGAACGGGCGAAACGACTGGCGGAAGGATTTGCTTATGTTGAAGTATTGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGa < 1:201291/237‑1 (MQ=255) ccttgCCGGAAGACCACTGGCGAGAATTGTTTGGGTTACT‑GGCTGATTCAGGAATGCGGATTAAACTTCCGTGGGGCGCGCCGCATGAGGAAGAACGGGCGAAACGACTGGCGGAAGGATTTGCTTATGTTGAAGTATTGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGAt < 2:359761/235‑1 (MQ=255) acTGGCCGGAAGAACCCTGGCGAGAATTGATTGGTTTACT‑GGCTGATTCAGGAATACGGATTAAACTTCCGTGGGGCGCGCCGCATGAGGAAGAACGGGCGAAACGACTGGCGGAAGGATTTGCTTATGTTGAAGTATTGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGAt < 1:985406/239‑1 (MQ=255) cTGGCCGGAAGAACGCTGGCGAGAATTGATTGGTTTACT‑GGCTGATTCAGGAATACGGATTAAACTTCCGTTGGGCGCGCCGGATGAGGAAGAACGGGCGAAACGACTGGCGGAAGGATTTGCTTATGTTGAAGTATTGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATa < 1:966926/239‑1 (MQ=255) cGGAAGAACACTGGCGAGAATTGATTGGTTTACT‑GGCTGATTCAGGAATACGGATTAAACTTCCGTGGGGCGCGCCGCATGAGGAAGAACGGGCGAAACGACTGGCGGAAGGATTTGCTTATGTTGAAGTATTGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑Acc < 1:872352/238‑1 (MQ=255) acacTGGCGAGAATTGATTGGTTTACT‑GGCTGATTCAGGAATACGGATTAAACTTCCGTGGGGCGCGCCGCATGAGGAAGAACGGGCGAAACGACTGGCGGAAGGATTTGCTTATGTTGAAGTATTGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑ACCCAATATc < 1:869811/238‑1 (MQ=255) cccTGGCGAGAATGTATTGGTTTACT‑GGCTGATTCAGGAATACGGATTAACCTTCCGTGGGGCGCGCCGCATGAGGAAGAACGGGCGAAACGACTGGCGGAAGGATTTGCTTATGTTGAAGTATTGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑ACCCAATATCAc < 1:628794/237‑1 (MQ=255) 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2:424765/239‑1 (MQ=255) aCTTGCGTGGGGCGGGCCGAATGAGGAAGAACGGGCGAAACGACTGGCGGAAGGATTTGCTTATGTTGAAGTATTGCCGAAGATGAGGCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATGTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑ACCCAAGATCACGGTTTATGGACCAA‑CCGATCCTGGATTAATTGGTGGGTA‑TGGGAAGAATc < 1:847712/239‑1 (MQ=255) cGTGGGGCGCGCCGCATGAGGAAGAACGGGCGAAACGACTGGCGGAAGGATTTGCTTATGTTGAAGTATTGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACGGGATAG‑AACCCAAATCACGGGTTTTTGGCACA‑CCGGTACTGGATTTATTGGTAGGTATTGGgaagataaaatg > 1:379993/1‑232 (MQ=255) cGTGGGGCGCGCCGCATGAGGAAGAACGGGCGAAACGACTGGCGGAAGGATTTGCTTATGTTGAAGTATTGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGGGTCGGTGGGTACGGGGGTAAGCCATTTAACGGCGGCCCCGGGTTG‑GACCAAAATAACGGTTTTTGGGCCAACCCGACCCGGG‑TTAATTGGGGGGGC‑TGGGAAGAATACGATg > 1:822106/1‑239 (MQ=255) 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acggggggccTGGATGG‑ACCGAATATTACGGTTTATGGACCAA‑GCGATCCGGGATTTATTGGTGGGTA‑TGGGAAGAATCAGATGGTATGTAGGGCTCCAAGAGAAAATTTAATTAACCTCAACAGTCAAGCAGTTTTGGAAAAGTTATGCTCATTATAAAGGTAAAACATGCTAACATCCTTTAAACTTCATTCATTGAAACCTTACACTCTGAAATCATCAATGATTTTAGAGataat < 1:352003/230‑1 (MQ=255) acggggggcatGGATAG‑ACCCAATATCACGGTTTAAGGACCAA‑CCGATCCGGGATTAATTGGTGGGTA‑TGGGAAGAATCAGATGGTATGTAGGGCTCCAAGAGAAAATTTAATTAACCTCAACAGTCAAGCAGTTTTGGAAAAGTTATCATCATTATAAAGGTAAAACATGCTAACATCCTTTAAACTTCATTCATTGAAACCTTACACTCTGAAATCATCAATGATTTTAGAGataat < 1:91095/229‑1 (MQ=255) | CACTGGCCGGAAGAACACTGGCGAGAATTGATTGGTTTACT‑GGCTGATTCAGGAATACGGATTAAACTTCCGTGGGGCGCGCCGCATGAGGAAGAACGGGCGAAACGACTGGCGGAAGGATTTGCTTATGTTGAAGTATTGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑ACCCAATATCACGGTTTATGGACCAA‑CCGATCCGGGATTAATTGGTGGGTA‑TGGGAAGAATCAGATGGTATGTAGGGCTCCAAGAGAAAATTTAATTAACCTCAACAGTCAAGCAGTTTTGGAAAAGTTATCATCATTATAAAGGTAAAACATGCTAACATCCTTTAAACTTCATTCATTGAAACCTTACACTCTGAAATCATCAATGATTTTAGAGATAAT > NC_000913/3796555‑3797018 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |